基于彩色编码技术的准种重建算法

doi:10.11896/j.issn.1002-137X.2019.02.046

计算机科学››2019,第46卷››问题（2）: 301-305.数字对象标识：10.11896/j.issn.1002-137X.2019.02.046

基于彩色编码技术的准种重建算法

黄丹¹,吴璟莉^1,2,3

广西师范大学计算机科学与信息工程学院广西桂林541004¹
广西师范大学广西多源信息挖掘与安全重点实验室广西桂林 541004²
广西区域多源信息集成与智能处理协同创新中心广西桂林 541004^三

收稿日期:2017-11-23 出版日期:2019-02-25 发布日期:2019-02-25
通讯作者:吴璟莉(1978-),女,博士,教授,硕士生导师,共因失效会员,主要研究方向为生物信息学、算法设计与分析,电子邮件：wjlhappy@mailbox.gxnu.edu.cn
作者简介:黄丹(1993-),女,硕士生,主要研究方向为生物信息学
基金资助:
本文受国家自然科学基金项目(61363035,61762015,61502111,61662007),广西自然科学基金项目（2015GXNSFAA139288），“八桂学者”工程专项,广西多源信息挖掘与安全重点实验室系统性研究基金项目（14-A-03-02,15-A-03-02），广西科技基地和人才专项（AD16380008）资产

基于彩色编码技术的准物种重建算法

黄丹¹，吴敬礼^1,2,3

广西师范大学计算机科学与信息技术学院，广西桂林541004¹
广西师范大学多源信息挖掘与安全广西重点实验室，广西桂林541004²
广西多源信息集成与智能处理协同创新中心，广西桂林541004^三

收到：2017-11-23 在线：2019-02-25 出版：2019-02-25

摘要/摘要

摘要：求解病毒准种单体型有助于了解其基因结构特点,对疫苗的研制及抗病毒治疗具有重要意义。文中通过引入模糊距离,构造一种带权的片段冲突图,并提出了基于彩色编码技术的病毒准种单体型重建算法CWSS公司无缝钢管算法先根据给定阈值对片段冲突图进行预处理;然后根据顶点的边权和及饱和度取值为图中顶点着色,着色遵循相邻顶点颜色相异的原则,直至所有顶点完成着色;最后将相同颜色的顶点片段进行组装,得到准种单体型。无缝钢管算法的时间复杂度为O（运行）(米²氮+锰) 。采用模拟测序片段数据进行实验测试,对CWSS和Dsatur算法的重建性能和质量进行对比分析。实验结果显示,相比于土星，CWSS算法能获得更准确的准种单体型,具有更高的重建性能。

关键词: 彩色编码, 带权图, 单体型, 模糊距离, 准种

摘要：病毒准种单倍型的重建有助于了解病毒基因的结构，对疫苗制备和抗病毒治疗具有重要意义。本文通过引入模糊距离构建了加权片段冲突图，并提出了一种基于颜色编码技术的病毒准种单倍型重建算法CWSS。首先，CWSS算法根据给定的阈值对碎片冲突图进行预处理。其次，在相邻顶点必须具有不同颜色的条件下，根据边权重和饱和度值之和对图的所有顶点进行着色。最后，通过组装具有相同颜色的片段获得准种单倍型。CWSS算法的时间复杂度为O(米²氮+锰).采用模拟序列片段比较CWSS算法和Dsatur算法的重建性能和质量。实验结果表明，与Dsatur算法相比，CWSS算法可以获得更精确的准物种和更高的重建性能。

关键词： 颜色编码，模糊距离，单倍型，准物种，加权图

中图分类号:

TP301型

黄丹, 吴璟莉.基于彩色编码技术的准种重建算法[J] ●●●●。计算机科学, 2019, 46(2): 301-305. https://doi.org/10.11896/j.issn.1002-137X.2019.02.046

黄丹、吴敬礼。基于彩色编码技术的准物种重建算法[J] 。计算机科学，2019，46（2）：301-305。https://doi.org/10.11896/j.issn.1002-137X.2019.02.046

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