不建议将醋酸氯己定溶液作为常规会阴或阴道冲洗液进行使用，临床上醋酸氯己定溶液大多数应用于妇科手术之前阴道冲洗，进行一些准备，防止在手术过程中，由于阴道内细菌造成盆腔炎症，或造成手术感染风险。临床上偶尔也会有一些阴道炎，可以应用醋酸氯己定溶液短时间内冲洗阴道，让阴道内保持相对比较洁净环境。但并不建议将醋酸氯己定溶液作为日常清洗会阴，以及阴道常规药物。因为此药具有一定杀菌效果，长时间应用会导致阴道内菌群失调。阴道内本身也有很多健康有益细菌，譬如乳酸杆菌可以分泌乳酸，让阴道处于相对酸性环境，能够减少很多其它杂菌异常增生。如果长时间应用醋酸氯己定溶液冲洗阴道，尽管能够冲洗掉很多杂菌、有害细菌，但也会将较多有益细菌，乳酸杆菌类有意义细菌冲走，反而让阴道内处于相对没有保护状态，对于未来罹患阴道炎风险将会更高。
