坐标剖面图

坐标部分包含原子坐标的集合以及MODEL和ENDMDL记录。

型号

概述

当同一结构的多个模型出现在一个坐标条目中时，MODEL记录指定模型序列号，NMR确定的结构通常就是这种情况。

记录格式

列数据类型字段定义---------------------------------------------------------------------------------------1-6记录名称“MODEL”11-14整数序列模型序列号。

细节

此记录仅在条目中出现多个模型时使用。通常，它主要用于核磁共振结构。每个模型的化学连接性应相同。每个模型结构的ATOM、HETATM、ANISOU和TER记录，并根据需要分散在model和ENDMDL记录之间。
模型的编号是连续的，从1开始。
沉积中的所有模型应以适当的作者确定的方式叠加，并且只应使用一种叠加方法。来自不同实验的结构或结构的不同域不应作为沉积模型进行叠加和沉积。
核磁共振系综中的所有模型都应该是均匀的——每个模型都应该具有完全相同的原子（氢原子和重原子）、序列和化学性质。
核磁共振条目中的所有模型都应该有氢原子。
最小平均结构的沉积必须伴随着系综，并且必须与系综一致。
一个模型的原子不能超过99999个。如果条目不包含模型集合，则条目的原子数不能超过99999个。超出此原子限制的条目必须拆分为多个条目，每个条目包含的内容不得超过上面指定的限制。

验证/确认/价值授权控制

NUMMDL记录中具有多个模型的条目将检查对应的MODEL/ENDMDL记录对以及连续编号的模型。

与其他记录类型的关系

每个模型必须有相应的ENDMDL记录。

示例

         1         2         3         4         5         6         7         812345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890型号1原子1 N ALA 1 11.104 6.134-6.504 1.00 0.00 N原子2 CA ALA A 1 11.639 6.071-5.147 1.00 0.00 C...                                                                                                                                                  …...                                                                                                                                                  …...                                                                                                                                                  …原子293 1HG GLU A 18-14.861-4.847 0.361 1.00 0.00 H原子294 2HG GLU A 18-13.518-3.769 0.084 1.00 0.00 HTER 295 GLU A 18号机组ENDMDL公司型号2原子296 N ALA 1 10.883 6.779-6.464 1.00 N原子297 CA ALA 1 11.451 6.531-5.142 1.00 0.00 C...                                                                                                                                                  …...                                                                                                                                                  …原子588 1HG GLU A 18-13.363-4.163-2.372 1.00 0.00 H原子589 2HG GLU A 18-12.634-3.023-3.475 1.00 0.00 HTER 590 GLU A 18型ENDMDL公司

         1         2         3         4         5         6         7         812345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890型号1原子1 N AALA A 1 72.883 57.697 56.410 0.50 83.80 N加利福尼亚州AALA A 1 73.796 56.531 56.644 0.50 84.78 C原子2原子3 C AALA A 1 74.549 56.551 57.997 0.50 85.05 C原子4 O AALA A 1 73.951 56.413 59.075 0.50 84.77 O.........黑塔37900 O AHOH 490-24.915 147.513 36.413 0.50 41.86 O海拔37901 O AHOH 491-28.699 130.471 22.248 0.50 36.06 O黑塔37902 O AHOH 492-33.309 184.488 26.176 0.50 15.00 OENDMDL公司型号2原子1 N BALA 1 72.883 57.697 56.410 0.50 83.80 N加利福尼亚州巴厘岛原子2 1 73.796 56.531 56.644 0.50 84.78 C原子3 C BALA A 1 74.549 56.551 57.997 0.50 85.05 C原子4 O BALA 1 73.951 56.413 59.075 0.50 84.77 O原子5 CB BALA 1 74.804 56.369 55.453 0.50 84.29 C原子6碱基A 2 75.872 56.703 57.905 0.50 85.59 N原子7 CA BASP A 2 76.801 56.651 59.048 0.50 85.67 C原子8 C BASP A 2 76.283 57.361 60.309 0.50 84.80 C...

原子能机构

概述

原子记录显示了标准氨基酸和核苷酸的原子坐标。它们还表示每个原子的占有率和温度因子。非聚合物化学坐标使用HETATM记录类型。元素符号始终出现在每个ATOM记录上；收费是可选的。

原子/HETATM记录的变化源于标准化原子和残留命名法。化学成分词典中描述了该术语(https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers网站).

