什么是MC-FOLD|MC-SYM？

MC-Fold|MC-Sym管道是RNA二级和三级结构的网络托管服务预测。管道意味着MC-Fold的输入序列输出二级结构直接输入MC-Sym，输出三级结构。 竖线“|”是Unix中表示管道处理的符号，由发明马尔科姆·D·麦克罗伊。 参考： 巴黎人M，少校F。自然。(2008)452:51-55.(公开的)(自然)(用户指南)

什么是MC-FOLD？

MC-Fold根据序列预测二级结构（黑色箭头）。与包括AU、CG、，和构成结构茎的摆动GU碱基对，MC-Fold的二级结构包括其他碱基配对模式也。这些通常被称为非规范碱基对。 ？MC-Fold的数据库文件夹 ·MC-Fold的用户指南 参考： 巴黎人和梅杰。自然（补充信息）

MC-折叠：：序列->[二级结构]

链接到MC折叠


♦MC-Fold可通过命令行使用cURL程序：

curl-Y 0-Y 300-F“pass=lucy”-F“sequence=CCAGAUGGCUGGCUGCUGG”（卷曲-Y 0-Y 300-F）https://www.major.iric.ca/cgi-bin/MC-Fold/mcfold.static.cgi网站


♦使用以下序列比较不同二级结构预测程序的结果：

• HIV-1 TAR RNA：CCAGAUGAGCCUGGGAGCUCUGG
• 带V形凸起的IRE：AUUAUCGGGAGCAGUGUCUUCCAUAAU
• 带有W凸起的IRE：AUUCUGCUUCAACAGUUUGAACGAA
• 大鼠28S E-loop：GGGUGCUCAGUACGAGAGGAAGAACCGCACCC
• C27A ScYLV假结：AGUGGCGCCGACCACUUAAAAACAACGG

♦替代二级结构预测程序：

• 信息生命周期管理阮、斯托莫、张。NAR公司2004
• Sfold公司劳伦斯·丁。NAR公司2003
• Pfold（折叠）海因·努森。NAR公司2003
• 百万倍祖克。NAR公司2003
• V折叠道森、藤原、卡瓦伊。公共科学图书馆一号2007
• RNA折叠霍法克。NAR公司2003
• CONTRAfold公司做，伍兹，蝙蝠格鲁。生物信息学2006
• RNA结构马修斯等人。美国国家科学院2004

什么是MC-SYM？

MC-Sym从MC-Fold的二级结构构建三级结构，即作为ASCII输入脚本提供。不需要交互式计算机图形。MC-Sym穷尽或概率地探索构象搜索RNA的空间并产生满足所有输入约束的结构。 ？MC-Sym公司常见问题解答 ？MC-Sym公司用户指南 ？MC-Sym的数据库文件夹 ŞMC-Sym的数据库快照 参考文献： Major等人。科学类1991 少校。计算机科学与工程2003

MC-Sym:：二级结构->[三级结构]

链接到MC-Sym


♦以下是MC-Sym输入脚本和PDB引用的列表：

PDB ID		MC-Sym公司		参考		类型		描述
430天		430D.mcc公司		430D01.pdb型		发夹		鼠28S回路E
1丁腈橡胶		1毫微米立方厘米		1个NBR01.pdb		发夹		铁反应元件V型
2小时		2万立方米		2HUA01.pdb型		发夹		SCFV IRES领域III
2GIO（2GIO）		2GIO.mcc（千立方厘米）		2GIO01.pdb型		发夹		RNA温度计
2FDT公司		2FDT.mcc公司		2FDT01.pdb型		发夹		UnaL2交错元素
2费		2眼睛.mcc		2FEY01.pdb型		发夹		端粒酶RNA结构域IV
2CD1号机组		2CD1.mcc公司		2CD101.pdb型		发夹		核糖核酸酶P RNA P4
2辆EVY		2辆电动汽车.mcc		2EVY01.pdb版		发夹		GNYA四环路
三氧化二钒		2O33.mcc		2O301.pdb		发夹		U2 snRNA
2AHT公司		2AHT.mcc型		2AHT01.pdb型		发夹		Ⅱ族内含子分支位点
纽约国际机场		1NYI.mcc公司		1NYI01.pdb型		Y形		锤头状核酶
2小时		2小时.mcc		2GH01.pdb型		Y形		5S rRNA
2安培5		2安培5立方厘米		2AP501.pdb型		假结		黄叶病毒
2P89型		[第1页][第1页][第2页][第二页]		2P8901.pdb型		复杂		H/ACA箱
		[整体]

