DATATOOL-NCBI数据转换工具

程序描述

DATATOOL是一个实用程序，旨在转换ASN.1规范转换为XML DTD，反之亦然，并在ASN.1和XML之间转换数据格式。DATATOOL可以将ASN.1规范转换为XML DTD或模式，DTD转换成ASN.1（有限制），DTD转化成XML模式。此外，一旦知道了规范，DATATOOL可以转换数据从ASN.1到XML，或从XML到ASN.1格式。

DATATOOL是NCBI C公司++工具箱可从以下网站免费下载：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/toolbox/ncbi_tools文件++/当前/
有关更多信息，请参阅：
http://ncbi.github.io/cxx-tolkit/pages/ch_app

一些平台的预构建DATATOOL可以在以下位置找到：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/toolbox/ncbi_tools文件++/BIN/CURRENT/数据工具/

基本说明

DATATOOL可用于正式转换任何ASN.1或XML数据或数据规范。有关命令行参数的列表，请参阅
http://ncbi.github.io/cxx-toolkit/pages/ch_app

重要注意事项

由于DATATOOL仅执行正式的数据转换，因此它不能用于执行任何其他对转换后的数据进行处理。如果您需要其他数据处理您可以：

使用编写自己的代码数据工具和美国国立生物技术信息中心序列化库（或任何其他XML或ASN.1框架），或
对于XML、ASN.1和其他格式的生物序列数据，使用以下格式之一专用工具，如NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Newsltr/V14N1/toolkit.html

例子

将GenBank ASN.1数据文件转换为XML：

在以下位置获取GenBank ASN.1数据文件：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/ncbi-asn1/.在这里每日-nc目录包含自ASN.1格式的上一个GenBank版本的关闭数据。
其他文档：
/ncbi-asn1/README.asn1
/ncbi-asn1/每日nc/README.asn1.daily-nc
下载适合您平台的数据工具二进制文件：
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/toolbox/ncbi_tools文件++/BIN/CURRENT/数据工具/
下载NCBI数据规范文件：
https://ncbi.nlm.nih.gov/data_specs/asn/ncbi_all.asn
运行程序：
```
./datatool-m NCBI_all.asn-d gbest225.aso-t Bioseq-set-px gbest225.xml
```
在这里：

gbest225.aso标准

是ASN二进制格式的源GenBank数据文件的名称格式

Bioseq设置

是源文件中数据类型的名称

gbest225.xml标准

是XML格式的输出文件的名称

请注意：

未压缩的XML文件大约是压缩文件的10倍二进制ASN.1文件，因此可以极其大。
ASN.1通常包含多于GenBank文件；它包括其他数据库，如PDB和RefSeq，HTG记录的空白，以及显示了HTG记录的质量分数。有关更多信息，请阅读：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/ncbi-asn1/README.asn1文件

请将问题通过电子邮件发送至：info@ncbi.nlm.nih.gov

上次更新时间：2006年3月30日