记录格式

列数据类型字段定义-------------------------------------------------------------------------------------1-6记录名称“ATOM”7-11整数序列Atom序列号。13-16原子名称原子名称。17字符altLoc备用位置指示器。18-20残渣名称resName残渣名称。22字符链ID链标识符。23-26整数resSeq剩余序列号。27 AChar i残留物插入代码。31-38 x的实坐标（8.3）x正交坐标，单位为埃。39-46实际（8.3）y y正交坐标，单位为埃。47-54实际（8.3）z z的正交坐标，单位为埃。55-60实际入住率（6.2）。61-66 Real（6.2）tempFactor温度系数。77-78 L字符串（2）元素元素符号，右对齐。79-80 L原子上的电荷串（2）。

细节

蛋白质的ATOM记录从氨基到羧基末端列出。
核酸残基从5'到3'末端列出。
一个字母的原子名称（如C）从第14列开始对齐，而两个字母的元素名称（如FE）从第13列开始对齐。
原子命名从原子类型开始。
多糖没有指定顺序。
非空白字母数字字符用于链标识符。
链中ATOM记录的列表由TER记录终止。
如果条目中存在多个模型，则每个模型由model和ENDMDL记录分隔。
AltLoc是表示替代构象的占位符。交替构象可以在整个聚合物链中，也可以是几个残基或部分残基（一个残基中有几个原子）。如果在多个位置提供原子，则必须为每个原子位置使用非空白的备用位置指示器。在一个残基中，在给定构象中相互关联的所有原子都被指定了相同的替代位置指示器。有两种表示交替构象的方法——原子级或残基级（参见示例）。
对于备用位置指示器指示的备用位置中的原子，ATOM/HETATM列表中的原子排序使用以下一般规则：

-在简单的情况下，涉及几个原子或几个具有交替位置的残基，坐标在条目中依次出现。-在大杂基团无序的情况下，每个构象的原子一起列出。

字母通常用于插入代码。当两个残留物具有相同的编号时，使用插入代码。残留物编号和插入代码的组合定义了唯一的残留物。
如果储户提供数据，则给出温度系数的各向同性B值。
如果储存器中既没有各向同性B值，也没有各向异性温度系数，则温度系数使用默认值0.0。
第79-80列表示原子上的任何电荷，例如2+、1-。在大多数情况下，这些是空白的。
对于5.5.0042之前的REFMAC程序使用TLS细化的细化，B的值可能仅包括TLS对各向同性温度因子的贡献，而不是完全各向同性值。

验证/确认/价值授权控制

检查ATOM/HETATM记录的PDB文件格式、序列信息和包装。

与其他记录类型的关系

将ATOM记录与相应的序列数据库进行比较。序列差异出现在SEQADV记录中。缺少的原子在备注中作了注释。HETATM记录的格式与ATOM记录的格式相同。原子记录暗示的序列必须与序列中给出的序列相同，但没有坐标的残差（例如由于无序）必须出现在序列中。

例子

1         2         3         4         5         6         7         812345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890原子32 N AARG A-3 11.281 86.699 94.383 0.50 35.88 N原子33 N棒A-3 11.296 86.721 94.521 0.50 35.60 N原子34 CA AARG A-3 12.353 85.696 94.456 0.50 36.67 C原子35 CA BARG A-3 12.333 85.862 95.041 0.50 36.42 C原子36 C AARG A-3 13.559 86.257 95.222 0.50 37.37 C原子37 C棒A-3 12.759 86.530 96.365 0.50 36.39 C原子38 O AARG A-3 13.753 87.471 95.270 0.50 37.74 O原子39 O BARG A-3 12.924 87.757 96.420 0.50 37.26 O原子40 CB AARG A-3 12.774 85.306 93.039 0.50 37.25 C原子41 CB BARG A-3 13.428 85.746 93.980 0.50 36.60 C原子42 CG AARG A-3 11.754 84.432 92.321 0.50 38.44 C原子43 CG棒A-3 12.866 85.172 92.651 0.50 37.31 C原子44 CD AARG A-3 11.698 84.678 90.815 0.50 38.51 C原子45 CD棒A-3 13.374 85.886 91.406 0.50 37.66 C原子46 NE AARG A-3 12.984 84.447 90.163 0.50 39.94 N原子47 NE BARG A-3 12.644 85.487 90.195 0.50 38.24 N原子48 CZ AARG A-3 13.202 84.534 88.850 0.50 40.03 C原子49 CZ BARG A-3 13.114 85.582 88.947 0.50 39.55 C原子50 NH1AARG A-3 12.218 84.840 88.007 0.50 40.76 N原子51 NH1BARG A-3 14.338 86.056 88.706 0.50 40.23 N原子52 NH2AARG A-3 14.421 84.308 88.373 0.50 40.45 N

