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| 状态 |
2008年7月6日公开 |
| 标题 |
多能干细胞和分化细胞的基因组DNA甲基化图谱 |
| 有机体 |
小家鼠 |
| 实验类型 |
通过高通量测序进行甲基化分析
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| 总结 |
我们报告了哺乳动物细胞中核苷酸分辨率下基因组DNA甲基化谱的生成和分析。使用高通量减少表现亚硫酸氢盐测序（RRBS）和单分子测序，我们生成了涵盖绝大多数CpG岛的DNA甲基化图，以及小鼠胚胎干细胞保守非编码元件、转座子和其他基因组特征的代表性样本，ES-衍生和初级神经细胞，以及其他八种初级组织。数据中出现了几个关键发现。首先，DNA甲基化模式与组蛋白甲基化模式的相关性比与潜在基因组序列背景的相关性更好。其次，CpG的甲基化是动态的表观遗传标记，在细胞分化过程中发生广泛变化，特别是在核心启动子以外的调控区域。第三，对ES-derived和primary细胞的分析表明，与一组特定发育调控基因相关的“弱”CpG岛在体外扩展增殖过程中发生异常高甲基化，这与一些原发性肿瘤中的报道模式相似。更广泛地说，研究结果确立了RRBS是一种强有力的技术，可用于对与发育生物学、癌症和再生医学相关的细胞群体进行表观遗传学分析。
关键词：高通量减少代表性亚硫酸氢盐测序（RRBS），Illumina，细胞类型比较
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| 总体设计 |
18种小鼠细胞类型的简化亚硫酸氢盐序列测定（MspI，约40-220bp大小分数）。
本研究的原始序列数据文件可从SRA FTP网站下载，网址为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/Studies/SRP000/SRP000179
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| 贡献者 |
米克尔森TS,迈斯纳A,顾H,侏儒A,杰尼施R,着陆器ES |
| 引文 |
18600261 |
| 提交日期 |
2008年4月2日 |
| 上次更新日期 |
2019年5月15日 |
| 联系人姓名 |
Tarjei S Mikkelsen公司 |
| 组织名称 |
布罗德学院
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| 街道地址 |
7剑桥中心
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| 西蒂 |
剑桥 |
| 州/省 |
妈妈 |
| 邮政编码 |
02142 |
| 国家 |
美国 |
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| 平台（1） |
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| 样品（18）
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| 关系 |
| SRA公司 |
SRP000179号 |
| 生物项目 |
PRJNA107127项目 |
