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| 状态 |
2024年5月14日公开 |
| 标题 |
大鼠胰岛，anti-control_3，3个月大的成年，Wistar |
| 样品类型 |
SRA公司 |
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| 源名称 |
分散的胰岛
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| 有机体 |
褐家鼠 |
| 特点 |
组织：胰岛
发育阶段：成人
菌株：Wistar
治疗：反义控制（反控制）寡核苷酸
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| 治疗方案 |
用30个微粒体单链反义寡核苷酸转染大鼠胰岛细胞，这些寡核苷酸对应于靶片段mt-tRF-LeuTAA（Qiagen#自定义功率抑制剂PS脱盐，抗mt-tRF-LeuTAA）或扰乱对照寡核苷酸（反对照）的互补序列使用Lipofectamine 2000（Thermo Fischer Scientific#11668019）。在提取RNA之前，细胞培养72小时。
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| 生长方案 |
采用胶原酶消化、Histopaque密度梯度和手工采摘分离大鼠胰岛。通过在+37°C的无Ca2+/Mg2+磷酸盐缓冲盐水、3 mM EGTA和0.002%胰蛋白酶（Thermo Fischer Scientific，#15400-054）中培养3-4分钟，将胰岛分散到单个细胞中。在含有11 mM葡萄糖和2 mM L-谷氨酰胺的RPMI 1640谷氨酸MAX培养基（Thermo Fischer Scientific#72400-054）中培养分离的啮齿动物胰岛和分散的胰岛细胞，并补充10%胎牛血清（Merck-Sigma#F7524）、10 mM Hepes pH 7.4、1 mM丙酮酸钠（Merck-Sigma#S-8636）、，100 mg/mL链霉素和100 IU/mL青霉素。
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| 提取的分子 |
总核糖核酸 |
| 提取协议 |
使用miRNeasy微量试剂盒（Qiagen#217084）提取大鼠胰岛总RNA。
使用TruSeq链总RNA试剂盒制备文库。
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| 图书馆战略 |
RNA-Seq号 |
| 库源 |
转录组学的 |
| 库选择 |
cDNA |
| 仪器型号 |
Illumina HiSeq 4000公司 |
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| 数据处理 |
纯度过滤读数是适配器，质量由Cutadapt调整（v.1.8，Martin 2011）。通过fastq_screen（v.0.11.1）删除与核糖体RNA序列匹配的读数。为了确定转录表达水平，使用STAR（v.2.5.3a）将读数与Rnor_6.0.98基因组对齐。
使用Rnor_6.0.98基因注释，用HTseq-count（v.0.9.1）总结每个基因位点的读取计数。
使用RSeQC评估RNA测序数据比对的质量（v.2.3.7）。
在R（R版本4.0.3）中进行归一化和差异基因表达（FDR≤0.05）。
使用带有默认参数（limma v 3.44.3）的功能filterByExpr筛选出计数低的基因：这将使在至少n=6个样本中具有³10计数的基因和所有样本中的³15计数相加。然后使用修剪的M值平均值（TMM）归一化对库大小进行缩放。随后，将归一化计数转换为每百万计数（cpm）值，并通过函数cpm应用log2转换，其中参数设置先验计数=1。（EdgeR v 3.30.3；Robinson等人，2010）。通过将数据拟合到线性模型，使用R Bioconductor软件包Limma（Ritchie等人，2015）计算差异表达。采用了Limma-trend方法。
组装：使用HTSeq与基因组对齐：使用STAR与Rnor_6.0.98基因组对齐。使用RSeQC评估RNA-seq数据比对的质量。
补充文件格式和内容：mt-tRF-LeuTAA沉默vs反控制时检测到的基因.xlsx
补充文件格式和内容：mt-tRF-LeuTAA沉默vs反控制时的上下基因.xlsx
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| 提交日期 |
2023年8月8日 |
| 上次更新日期 |
2024年5月14日 |
| 联系人姓名 |
塞西尔·贾埃韦蒂 |
| 电子邮件 |
Cecile.Jaaventi@unil.ch
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| 电话 |
+41216925281
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| 组织名称 |
洛桑大学
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| 部门 |
基础神经科学
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| 街道地址 |
布农街9号
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| 西蒂 |
洛桑 |
| 邮政编码 |
1005 |
| 国家 |
瑞士 |
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| 平台ID |
GPL22396标准 |
| 系列（1） |
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| 关系 |
| 生物样品 |
SAMN36893019号 |
| SRA公司 |
SRX21301838型 |