1         2         3         4         5         6         7         812345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890原子32 N AARG A-3 11.281 86.699 94.383 0.50 35.88 N原子33 CA AARG A-3 12.353 85.696 94.456 0.50 36.67 C原子34 C AARG A-3 13.559 86.257 95.222 0.50 37.37 C原子35 O AARG A-3 13.753 87.471 95.270 0.50 37.74 O原子36 CB AARG A-3 12.774 85.306 93.039 0.50 37.25 C原子37 CG AARG A-3 11.754 84.432 92.321 0.50 38.44 C原子38 CD AARG A-3 11.698 84.678 90.815 0.50 38.51 C原子39 NE AARG A-3 12.984 84.447 90.163 0.50 39.94 N原子40 CZ AARG A-3 13.202 84.534 88.850 0.50 40.03 C原子41 NH1AARG A-3 12.218 84.840 88.007 0.50 40.76 N原子42 NH2AARG A-3 14.421 84.308 88.373 0.50 40.45 N原子43 N BARG A-3 11.296 86.721 94.521 0.50 35.60 N原子44 CA BARG A-3 12.333 85.862 95.041 0.50 36.42 C原子45 C棒A-3 12.759 86.530 96.365 0.50 36.39 C原子46 O BARG A-3 12.924 87.757 96.420 0.50 37.26 O原子47 CB BARG A-3 13.428 85.746 93.980 0.50 36.60 C原子48 CG棒A-3 12.866 85.172 92.651 0.50 37.31 C原子49 CD棒A-3 13.374 85.886 91.406 0.50 37.66 C原子50毫巴表压-3 12.644 85.487 90.195 0.50 38.24毫巴原子51 CZ BARG A-3 13.114 85.582 88.947 0.50 39.55 C原子52 NH1BARG A-3 14.338 86.056 88.706 0.50 40.23 N

安尼索

概述

ANISOU记录显示了各向异性温度因子。

记录格式

列数据类型字段定义-----------------------------------------------------------------1-6记录名称“ANISOU”7-11整数序列Atom序列号。13-16原子名称原子名称。17字符altLoc备用位置指示器18-20残渣名称resName残渣名称。22字符链ID链标识符。23-26整数resSeq剩余序列号。27 AChar iCode插入代码。29-35整数u[0][0]u（1,1）36-42整数u[1][1]u（2,2）43-49整数u[2][2]u（3,3）50-56整数u[0][1]u（1,2）57-63整数u[0][2]u（1,3）64-70整数u[1][2]u（2,3）77-78 L字符串（2）元素元素符号，右对齐。79-80 L原子上的电荷串（2）。

细节

第7-27和73-80列与相应的ATOM/HETATM记录相同。
各向异性温度系数（第29-70列）按10**4（埃**2）的系数进行缩放，并以整数表示。
各向异性温度因子与原子坐标记录存储在同一坐标系中。
仅当存款人提供ANISOU值时，才会列出ANISOU的值。

验证/确认/价值授权控制

存款人提供ANISOU记录，wwPDB验证其格式。

与其他记录类型的关系

各向异性温度因子与相应的ATOM/HETATM各向同性温度因子B（eq）有关，如ATOM和HETATM部分所述。

例子

         1         2         3         4         5         6         7         812345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890原子107 N GLY A 13 12.681 37.302-25.211 1.000 15.56 NANISOU 107 N GLY A 13 2406 1892 1614 198 519-328 N原子108 CA GLY A 13 11.982 37.996-26.241 1.000 16.92 C加利福尼亚州安尼苏108 GLY A 13 2748 2004 1679-21 155-419 C原子109 C GLY A 13 11.678 39.447-26.008 1.000 15.73 C阿尼苏109 C GLY A 13 2555 1955 1468 87 357-109 C原子110 O GLY A 13 11.444 40.201-26.971 1.000 20.93 OANISOU 110 O GLY A 13 3837 2505 1611 164-121 189 O阿尼索110 O格利亚13 3837 250 5 1611-121 89 O原子111 N ASN A 14 11.608 39.863-24.755 1.000 13.68 NANISOU 111 N ASN A 14 2059 1674 1462 27 244-96 N

