使用基因表达式数据查询表
更多帮助

本帮助文档回答了以下问题：

基因表达数据库的目的是什么？

基因表达数据库（GXD）旨在以适合综合分析的格式整合来自小鼠的多种不同类型的内源性基因表达数据。查询结果，如发育阶段和表达组织（或非表达组织）、样本的遗传来源、检测条带的数量和大小，以及分子探针、表达分析类型和使用的实验条件。表达模式使用标准化解剖术语的广泛、层次词典进行描述，从而可以以一致和综合的方式记录不同空间分辨率分析的表达结果，并以不同的详细程度分析表达模式。只要可能，文本注释都会由原始表情数据的数字化图像进行补充。

要了解有关GXD和我们如何获取数据的更多信息，请参阅关于GXD.

另请参见MGI词汇表不熟悉的术语和首字母缩写词。

我可以使用基因表达数据标准搜索来查找什么？

基因表达式数据查询表单标准搜索选项卡允许您提出基本或复杂的问题。您可以提出的问题类型包括：

（请参见有查询结果的例子吗？用于表单这些查询的字段值。）

如果您有兴趣查询哪些基因在某些解剖结构和/或发育阶段表达，而在其他阶段不表达，您应该使用差异表达式搜索选项卡。

顶部

每个标准搜索字段中可以接受哪些值？

基因|基因组定位|解剖结构或阶段|突变型/野生型 |分析类型
基因本节提供了两个字段的选择。

命名搜索。使用左侧字段搜索老鼠基因或具有类似命名法的一组基因的表达数据。

  • 基因命名字段支持星号作为通配符。搜索pax*可以找到以开头的基因符号和名称的表达数据圣像牌.
  • 搜索“方框”会查找包含以下内容的术语箱本研究发现精氨酸脱羧酶基因、同源盒基因和配对盒基因。
  • 您还可以使用逗号分隔的基因列表进行搜索。对基因或ID列使用“批量搜索”选项卡。请参见使用基因表达批量搜索了解详细信息。
  • 搜索生长因子查找包含生长和因素.
  • 还搜索了同义词（出版物中使用的非官方基因名称和以前的官方基因符号）。
  • 此字段仅搜索字母数字字符。忽略单引号、双引号、逗号和连字符。

词汇搜索。使用右侧字段查找由功能、表型或疾病模型关联定义的基因的表达数据。

  • 开始键入感兴趣的术语，第二个字符上会激活自动完成列表。
    • 该列表显示了所有与搜索字符（以粗体字母显示）匹配的词汇术语及其同义词，以及每个术语注释的基因数量。
    • 如果没有对术语进行注释的基因，或者没有与基因相关的表达数据，则术语将显示为灰色。
    • 您可以键入多个术语的开头以缩小列表范围（例如：axon guid）。
  • 您必须选择一个术语。此字段中没有自由文本搜索。
  • 您只能选择一个术语，尽管选择术语时会包含其子术语的结果。例如，选择骨量减少还包括其亚肢、致密骨量减少、小梁骨量减少和骨质疏松的结果。
  • 自动完成字段忽略非字母数字字符，如“和-”。
  • 如果您不确定要使用的正确术语，请使用适当的浏览器查找词汇及其定义：

请注意，您不能提交包含命名搜索和词汇术语搜索同时。

基因组定位 您可以输入小鼠基因组区域列表（例如2:105668896-108698410、Chr12:28553755..28867491）。
  • 您可以输入由逗号、空格和/或返回分隔的多个区域。
  • 您还可以搜索整个染色体（例如19或19:或chr19）。线粒体染色体使用MT。
  • 将默认值bp（碱基对）切换为Mbp，以按兆碱基对搜索。（例如12:28.55-28.89）
解剖结构或阶段

单击可将您的搜索限制为在中检测到表达式、在中未检测到表达式或两者之一的分析结果。默认值为任何一个.

