PSORT公司。ORG-蛋白质亚细胞定位预测 更新|联系人  
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PSORT.org提供了PSORT系列亚细胞定位程序的链接预测以及与本地化相关的其他数据集和资源预测。该页面目前由Brinkman实验室托管我们的目标是提供一个开源亚细胞定位研究人员资源中心预测。

蛋白质亚细胞定位预测和分析的PSORT系列程序

相关资源:

PSORTb和PSORTdb是由维护布林克曼门诊化验室,西蒙·弗雷泽大学加拿大不列颠哥伦比亚省。PSORT和PSORT II由维护肯塔·纳凯,在人类基因组中心,大学医学科学研究所位于日本东京。iPSORT由维护Hideo公司班奈人类基因组中心.


其他预测方法、数据集和资源:

以下是亚细胞定位预测相关链接的集合。如果您希望看到添加到此页面的特定程序或资源的链接,请联系我们.

在页面底部,我们还提供了一个建议阅读列表,其中包含一些评论文章,描述SCL和SCL预测。

其他原核生物亚细胞定位预测因子(使用web服务器):

活动

已存档

  • 八月(十亿等,2006年)是革兰氏阳性细菌的计算管道全基因组sufrace蛋白预测。
  • NClassG级+(Restrepo-Montoya公司等,2011年)一种用于非经典识别的基于序列的分类器分泌的革兰氏阳性细菌蛋白。
  • P分类器(等人,2005年)预测蛋白质的亚细胞定位基于氨基酸亚表位和多支持向量机的组合
  • PSLDoc公司(Chang et公司2008年)使用文档分类技术,并将概率潜在语义分析与支持向量机模型相结合,用于预测原核生物和真核生物。
  • SubLoc公司(华和孙,2001)使用支持向量机将原核蛋白分配给细胞质、周质或细胞外位点,将真核蛋白分配到细胞质、线粒体、核或细胞外部位。在PSORT-B v.1.1中使用改良的SubLoc来区分细胞质和非细胞质蛋白质。

其他原核生物亚细胞定位预测方法(无网络服务器):

  • 基于FFT的SCL预测器(等人,2007年)是基于快速傅里叶变换的支持向量使用不同方法的亚细胞定位预测机器替代模型
  • GNBSL公司(等,2006年)生成亚细胞定位预测革兰氏阴性菌使用几种不同的基于输入蛋白质生成的PSSM和PSFM的支持向量机
  • 卑诗省母鸡(布拉舍夫斯卡和Eils,2006年)通过构建层次结构预测本地化分类器集成,即基于马尔可夫的贝叶斯分类器链模型
  • 等,2011年用伪氨基酸组成预测蛋白质SCL采用分段加权和特征组合的方法。

其他真核亚细胞定位预测因子:

活动

已存档

其他真核亚细胞定位预测方法(无需网络服务器):

  • GO-TLM公司(教育与工业应用数学组织等,2011年)使用基因本体转移模型进行预测真核蛋白SCL。
  • 等,2011年用频繁模式预测酵母蛋白SCL树方法(FPT)
  • 等,2011年结合PCA和WSVM预测蛋白SCL。
  • 等,2011年结合PseAAC预测凋亡蛋白SCL三肽组成。
  • M(3)-支持向量机(和Lu,2010年)使用包含基因的集成分类器本体(GO)语义信息,氨基酸组成二级结构和溶剂可及性信息的预测SCL。
  • ngLOC公司(国王和古达,2007年)使用n个-基于gram的贝叶斯分类器它预测了10个不同蛋白质序列的定位亚细胞器。开发了ngLOC的增强版本评估八种真核生物的亚细胞蛋白质组:酵母、线虫、果蝇、蚊子、斑马鱼、鸡、小鼠、,和人类。

核特异性定位预测因子:

活动

已存档

病毒蛋白亚细胞定位预测因子:

活动

已存档

  • 病毒PLoc(沈和周,2007)将分类器与K-最近邻规则和Swissprot注释的病毒蛋白融合作为训练数据,预测病毒蛋白的亚细胞定位。
其他亚细胞定位相关数据库:

活动

已存档

跨膜α-螺旋预测因子和膜预测软件:

活动

已存档

β-桶外膜蛋白预测因素:

活动

已存档

建议阅读:

詹妮弗·加迪和菲奥娜·布林克曼:“预测细菌蛋白质亚细胞定位的方法",自然评论微生物学,4(10):741-751 (2006).

Gisbert Schneider和Uli Fechner:“蛋白质靶向预测研究进展信号",蛋白质组学,4(6):1571-1580 (2004).

奥洛夫·伊曼纽尔森:“预测蛋白质亚细胞定位氨基酸序列信息”,中的简报生物信息学,3 (4):361-376 (2002).

Kenta Nakai:“蛋白质分选信号与亚细胞预测本地化",高级蛋白质化学。,54:277-344 (2000).

 


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