与其他记录类型的关系

各向异性温度因子的标准偏差与相应的ATM/HETATM ANISOU温度因子有关。

例子

         1         2         3         4         5         6         7         812345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890原子107 N GLY A 13 12.681 37.302-25.211 1.000 15.56 NANISOU 107 N GLY A 13 2406 1892 1614 198 519-328 NSIGUIJ 107 N GLY A 13 10 10 10 10原子108 CA GLY A 13 11.982 37.996-26.241 1.000 16.92 C加利福尼亚州安尼苏108 GLY A 13 2748 2004 1679-21 155-419 CSIGUIJ 108加利福尼亚州GLY A 13 10 10 10 10 10C原子109 C GLY A 13 11.678 39.447-26.008 1.000 15.73 CANISOU 109 C GLY A 13 2555 1955 1468 87 357-109 C阿尼索109 C格雷A 13 255 5 1955 1478 87 357-109 CSIGUIJ 109摄氏度GLY A 13 10 10 10 10 100摄氏度原子110 O GLY A 13 11.444 40.201-26.971 1.000 20.93 OANISOU 110 O GLY A 13 3837 2505 1611 164-121 189 O阿尼索110 O格利亚13 3837 250 5 1611-121 89 OSIGUIJ 110 O GLY A 13 10 10 10 10原子111 N ASN A 14 11.608 39.863-24.755 1.000 13.68 NANISOU 111 N ASN A 14 2059 1674 1462 27 244-96 NSIGUIJ 111 N ASN A 14 10 10 10 10

TER公司

概述

TER记录表示链的ATOM/HETATM记录列表的末尾。

记录格式

列数据类型字段定义-------------------------------------------------------------------------1-6记录名称“TER”7-11整数序列号。18-20残渣名称resName残渣名称。22字符链ID链标识符。23-26整数resSeq剩余序列号。27 AChar iCode插入代码。

细节

SEQRES记录中显示的每个ATOM/HETATM记录链都以TER记录结束。
TER记录出现在条目的坐标部分，并指示每个多肽和/或核酸链的最后一个残基，其中有确定的坐标。对于蛋白质，TER记录上定义的残基是羧基末端残基；对于核酸，它是3'-末端残基。
对于环状分子来说，末端的选择是任意的。
末端氧原子表示为蛋白质的OXT，表示为核酸的O5'或OP3。只有当聚合物中的最后残留物确实是SEQRES中的最后残余物时，这些原子才存在。
TER记录与终端残留物具有相同的残留物名称、链标识符、序列号和插入代码。TER记录的序列号比TER之前的ATOM/HETATM序列号大一个数字。

验证/确认/价值授权控制

TER必须出现在链的末端羧基端或3'端。对于蛋白质，通常有一个末端氧，标记为OXT。验证程序检查TER和OXT记录的发生。

与其他记录类型的关系

TER记录上出现的残留物名称必须与前一个ATOM或非水HETATM记录上的残留品名称相同。

例子

         1         2         3         4         5         6         7         812345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890原子601 N LEU A 75-17.070-16.002 2.409 1.00 55.63 N原子602 CA LEU A 75-16.343-16.746 3.444 1.00 55.50 C原子603 C LEU A 75-16.499-18.263 3.300 1.00 55.55 C原子604欧LEU A 75-16.645-18.789 2.195 1.00 55.50欧原子605 CB LEU A 75-16.776-16.283 4.844 1.00 55.51 CTER 606 LEU A 75号...                                                                                                                                                  … 原子1185 O LEU B 75 26.292-4.310 16.940 1.00 55.45 O原子1186 CB LEU B 75 23.881-1.551 16.797 1.00 55.32 CTER 1187 LEU B 75号赫塔姆1188 H2 SRT A1076-17.263 11.260 28.634 1.00 59.62 H赫塔姆1189 HA SRT A1076-19.347 11.519 28.341 1.00 59.42 H赫塔姆1190 H3 SRT A1076-17.157 14.303 28.677 1.00 58.00 H赫塔姆1191 HB SRT A1076-15.110 13.610 28.816 1.00 57.77 H赫塔姆1192 O1 SRT A1076-17.028 11.281 31.131 1.00 62.63 O原子295 HB2 ALA 18 4.601-9.393 7.275 1.00 0.00 H原子296 HB3 ALA 18 3.340-9.147 6.043 1.00 0.00 HTER 297 ALA A 18号ENDMDL公司

HETATM公司

概述

非聚合物或其他“非标准”化学坐标，如HET基团中的水分子或原子，使用HETATM记录类型。它们还表示每个原子的占有率和温度因子。ATOM记录显示了标准残留物的原子坐标。元素符号始终出现在每个HETATM记录上；收费是可选的。

ATM/HETATM记录的变化将需要原子和残留物命名的标准化。该术语在《化学成分词典》中有描述，https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers网站.