您可以选择在此部分中使用一个或两个字段。

解剖结构

解剖结构取自小鼠发育解剖学本体。开始键入感兴趣的解剖学术语，第二个字符上的自动完成列表将激活。该列表显示了与搜索字符匹配的所有解剖学术语及其同义词。该术语后面是存在该结构的泰勒分期（例如肺叶TS20-28）。您必须从自动完成列表中选择一个术语（即，此字段中没有自由文本条目）。

下拉菜单上的顺序如下：
  1. 与结构精确匹配
  2. 与同义词完全匹配
  3. 与结构“开始”匹配
  4. “开始”与同义词匹配
  5. 然后是其他匹配项

对于每个发展阶段，《解剖词典》被组织为一个结构层次。默认情况下，搜索包括子结构。这意味着，如果你在大脑中搜索基因表达，你的搜索也会返回大脑所有子结构的注释，例如菱脑、顶盖和其他。

如果您不确定要使用的最合适的结构术语，请浏览小鼠发育解剖学本体.

发展阶段
使用此字段选择一个或多个泰勒阶段（TS），将搜索重点放在胚胎发育的特定阶段。或者，您可以选择使用年龄选项卡并将搜索限制为一般术语，胚胎期的或产后或选择特定的受孕后天数（dpc）。

注释：Theiler系统将开发组织为特定开发特征的出现所定义的阶段。同一胎龄的胚胎在发育方面可能有很大差异。因此，泰勒阶段并不完全对应于特定的年龄。例如，TS 21适用于受孕后12.5至14.0天（dpc）的胚胎，而TS 22适用于13.5至15.0 dpc的胚胎。

要选择多个阶段或年龄：
  • 在Macintosh上，按住命令（Apple，⌘）键并单击所需的阶段；或者按住shift键并单击两个阶段以选择这些阶段以及中间的所有阶段。
  • 在PC上，按住控制键并单击所需的阶段；或者按住shift键并单击两个阶段以选择这些阶段以及中间的所有阶段。

如果您将鼠标悬停在舞台上，弹出窗口将描述该舞台的一些定义特征，例如舞台12的“第一个体位，晚期头部折叠”。你可以浏览阶段描述以获取每个Theiler阶段的定义功能列表。
突变型/野生型

选择基因突变样本搜索从突变样本中获得的表达数据。使用此字段输入突变遗传标记的符号或名称。系统搜索突变基因的当前符号/名称和同义词。使用此搜索字段基因命名法在搜索表单顶部进行搜索。

选择仅野生型标本如果你想在搜索中排除突变等位基因。这项研究仍将包括用于就地报告人分析。纯合子突变样本不包括在本次搜索中。

选择所有样本默认设置为在搜索中包含所有突变型和野生型标本。
分析类型 检查分析类型列表。使用此部分可将搜索限制为一种或多种选定类型的分析。默认设置是从搜索中排除RNA-Seq分析。使用原位、印迹和全基因组分析复选框快速选择或取消选择分析类型。

顶部

差异表达式搜索的目的是什么？

差异表达搜索（Differential Expression Search）是专门设计的，用于搜索在某些解剖结构或发育阶段表达的基因，而不是在其他解剖结构或发展阶段表达的。你可以问的问题包括：

RNA序列数据尚未包括在这些搜索中。

顶部

在每个差异搜索字段中可以接受哪些值？

解剖结构|发展阶段
差异表达形式允许您查询在某些解剖结构和/或发育阶段表达的基因，但在其他阶段不表达。

字段 描述
解剖结构 解剖结构取自小鼠发育解剖学浏览器。开始键入感兴趣的术语，第二个字符上的自动完成列表将激活。

对于每个阶段，解剖学词典都被组织为一个结构层次。因此查找检测到表达的基因，搜索包括子结构。这意味着，如果你在大脑中搜索基因表达，那么除了搜索大脑外，系统还会在层次结构中搜索大脑的子结构，例如菱脑。

如果您在表单的上半部分输入一个结构，那么在下半部分，您必须输入另一个结构或选中“其他任何位置”框。如果您选中“其他位置”框，您的搜索将返回显示为在指定结构（或其子结构）中表达的基因，但不会返回其他任何位置。

如果您不确定要使用的最合适的结构术语，请浏览小鼠发育解剖学浏览器.
发展阶段 使用此字段可选择一个或多个泰勒阶段（TS），以将搜索重点放在胚胎发育的特定阶段。
  • 下部框的默认值为以上未选择的任何阶段.要选择多个阶段或年龄：
    • 在Macintosh上，按住命令（Apple，⌘）键并单击所需的阶段；或者按住shift键并单击两个阶段以选择这些阶段以及中间的所有阶段。
    • 在PC上，按住控制键并单击所需的阶段；或者按住shift键并单击两个阶段以选择这些阶段以及中间的所有阶段。
  • 如果在上部框中输入多个阶段，查询将返回特定的基因，则表明其表达的结果必须存在于至少一个指定阶段。
  • 如果在下框中输入多个阶段，查询将返回那些在中没有表达的基因以上未选择的任何阶段.