什么是MC-CONS？

MC-Cons在序列的次优二级结构集合中为每个序列分配一个二级结构，以便所分配的二级结构集使两两结构相似性之和最大化；协商一致的任务。MC-Cons可以看作是多重序列和三级结构之间的滤波器。 MC-Cons的用户指南 参考： 巴黎人和梅杰。自然（补充信息）

MC-Cons：：[（sequence，[secondary-structure]）]->[（se序列，secondary-structure）]

链接到MC-Cons


♦替代共识结构和分配计划：

• 马尔纳（MC-Fold输出友好型）Siebert，Backofen。生物信息学2005
• RNA形状（仅序列数据）Steffen等人。生物信息学2006

DOT-支架渲染

渲染点框结构的工具是CONTRAfold包的plot_rna（Do等人。生物信息学2006).

键入或粘贴您的网络结构： 第一个核苷酸的索引：

下面是一个输入示例：

>ce-TrxR公司GACCUUUGGCUAAACUCCAUCGAGGCCUGGUC公司((((((((((..((((((...))))))))))))))))   -32.465((((((((((...(((((...).))))))))))))))   -32.570

♦具有伪结功能的替代渲染程序：

• 伪查看器韩拜恩。NAR公司2006.（在线web服务器）
• jViz公司。雷诺数格伦·威斯。IEEE CBSM标准2006年（手动调整）

MC-SYM脚本生成器

该程序将生成一个MC-Sym脚本，该脚本将构建具有指定序列和二级结构的RNA。请考虑以下几点：

• 接受的序列符号为：“A”、“C”、“G”、“U”和“T”。
• 可接受的结构符号为：`.``（`，`[`，`）`和`]`。
• 隔离碱基对.(. .).如果不在NCM中，则不建模。
• 单股结构（即非结构）中超过40%的结构未建模。
• 经典的二级结构很难正确建模。
• 只要表达式适当平衡，就可以接受伪节点。
• 有关高级建模主题，请访问我们的常见问题解答.

键入或粘贴您的序列，然后是您的网络结构： 单击提交将在MC-Sym web服务器上将此作业排队。 单击“高级”将显示选项网页。 请谨慎使用并有良好的判断力！

下面是一个输入示例：

>ce-TrxR公司GACCUUUGGCUAAACUCCAUCGAGGCCUGGUC公司((((((((((..((((((...))))))))))))))))

下面是另一个输入示例，其中包含伪结：

>2个PKUGACCAGUAUGAGUCACAUCUCAUAGC（UGACCUAGU）(((((.[[[[[[[))))).......]]]]]]]

RNA双螺旋发生器

该程序将生成一个MC-Sym脚本，该脚本将构建RNA双螺旋。

1.顺序 空的3'-股字段表示A=U/C=G双螺旋 必须输入3’到5’的3’-股序列 绞线5'-  绞线3'-

♦替代双螺旋发电机：

• 预报员(DNA双螺旋）Farwer等人。硅生物2007年。（在线web服务器）

RNA相互作用网络丰度

该程序将计算交互网络保真度（INF）基于注释的两个RNA三维结构之间。

1.结构 找到参考和模型文件 文件应为PDB格式 无法压缩文件 结构应具有相同的链ID和编号   参考：    型号：    方法： MC-注释[1,2,3,4,5]     RNA视图[1,6]     也考虑堆叠！[3,4,5]             [1] Leontis&Westhof公司。RNA。2001     [2] Lemieux&Major律师事务所。核酸研究。2002     [3] Gabb等人。J摩尔图。1996     [4] Major&Thibault公司。在里面生物信息学：从基因组到治疗。2007     [5] Gendron等人。分子生物学杂志。2001     [6] Yang等人。核酸研究。2003

RNA序列突变

这个程序会将碱基身份变异为指定的序列到提供的3D结构中。这对执行结构中的点突变，或替换非规范标准碱基。

1.顺序和结构 找到PDB文件格式中指定的结构。 该结构应去除所有离子和水分子。 序列从5'端到3'端进行。   结构：    顺序：

下面是一个输入示例：

结构：PDB文件1EVV（无离子和水分子）。序列：GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGCCAGACUGAUGGAGUCCUGUUCGAUCCACAGAAUGCACCA

联系人

链接到RNA工程实验室 链接到弗朗索瓦·梅杰 链接到马克·帕里辛 非常感谢Patrick Gendron在IRIC生物信息平台上管理Condor并帮助我们解决分布式计算问题！

创建时间：2007年10月16日
更新时间：2009年8月5日