记录格式

列数据类型字段定义-----------------------------------------------------------------------1-6记录名称“HETATM”7-11整数序列号Atom序列号。13-16原子名称原子名称。17字符altLoc备用位置指示器。18-20残留物名称resName残留物名称。22字符链ID链标识符。23-26整数resSeq剩余序列号。27 AChar i残留物插入代码。31-38 x的实坐标（8.3）x正交坐标。39-46 y的实（8.3）y正交坐标。47-54实（8.3）z z的正交坐标。55-60实际入住率（6.2）。61-66 Real（6.2）tempFactor温度系数。77-78 L字符串（2）元素元素符号；右对齐。79-80 L原子上的电荷串（2）。

细节

x、y、z坐标以埃为单位。
多糖没有指定顺序。
参见本文件中关于异源命名的HET部分。有关PDB中迄今为止出现的HET基团的残留名称、公式和拓扑结构，请参阅化学成分词典（请参阅https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers网站).
如果储户提供数据，则给出温度系数的各向同性B值。
如果储存器既没有提供各向同性B值，也没有ANISOU中的各向异性温度系数，则温度系数使用默认值0.0。
本文档的ATOM部分对插入代码和元素命名进行了全面描述。

验证/确认/价值授权控制

处理程序检查ATOM/HETATM记录的PDB文件格式、序列信息和打包。

与其他记录类型的关系

HETATM记录必须有相应的HET、HETNAM、FORMUL和CONECT记录，水除外。

例子

         1         2         3         4         5         6         7         812345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890赫塔姆8237 MG A1001 13.872-2.555-29.045 1.00 27.36 MGHETATM 3835 FE HEM A 1 17.140 3.115 15.066 1.00 14.14 FE赫塔姆8238 S SO4 A2001 10.885-15.746-14.404 1.00 47.84 S2001年11月11日-14.833-15.531 1.00 50.12 O赫塔姆8240 O2 SO4 A2001 9.576-16.338-14.706 1.00 48.55 O赫塔姆8241 O3 SO4 A2001 11.995-16.703-14.431 1.00 49.88 O赫塔姆8242 O4 SO4 A2001 10.932-15.073-13.100 1.00 49.91 O

ENDMDL公司

概述

ENDMDL记录与MODEL记录成对出现在坐标条目中的单个结构。

记录格式

列数据类型字段定义------------------------------------------------------------------1-6记录名称“ENDMDL”

细节

只有当条目中出现多个结构时，才会使用MODEL/ENDMDL记录，NMR条目通常也是如此。
多模型条目中的所有模型必须表示相同的结构。
每个MODEL记录都有一个关联的ENDMDL记录。

验证/确认/价值授权控制

对于NUMMDL记录中具有多个结构的条目，将检查相应的MODEL/ENDMDL记录对以及连续编号的模型。

与其他记录类型的关系

必须有相应的MODEL记录。

对于NMR条目，NUMMDL记录说明了单个条目中存在的模型结构的数量。

例子

         1         2         3         4         5         6         7         812345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890...                                                                                                                                                  ......                                                                                                                                                  ...原子14550 1HG GLU 122-14.364 14.787-14.258 1.00 0.00 H原子14551 2HG GLU 122-13.794 13.738-12.961 1.00 0.00 HTER 14552 GLU 122号ENDMDL公司型号9原子14553 N SER 1-28.280 1.567 12.004 1.00 0.00 N原子14554 CA SER 1-27.749 0.392 11.256 1.00 0.00 C...                                                                                                                                                  ......                                                                                                                                                  ...原子16369 1HG GLU 122-3.757 18.546-8.439 1.00 0.00 H原子16370 2HG GLU 122-3.066 17.166-7.584 1.00 0.00 HTER 16371 GLU 122号ENDMDL公司