注释：Theiler系统将开发组织到由特定发育特征的出现。相同胎龄的胚胎在发育方面可能有很大差异。因此，泰勒阶段并不完全对应于特定的年龄。例如，TS 21适用于受孕后12.5至14.0天（dpc）的胚胎，而TS 22适用于13.5至15.0 dpc的胚胎。因此，如果您对14.0 dpc年龄胚胎的所有可用记录感兴趣，则必须同时选择TS 21和TS 22。

你可以浏览阶段描述以获取每个Theiler阶段的定义功能列表。

差异表达搜索结果的默认选项卡是Tissue x Stage Matrix。下面详细介绍了该矩阵在下面简言之，

顶部

Expression Profile搜索的目的是什么？

它允许你通过基因表达谱来搜索基因。您可以通过指定多达10个解剖结构以及这些结构中是否存在表达来定义感兴趣的表达模式。你可以问的问题包括：

每个配置文件搜索字段中可以接受哪些值？

解剖结构|检测|未检测到
字段 描述
解剖结构 您可以输入1-10个解剖结构。
单击行左侧的X可以删除结构。
解剖结构取自小鼠发育解剖学浏览器。开始键入感兴趣的术语，第二个字符上的自动完成列表将激活。
检测 在任何搜索中，必须至少选择一个结构作为“已检测”（表示）。
对于返回特定基因的搜索，对于所有被选为Detected的结构，必须存在证明其表达的结果。
未检测到 对于返回特定基因的搜索，要么有结果显示它在指定结构中未被检测到（缺少），要么没有结果，表明它的表达尚未在该结构的数据库中分析或记录。

顶部

我可以批量搜索多个基因的表达数据吗？

对。有4种方法可以做到这一点：

顶部

我可以编辑我的原始选项并重新查询吗？

是的，你可以。

笔记：

顶部

不同结果选项卡的优点是什么？

“基因”、“化验”和“化验结果”选项卡提供了表达式搜索结果的逐步详细视图。这两个矩阵提供了时间和空间表达模式的交互式高级概述，并提供了深入到更多细节的能力。
基因 基因选项卡提供与查询匹配的基因列表，以及将结果导出为文本文件或将列表发送到Batch query的选项。Batch Query搜索可以将基因与其他信息关联，例如功能或表型数据。请参见使用MGI批处理查询.
化验 “分析”选项卡显示了与您的搜索匹配的独特分析的列表，以及它们的分析基因和参考文献。
化验结果 化验结果选项卡提供了最详细的摘要。除前两个选项卡中提供的信息外，它还列出了分析的结构以及是否检测到表达。
图像 “图像”选项卡允许您快速查看与搜索参数匹配的表达式结果图像。
组织x阶段矩阵 组织x阶段矩阵选项卡提供了基因表达结果的时间和空间概览。使用切换可以扩展解剖层次，以显示感兴趣的组织中更详细的层次。此选项卡还允许您滤波器结果按组织和发育阶段划分。
组织x基因矩阵 组织x基因矩阵选项卡可用于比较不同基因的表达模式。与组织x阶段矩阵一样，切换允许您扩展解剖层次，以显示感兴趣的组织中更详细的层次。此选项卡还允许您滤波器通过基因。

顶部

如何解释查询结果摘要页面？

您的搜索结果将显示在六个选项卡中，每个选项卡都注明结果数：基因,化验,化验结果,图像,组织x阶段矩阵和组织x基因矩阵。使用“标准”搜索时，默认选中“分析结果”选项卡。对于差异表达搜索，“组织x基因矩阵”选项卡是默认选择。请参见不同结果选项卡的优点是什么？有关选择结果选项卡的简要指南。

如果您的搜索返回超过2100万个分析结果，则只会显示分析结果选项卡的第一页。其他选项卡将为空。如此巨大的搜索返回使得我们的页面加载速度缓慢。要在摘要中获得完整的功能，您需要修改搜索或筛选以返回较少的结果。

