肛瘘大多是由直肠肛管周围脓肿引起的，少数则可能由肛管的外伤感染、恶性肿瘤、结核、溃疡性结肠炎等引起。肛瘘是一种发病率相对较高的肛门直肠疾病，实际上就是肛管直肠周围的肉芽肿性管道。肛瘘大多是由直肠肛管周围脓肿所引起，直肠肛管周围脓肿自行破溃流脓或者行单纯的切开排脓引流之后，如果没有处理内口，就会逐渐慢性化而形成肛瘘；直肠肛管周围脓肿患者即使行有效的手术治疗之后，如果不能够积极配合换药，术后也容易假性愈合形成肛瘘。也有少部分肛瘘的发病可能与溃疡性结肠炎、结核、恶性肿瘤、肛管的外伤感染等原因有关。以肛管外伤为例，如果没有及时有效处理伤口，加之局部的粪便污染等原因，就可能假性愈合形成肛瘘。
