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R包“ecospat”
空间生态分析的其他方法和实用程序，由当前和ecospat小组的前成员和合作者。ecospat包提供了执行预建模分析的可能性，例如空间自相关分析、MESS（多变量环境相似表面）分析、系统发育多样性测量，生物相互作用。它还提供以下功能在数据准备、校准和评估（如博伊斯指数）中补充biomod2并投影模型。基于模型预测的补充分析（例如事件分析）。 此外，ecospat包还包括生态位量化和重叠功能Broennimann等人2012年和Petitpierre等人2012年使用的数据用于量化气候生态位在入侵物种的本地和入侵范围之间发生变化。
您可以从以下位置在R中安装ecospat包CRAN（起重机）或github.起重机提供了最稳定的版本。GitHub提供了最新的功能，但尚未完全测试。查看最新更新GitHub上提供.
1） 从CRAN安装在R控制台中：
>install.packages（“ecospat”）
>图书馆（ecospat）
2)安装从R控制台中的GitHub：
>install.packages（“devtools”）
>库（devtools）
>install_github（repo=“ecospat/ecosputy/ecosputt“）
>图书馆（ecospat）
如何使用函数的示例：
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R包“NSDM”
将物种分布建模（SDM）技术结合到一个高性能计算（HPC）管道中，我们开发了N-SDM，这是一个SDM平台，旨在为标准生物多样性评估提供可重复的输出。N-SDM是围绕空间相关框架构建的，旨在促进从多个来源和不同空间尺度检索的物种发生数据的组合使用。N-SDM允许将两个模型与从全球到区域尺度检索的物种和协变量数据相结合，这有助于解决空间生态位截断问题。N-SDM中体现的一组最先进的SDM特征包括新设计的协变量选择程序、五种建模算法、特定算法的超参数网格搜索和小模型集成方法。N-SDM设计用于在HPC环境中运行，允许同时并行处理数千个物种。
您可以从以下位置在R中安装NSDM软件包github.
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R包装‘covsel’
The 圆顶帽R软件包是一个现成的、自动化的、用于物种分布建模的协变量选择工具。它实现并简化了我们新的“嵌入”协变量选择过程的两个步骤，该过程结合了（步骤A）一个共线性滤波算法和（步骤B）三种特定于模型的嵌入正则化技术，包括带弹性网正则化的广义线性模型，带零空间惩罚的广义可加模型，以及引导正则化随机森林。
安装和运行N-SDM所需的所有信息都可以在上公开获得 github.
Adde A.、Rey P.L.、Fopp F.、Petitpierre B.、Schweiger A.K.、Broenimann B.、Lehmann A.、Zimmermann N.E.、Altermatt F.、Pellissier L.、Guisan A.2023。候选太多：使用covsel R包进行物种分布建模的嵌入式协变量选择程序。生态信息学。新闻界。数字对象标识：2016年10月10日/j.ecoinf.2023.102080.
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R包“MigClim”
MigClim是一个R软件包，可以模拟气候变化和景观破碎化情况下的植物扩散。MigClim可以实现各种参数，例如扩散距离、随着时间的推移繁殖潜力的增加、景观破碎化或远距离扩散。
CRAN上的链接
参考：
Engler R.和Guisan A.，2009年。MIGCLIM：预测气候变化中的植物分布和扩散。多样性与分布，15（4），590-601。
Engler R.、Randin C.F.、Vittoz P.、Czáka T.、Beniston M.、Zimmermann N.E.、Guisan A.，2009年。预测气候变化下山地植物的未来分布：扩散能力重要吗？《生态地理学》，32（1），34-45。
Engler R.、Hordijk W.、Guisan A.，2012年。MIGCLIM R包——将扩散约束无缝集成到物种分布模型预测中。生态学，35（10），872-878。
……不要错过由堪萨斯大学的A.Townsend Peterson在生物多样性信息学全球在线研讨会上由Robin Engler主讲的Migclim演示视频：Youtube链接
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生态位重叠
这个R包装“ecospat”R现在包括执行生态位重叠度量和生态位等效性/相似性测试的功能。
简短教程：
使用R快捷方式创建文件夹。通过在快捷方式的属性中设置路径（右键单击），将此文件夹用作工作空间。在这个文件夹中，还可以放置发生数据的数据集（用列名x，y分隔的文本文件）和用环境值表示研究区域的点的日期集（列名应为x，y，X1，X2，…，Xn）。
用户脚本允许使用示例数据设置计算分析。使用user_script_2sp_2A。如果你想比较不同地区2个物种的生态位（例如入侵物种），请选择R。使用user_script_Nsp_1A。如果你想比较同一地区n个物种的生态位，请选择R。这些脚本使用来自worldclim.org的在线物种发生率和气候数据，但您可以修改代码以导入和使用自己的数据。
如果您在分析过程中遇到问题，请阅读以下内容常见问题
用户脚本：
user_script_2sp_2A。对,user_script_Nsp_1A。对
参考：
Broennimann O.、Fitzpatrick M.C.、Pearman P.B.、Petitpierre B.、Pellissier L.、Yoccoz N.G.、Thuiller W.、Fortin M.J.、Randin C.R.、Zimmermann N.E.、Graham C.H.、Guisan A.，2012年从发生率和空间环境数据测量生态位重叠. 全球生态学和生物地理学21(4): 481-497. 内政部
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佳能
获取由Andrew D.Weiss和Stuart B.Weiss开发的CANOGEN AML zip，以直接从CANOCO输出预测ARCINFO中的工厂分布（参见Guisan，A.、Weiss，S.B.和Weiss（A.D.1999）。植物物种分布的GLM与CCA空间模型。植物生态学143（1）：107-122）感谢您在任何相关出版物中感谢安迪和斯图！联系weiss.andrew（a）epamal.epa.gov。