基因

如果选择“基因”选项卡，则可以将结果导出为文本，或将基因列表转发给MGI批量查询或鼠标地雷，在那里你可以找到关于基因的更多信息。在导出选项下方，有一个表格总结了有关基因的信息。可以使用列标题中的三角形按列排序。查询摘要包含以下字段：

MGI标识 基因的MGI登录ID
基因 已分析基因的符号，链接到其MGI标记详细记录
基因名称 分析基因的名称
类型 所分析基因的标记特征类型。请参见基因组特征类型定义.
Chr公司 标记所属的染色体。除了染色体数目外，其他可能的值包括MT（线粒体）、XY（XY伪常染色体）、UN（染色体分配未知）
基因组定位-NCBI构建# C57BL/6J基因组碱基对的基因组坐标范围和构建数
cM公司 细胞遗传学位置
搁浅 基因编码链

化验

如果选择“分析”选项卡，则查询摘要包含以下字段：

基因 大多数分析类型的分析基因符号。RNA-Seq分析的“全基因组”反映了分析的性质。
分析详细信息 对于大多数分析类型，单词数据链接到详细的表达结果；分析的MGI登录ID（用于搜索目的）显示在括号中。对于RNA-Seq分析，数据集，然后是EBI的Expression Atlas集ID；单击滤波器()图标将过滤该数据集的摘要。
分析类型 所用分析类型的名称（例如，免疫组织化学、Northern blot、RNA原位等）。
参考 对于大多数分析类型，J编号（MGI参考标识符）和此参考的短格式引用链接到其MGI参考详细报告。对于RNA-Seq分析，EBI Expression Atlas集合ID和标题链接到GXD RNA-Seq和微阵列实验总结。在那里，您可以找到实验的详细信息，并链接到Expression Atlas（用于访问策划的数据和其他显示和分析工具）、ArrayExpress和GEO（用于访问源数据）以及PubMed（用于查看出版物）。

化验结果

如果您选择化验结果，您可以将结果导出为文本或将RNA序列结果导出到热图。在导出选项下方，有一个表格总结了有关分析的信息。默认显示十列；使用“Show additional Sample Data”（显示其他示例数据）切换时，将显示另外4列。可以使用列标题中的三角形按列排序。查询摘要包含以下字段：

基因 分析基因的符号
结果详细信息 这个词数据链接到GXD中的详细表达结果（用于大多数分析结果）或链接到EBI的expression Atlas中的实验详细页面（用于RNA-Seq分析结果）；分析的MGI登录ID或RNA-Seq数据集ID显示在括号中
分析类型 所用分析类型的名称（例如，免疫组织化学、Northern blot、RNA就地)
年龄 分析中使用的样本的年龄。年龄注释的缩写如下：
E类 胚胎日
P（P） 产后或产后一天
脉搏波 产后一周
百万磅 产后月份
同比 出生后年份
P成人 产后成年人
P新生儿 产后新生儿
结构 分析中检查的结构，以泰勒分期（TS）和解剖结构名称给出。
单元格类型 单元格类型（如果指定）。2022年开始将Cell-Type（CL）本体用于注释，因此数据库中没有太多注释使用它。
检测？ 是否检测到表达？可能的值为：
  • 是的
  • 不
  • 模棱两可的
  • 未指定

注：

  • 当TPM（TPM）小于0.5。
  • 当作者没有报告凝胶带是否存在时，使用“未指定”。
  • 当作者指定或我们的馆长无法从作者的描述中辨别出表达是否存在时，使用模糊。
TPM（TPM）水平（RNA-Seq） 可能的值为：
  • 低于截止值=0.5 TPM
  • 低=0.5-10 TPM
  • 中等=11-1000 TPM
  • 高=>1000 TPM
EBI的Expression Atlas也使用这些映射约定。
生物复制（RNA-Seq） 启用“显示其他示例数据”切换时，列可见。
其生物复制的数量TPM（TPM）取平均值以生成TPM
图像 样本或窗格的名称及其关联图像，链接到分析详细信息的相应部分。注意：只有当我们获得出版商的许可时，才会显示图像。RNA-Seq结果没有图像。
突变等位基因 如果标本是突变体，则描述突变体基因型的等位基因对出现在该字段中。
应变 启用“显示其他示例数据”切换时，列可见。
如有规定，试样/样品的应变信息。使用includes：注释中表示列出的菌株（用星号分隔）对样本的遗传背景有贡献；其他未指明的菌株也可能是标本遗传背景的一部分。当作者在参考文献中使用一个以上的遗传背景，但没有指定哪一个是样本的背景时，出现“要么”。
性别 启用“显示其他示例数据”切换时，列可见。
可能值：女性、男性和池。当该字段为空时，表明作者没有具体说明性别。
注释（RNA序列） 启用“显示其他示例数据”切换时，列可见。
如果需要，提供有关RNA-Seq样本的附加信息。
参考 对于大多数分析类型，J编号（MGI参考标识符）和此参考的短格式引用链接到其MGI参考详细报告。对于RNA-Seq分析，EBI Expression Atlas集合ID和标题链接到GXD RNA-Seq和微阵列实验总结。您将在那里找到实验的详细信息，并链接到Expression Atlas（用于访问策划的数据和其他显示和分析工具）、ArrayExpress和地理（访问源数据）和PubMed（访问出版物）。

