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开放基因组流行病学的PHA4GE SARS-CoV-2背景数据规范

版本1:接收日期:2020年8月7日/批准日期:2020日8月9日/在线日期:2020月9日(15:53:58 CEST)

如何引用:格里菲斯,E.J。;蒂姆,R.E。;佩奇,A.J。;Alikhan,N.-F。;Fornika,D。;马奎尔,F。;曼德斯,C.I。;Tausch,S.H。;布莱克,A。;康纳,T.R。;泰森·G·H。;Aanensen,D.M。;阿尔科克,B。;坎波斯,J。;Christoffels,A。;Gonçalves da Silva,A。;霍德克罗夫特,E。;小伟。;Katz,L.S。;Nicholls,S.M。;Oluniyi,体育。;Olawoye,I.B。;Raphenya,A.R。;Vasconselos,A.T.R。;Witney,A.A。;MacCannell,D.R.《开放基因组流行病学PHA4GE SARS-CoV-2背景数据规范》。预印本 2020, 2020080220. https://doi.org/10.20944/preprints202008.0220.v1 格里菲斯,E.J。;蒂姆·R·E。;佩奇,A.J。;Alikhan,N.-F。;Fornika,D。;马奎尔,F。;曼德斯,C.I。;Tausch,S.H。;黑色,A。;康纳,T.R。;泰森·G·H。;Aanensen,医学博士。;阿尔科克,B。;坎波斯,J。;Christoffels,A。;Gonçalves da Silva,A。;Hodcroft,E。;小伟。;卡茨,L.S。;Nicholls,S.M。;Oluniyi,体育。;Olawoye,I.B。;Raphenya,A.R。;Vasconselos,A.T.R。;Witney,A.A。;MacCannell,D.R.《开放基因组流行病学PHA4GE SARS-CoV-2背景数据规范》。预印本2020200080220。https://doi.org/10.20944/preprints202008.0220.v1

摘要

基因组流行病学公共卫生联盟(PHA4GE)(https://pha4ge.org)是一个全球联盟,积极致力于建立共识标准、记录和共享最佳实践、提高关键生物信息工具和资源的可用性,并倡导公共卫生微生物生物信息学的更大开放性、互操作性、可访问性和再现性。面对当前的疫情,PHA4GE明确指出了当前对适合目的的开源SARS-CoV-2上下文数据标准的需求。因此,我们开发了INSDC病原体包的扩展,基于可协调的、公开可用的社区标准提供了SARS-CoV-2上下文数据规范。该规范可以通过一个收集模板以及一系列协议和工具来实现,以支持序列数据和上下文信息的协调以及向公共存储库的提交。结构良好、丰富的上下文数据增加了价值,促进了重用,并支持不同数据集的聚合和集成。采用拟议标准和实践将更好地实现数据集和系统之间的互操作性,提高生成数据的一致性和实用性,并最终促进SARS-CoV-2和COVID-19中的新见解和新发现。

补充和相关材料

关键词

基因组学;元数据;SARS-CoV-2;生物信息学;数据标准

主题

生物学和生命科学、生物学和生物技术

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