麦戈文于1939年毕业于华盛顿特区伍德罗·威尔逊高中，追随他的医学梦想，于1942年进入杜克大学完成本科学习，并于1945年获得医学学位。他在医学院的申请使他来到杜克大学医学院创始院长威尔伯特·康奈尔·戴维森（Wilburt Cornell Davison，M.D.）的办公室，在麦戈文的父亲因肺结核去世后，他成为了终身朋友和导师。戴维森曾在牛津大学与威廉·奥斯勒爵士（Sir William Osler）一起受训，威廉·奥斯勒爵士是一位著名的人文主义者和医生，他教给学生们医学的使命，即锻炼人的心灵和思想，而戴维森反过来又将这些品质传授给了麦戈文（McGovern）。由于对百日咳的学生研究工作，麦戈文在医学院大四期间被评为著名的马克尔学者，并对医学研究产生了热爱，他在整个职业生涯中一直保持着这种热爱。
1949年，麦戈文在伦敦盖伊医院（Guy’s Hospital in London）和巴黎圣母院（Hópital des Enfants-Malades）接受研究生培训并在国外短暂学习后，加入了华盛顿特区乔治华盛顿大学（George Washington University）的教师队伍，并因其教学能力而受到学生们的称赞。他就读于杜兰大学（1954-56），并在慈善医院开设了一家儿童过敏诊所。
在杜克大学教授格兰特·泰勒医学博士的敦促下，麦戈文于1956年离开杜兰大学，搬到休斯顿，在那里他获得了两所大学的教职任命贝勒医学院德克萨斯大学医学研究生院德克萨斯州医疗中心在这个职位上，他开发了免疫学方面的创新住院医师培训项目。与此同时，麦戈文创办了自己的变态反应诊所——McGovern allergy and Asthma clinic，并将其发展成为全国最大的私营变态反应诊所之一。作为美国过敏学家学会和美国过敏学会的积极成员，他曾担任美国过敏学家学会主席（1968年至69年），同时编辑他们的期刊，并在20世纪60年代的艰难岁月中领导过敏专业，当时该专业正努力获得医学专业的地位。按照威廉·奥斯勒爵士的传统，他还致力于支持医学图书馆，并于1970年被理查德·尼克松总统任命为国家医学图书馆董事会成员，后来担任主席。
1961年12月20日，约翰·P·麦戈文与休斯顿人凯瑟琳·加尔呼吸结婚。同年早些时候，他用自己的积蓄建立了自己的基金会，最初名为德克萨斯州过敏症研究基金会（Texas Allergy Research foundation）。通过对股票市场、房地产和他自己成功的医疗实践的投资，他发展了他的基金会，该基金会于1979年更名为约翰·P·麦戈文基金会，从最初的投资变成了他去世时接近1.8亿美元的基金。
John P.McGovern一生中担任过17个教授职位，获得29个荣誉博士学位，撰写了252份专业出版物，包括26本医学和人文学科书籍，并担任过15个医学专业协会的主席或首席选举官。他是许多期刊的编辑委员会成员。他获得了许多声望很高的荣誉，其中包括美国医学会的杰出服务特别奖和威廉·A·豪奖，这是美国学校健康协会颁发的最高荣誉。1985年，罗纳德·里根（Ronald Reagan）总统授予麦戈文（McGovern）私营部门倡议奖（Private Sector Initiative Coward），表彰他在医疗和慈善事业方面的毕生贡献。1987年，麦戈文被任命为国立卫生研究院酒精滥用和酗酒研究所国家咨询委员会成员，任职四年。1988年，他获得了哈罗德·斯旺伯格杰出服务奖，这是美国医学作家协会的最高荣誉，1989年，他因其一生的服务而被授予外科医生奖章。1993年，休斯顿医学院设立了约翰·麦戈文（John P McGovern）Completate医师奖，2001年，他被评为休斯顿年度杰出公民。麦戈文的名字可以在全国各地的医学奖学金、教授职位和医疗建筑上找到，也可以在休斯顿的地标性建筑中找到，如赫尔曼公园的麦戈文湖和儿童动物园、麦戈文健康与医学博物馆、麦戈芬医学院（原名休斯顿德克萨斯大学医学院）、，休斯顿大学凯瑟琳·麦戈文艺术学院。
作为一名珍稀医学书籍的狂热收藏家，他于1982年向德克萨斯医学中心图书馆捐赠了大量藏书，该图书馆随后于1996年将其特殊藏书更名为约翰·P·麦戈文历史藏书和研究中心（John P.McGovern Historical collections and Research Center）。除了收集罕见的医学书籍外，麦戈文还喜欢网球和其他运动、钓鱼和音乐。约翰·菲利普·麦戈文于2007年5月31日在加尔维斯顿的约翰·西利医院去世。他在整个职业生涯中致力于将大型机构、健康专业、跨学科思想和医疗团队方法结合在一起。他去世后，他的妻子凯瑟琳接替他担任麦戈文基金会主席，并继续维护和建立他创造的社区服务遗产。