图像

如果选择“图像”选项卡，查询摘要将包含以下字段：

图 链接到MGI图像详细信息页面的缩略图。
基因 分析基因的符号。
分析类型 所用分析类型的名称（例如，免疫组织化学、Northern blot、RNA原位等）。
试样类型 描述样本是整个底座、部分、整个底座的部分还是光学部分。
结果详细信息 链接到图像和表达式分析结果详细信息。

组织x阶段矩阵

Tissue x Stage Matrix选项卡以网格视图显示查询结果。列显示了检测表达的发育、泰勒、阶段（TS），行显示了检测的组织。他们的早期是根据形态学标准而不是胎龄来定义的。例如，TS4代表胚泡阶段。为了简单和便于参考，列标题还显示了每个发育阶段的孕龄范围。进一步定义了泰勒阶段在这里组织由以下解剖学术语组成：小鼠发育解剖学本体。单击蓝色可以展开或折叠解剖层次► 或▼.

所有表达式结果过滤器应用于六个摘要选项卡，包括源自矩阵的筛选器。在矩阵上，选中行和/或列，然后单击筛选器()按钮将网格缩小为选中的行和列。所选过滤器将显示在选项卡上方；可以通过单击它们来删除它们。在网格上完成的任何筛选都将应用于所有其他数据选项卡。单个细胞也有过滤的能力。单击单元格显示选项，查看所有结果和查看图像。选择其中一个选项将筛选结果，并将您带到相应的摘要选项卡，您可以在其中通过访问详细信息页面来浏览这些结果。

请参见矩阵中的颜色是什么意思？

组织x基因矩阵

Tissue x Gene Matrix（组织x基因矩阵）选项卡在网格视图中显示查询结果。列显示其表达被检测的基因，行显示被检测的组织。组织由以下解剖学术语组成小鼠发育解剖学本体。单击蓝色可以展开或折叠解剖层次► 或▼.

除了过滤器在选项卡上方，您还可以通过检查网格中的行和/或列并单击filter进行筛选()按钮将网格缩小为选中的行和列。所选过滤器将显示在选项卡上方；可以通过单击它们来删除它们。在网格上完成的任何筛选都将应用于所有其他数据选项卡。单个细胞也有过滤的能力。单击单元格显示选项，查看所有结果和查看图像。选择其中一个选项将筛选结果，并将您带到相应的摘要选项卡，您可以在其中通过访问详细信息页面来浏览这些结果。

请参见矩阵中的颜色是什么意思？

顶部

矩阵中的颜色是什么意思？

网格中的颜色，布鲁斯检测到的表达和红色未检测到for表达式，当有更多支持注释时，颜色会逐渐变暗。深色并不意味着表达水平的高低，只是更多的证据。

灰色bars表示，组织的唯一注释是研究人员检查组织的注释，但没有明确说明是否有表达，也就是说，它们的描述不明确。

带有红色角表明该组织中有表达，也有表达。虽然这可能是因为不同的实验室进行了相互矛盾的观察，但也可能是由于其他因素，例如样本的基因型或性别差异、所用分析的敏感性或所分析的转录变体的差异。

带有金角表明，尽管没有注释显示组织或其亚结构中存在表达，但组织亚结构的表达结果被报告为缺失或模糊。请参见表达结果如何通过基质解剖层次结构传播？

正方形中的圆圈（仅在Tissue x Stage Matrix中找到）表示该组织存在于Theiler阶段，但我们没有该阶段的表达数据，而空白正方形表示该组织不存在于该阶段。

