三叉神经疼最直接的原因是三叉神经受到刺激，而产生过度的强烈放电，引起的疼痛。所以三叉神经的本质上是一种病理性的神经痛，这时候的机制，它的原因就很多了，病毒感染了三大神经，像疱疹病毒可以引起三大神经疼，三叉神经的缺血，像糖尿病的缺血或者是脑干的缺血，影响到三叉神经核，也可以引起三叉神经疼。再有就是肿瘤，肿瘤压迫到三叉神经或者三叉神经核之后，可以产生剧烈的三叉神经疼。还有就是脱髓鞘病，像多发性硬化、视神经脊髓炎，可以侵犯到三叉神经的神经根，造成神经根脱髓鞘脱失，因此可以产生三岔神经痛。还有一些头面部的病变，比如说鼻窦炎或耳朵的一些病变，也可以波及到三叉神经疼，而引起三叉神经疼。