单击网格中的任意框将打开一个对话框。对于蓝色方块中，此框将指示组织或其子结构中存在表达的注释数。它也可能表示该组织注释的其他表达结果，这些结果被报告为缺失或模棱两可；不报告对下部结构缺少注释或注释不明确的情况。请参见表达结果如何通过基质解剖层次结构传播？

对于红色方框中，此框将显示组织中报告为无表达的注释数量；不会报告子结构的注释。请参见表达结果是如何在矩阵解剖层次结构中传播的？

对于灰色条，此框将指示以模糊方式报告表达水平的组织注释数。它也可能表明该组织注释的其他表达结果被报告为缺失。在这两种情况下，都不会报告子结构的缺失和/或模糊注释。请参见表达结果如何通过基质解剖层次结构传播？

由于正方形带有金角点表示所有表达式结果都不存在或对子结构（而不是由正方形表示的结构）的注释不明确。注释的数量未在对话框中显示。

在所有情况下，单击“View all Results”（查看所有结果）会将您带到分析结果选项卡，在那里可以详细查看这些结果。如果有注释，其中表达式在子结构中被报告为不存在或不明确，则它们将显示在该选项卡上（尽管它们不会包含在对话框的计数中）。单击“查看图像”将转到图像选项卡。

顶部

表达结果如何通过基质解剖层次结构传播？

GXD捕获的表达数据的性质要求在矩阵解剖层次结构中以不同的方式管理当前和不存在的表达结果。从“在心室中检测到表达”这句话中，我们可以推断出“在心脏中（某处）检测到表达。”相反，“在心室未检测到表达“这句话并不意味着“在心脏里（别处）发现表达。”因此，阳性表达结果在矩阵中显示为该解剖结构的蓝色方块，但任何父结构也将基于当前结果显示蓝色方块。相反，缺少表达式的结果只能在矩阵中表示该结构。父结构不会基于子结构中的缺少结果显示红色方框。

顶部

如何筛选结果？

您可以通过分析结果的属性或分析基因的词汇注释来筛选结果。在结果上方的横幅中，在下方表达式数据筛选依据：，单击所需过滤器的按钮。这将打开一个框，显示与数据集中的分析结果或基因相关的所有筛选项。选中感兴趣的框，然后单击“筛选到”以将结果减少为仅注释到选中项的结果。已应用的过滤器显示在按钮下方。您可以通过单独单击它们或使用“删除所有过滤器”按钮来删除它们。

注：

分析结果过滤器（左栏）

解剖系统描述所分析组织的高级术语
泰勒舞台分析的发展阶段
分析类型用于研究的分析类型
检测？要么：是；不；未指定；或模棱两可
TPM（TPM）水平对于RNA-Seq结果；二者之一：低于截止线；低；中等；或高
野生型？样本/样品是野生型还是突变型。

基因过滤器（右栏）

基因类型标记类型，例如蛋白质编码、非编码RNA基因
分子功能描述基因产物所涉及的分子过程的高级GO术语
生物过程高级GO术语描述基因产品涉及的生物过程
蜂窝组件描述基因产物细胞位置的高级GO术语
表型描述携带该基因突变等位基因的小鼠表型的高级哺乳动物表型（MP）术语
疾病高级疾病本体论（DO）术语描述携带基因突变等位基因的疾病小鼠

两个“矩阵”选项卡都可以通过组织轻松过滤。Tissue x Stage Matrix还提供按发育阶段/年龄过滤，而Tissue x Gene Matrix允许按基因符号过滤。选中要保留的行或列，然后单击筛选器()按钮应用过滤器。这些过滤器也适用于所有选项卡。

顶部

我可以用制表符分隔的文本文件获取结果吗？

对。这个基因和化验结果选项卡提供导出选项。单击文本文件图标。您的web浏览器将下载结果文件。分析结果文件将包括所有列，无论是否选择了“显示其他样本数据”切换。

顶部

我可以为我的RNA-Seq结果创建热图吗？

对。点击RNA序列► “化验结果”选项卡中结果表上方的“热图”按钮。将打开一个浏览器窗口，以Morpheus显示所选数据，Morpheus是Broad Institute创建的热图可视化和分析工具。页面顶部是导出到Morpheus的数据摘要。热图的每一列都是一个生物复制集；该集合的GXD元数据注释包含在列显示中。热图中的每一行都是一个基因；显示器包括其符号及其MGI和信号群ID。

注：对于任何实验，GXD（和热图）中显示的样本数可能小于数据源Expression Atlas中的样本数。原因有两方面：

  1. 在GXD中，我们展示了每个实验的生物复制集；这些是通过对具有相同来源信息（解剖结构、发育阶段、突变基因、菌株和性别）的样本进行分组得出的。
  2. 实验可能包含一些与GXD的范围不一致的样本；这些样本的数据不包括在GXD中。

顶部

我可以将搜索结果发送到MGI Batch Query或MouseMine吗？

对。在“基因”选项卡下，您可以选择将结果导出为文本文件，或将基因列表发送到MGI批量查询或鼠标地雷。如果单击Batch Query图标，基因列表将显示默认的Batch Summary。使用Click to modify search（单击以修改搜索）按钮扩展搜索结果，以包括其他信息，如基因本体（GO）术语、哺乳动物表型（MP）术语或与基因相关的人类疾病。MouseMine提供了灵活的查询、大量预定义的查询模板、结果的迭代优化以及与其他模型生物Mine的链接。

另请参见使用MGI批处理查询.

顶部

为什么在我的查询摘要中有一个到基因表达文献记录的链接？

在查询摘要的末尾，可能有一个链接指向与详细表达式数据搜索参数匹配的基因表达式文献内容记录。

因此，为了确保查询返回您感兴趣的所有引用，详细表达式数据的搜索还包括文献内容记录的搜索（只要查询参数适用于这两种类型的数据）。过滤您的查询摘要不会影响返回的文献记录数，而修改您的查询会。

哪些表达式数据查询参数生成表达式文献搜索？哪个没有？

以下详细的表达式数据查询参数生成表达式文献搜索：

由于内容记录的注释有限，以下参数不会生成表达式文献搜索：

注：您可以直接使用基因表达文献查询表.

顶部

多久添加一次注释？

GXD策展人每天都会从文献中添加新的注释。MGI网站每周更新一次这些数据和其他新数据。

顶部

有查询结果的例子吗？

以下示例列出了要在基因表达式数据标准查询上设置的字段值，以执行每个查询。在所有其他字段中保留默认值。

  1. 何时何地英语1表达？
    基因…搜索…的表达数据：环境1

    此查询返回分析检查结果的列表英语1表达。此摘要报告包括基因符号、与分析记录链接的结果详细信息（点击数据)、所使用的分析类型、所分析的解剖系统、标本的年龄、所检查的特定结构、是否检测到表达的指示、图像链接、描述标本突变基因型的突变等位基因对（如果适用），以及收集数据的参考，链接到其摘要。

  2. 哪些基因仅在野生型小鼠的心脏E8.5处表达？
    表达式： 在中检测到
    解剖结构：心
    发育阶段（dpc）：选择年龄（dpc）选项卡，然后选择E8.5
    突变型/野生型： 仅野生型标本

    此查询返回E8.5心脏中表达的基因的分析结果列表。单击“基因”选项卡查看包含基因符号（带有MGI详细页面的链接）、基因类型和基因组地图坐标的摘要报告。该报告不包括从突变等位基因获得的任何表达结果。注：示例中的每个发育阶段包括胚胎第8.5天的覆盖范围。请参见泰勒系统了解详细信息。

  3. TS 16中表达Wnt基因家族的哪些成员？
    基因…搜索…的表达数据：wnt公司*
    表达式： 在中检测到
    发育阶段（dpc）：TS 16

    此查询返回在Theiler Stage 16中检测到其表达的Wnt家族基因的分析结果列表。

  4. 轴突导向相关基因在何时何地表达？
    基因……一组基因定义如下：轴突导向

    此查询返回已知参与小鼠轴突引导的所有基因的所有分析结果列表。

  5. 哪些基因在间脑或间脑内的任何结构中都没有表达？

    表达式： 在中未检测到
    解剖结构：间脑

    此查询返回一个在间脑或间脑内解剖结构（如下丘脑、第三脑室或垂体）中未表达的基因列表。

  6. 胃间质中表达哪些与细胞粘附有关的基因？

    基因。。。一组基因定义如下：细胞粘附
    表达式： 在中检测到
    解剖结构：胃间质

    这个查询返回了一个与胃间质中表达的细胞粘附有关的基因列表。

顶部