序列数据 |
1.MGI基因模型坐标(以制表符分隔) |
MGI标记访问ID |
标记器类型 |
标记符号 |
标记器名称 |
基因组构建 |
Entrez基因ID |
NCBI基因染色体 |
NCBI基因启动 |
NCBI基因末端 |
NCBI基因链 |
集合基因ID |
集合基因染色体 |
信号群基因启动 |
集合基因结束 |
Ensembl基因链 |
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MGI_基因_模型_坐标.rpt(GRCm39) |
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2.MGI序列坐标(GFF格式)(以制表符分隔) |
染色体 |
功能的来源 |
标记器类型 |
起始坐标 |
终点坐标 |
清空列 |
搁浅 |
清空列 |
ID=MGI ID;名称=标记符号;注=标记功能 |
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MGI_GTGUP.gff公司(GRCm39) |
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4.MGI标记与序列(GenBank、RefSeq、Ensemble)信息的关联(制表符分隔) |
MGI标记访问ID |
标记符号 |
状态 |
标记器类型 |
标记器名称 |
cM位置 |
染色体 |
基因组坐标开始 |
基因组坐标结束 |
搁浅 |
GenBank接入ID (以管道分隔) |
RefSeq成绩单ID (如有) |
乐团成绩单ID (如有) |
UniProt ID (如有) |
TrEMBL标识 (如有) |
集合蛋白ID (如有) |
RefSeq蛋白ID (如有) |
单基因ID (如有) |
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MRK_序列.rpt |
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6.MGI标记与SWISS-PROT蛋白质ID的关联(以tab分隔) |
MGI标记访问ID | 标记符号 | 状态 | 标记器名称 | cM位置 | 染色体 |
SWISS-PROT蛋白质 访问ID (以空格分隔) |
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MRK_SwissProt.rpt公司 |
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7.MGI标记与基因陷阱ID的关联(以tab分隔) |
MGI标记访问ID | 标记符号 | 状态 | 标记器名称 | cM位置 | 染色体 |
突变体 细胞系ID (以空格分隔) |
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MRK_基因陷阱.rpt |
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8.MGI标记与Entrez基因的关联(tab-delimited)
MGI标记访问ID | 标记符号 | 状态 | 标记器名称 | cM位置 | 染色体 |
类型 基因 DNA片段 其他基因组特征 综合体/集群/地区 微小RNA |
次要 访问ID (以|分隔) | Entrez基因ID | 同义词 (以|分隔) | 功能类型(以|分隔) | 基因组坐标开始 | 基因组坐标结束 | 搁浅 | 生物类型 (以|分隔) |
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MGI_进入通用.rpt |
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9.MGI标记与信号群序列信息的关联(以制表符分隔) |
MGI标记访问ID | 标记符号 | 标记器名称 | cM位置 | 染色体 |
信号群接入ID | 乐团成绩单ID (如有,以空格分隔) | 集合蛋白质ID (如有,以空格分隔) | 功能类型(以|分隔) | 基因组坐标开始 | 基因组坐标结束 | 搁浅 | 生物类型 (以|分隔) |
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MRK_ENSEMBL.rpt公司 |
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10.MGI标记与存在基因与假基因差异的Ensemble或NCBI基因模型的关联(tab-delimited) |
标记符号 | 提供程序源 | 基因ID | 生物型 | MGI代表性基因模型 |
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MGI_生物类型冲突.rpt |
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11.引物序列
标记符号 | 标记器名称 | 底漆标记名称 | MGI标记访问ID | MGI引物对ID | 底漆1序列 | 引物2序列 | 放大器大小 | 染色体 | 地图位置 |
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PRB_初级序列rpt
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12.InterPro域(以制表符分隔) |
InterPro ID(InterPro ID) | 域标记名称 | MGI标记访问ID | 标记符号 |
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MGI_跨域.rpt |
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等位基因和表型 |
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2.带表型注释的小鼠/人类矫形学(以制表符分隔) |
人类标记符号 | 人类Entrez基因ID | 鼠标标记符号 | MGI标记访问ID | 高级哺乳动物表型ID (以空格分隔) |
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HMD_人类表型.rpt |
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3.所有小鼠表型等位基因列表(以制表符分隔) |
MGI通道接入ID |
Allele符号 |
Allele名称 |
Allele类型 |
Allele属性 |
原始参考PubMed ID |
MGI标记访问ID |
标记符号 |
标记RefSeq ID |
标记信号群ID |
高级哺乳动物表型ID(以逗号分隔) |
同义词(以|分隔) |
标记器名称 |
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MGI_表型等位基因.rpt |
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4.所有小鼠QTL等位基因列表(以tab分隔) |
MGI通道接入ID |
Allele符号 |
Allele名称 |
Allele类型 |
原始参考PubMed ID |
MGI标记访问ID |
标记符号 |
标记RefSeq ID |
标记信号群ID |
标记染色体 |
标记起始坐标 |
标记结束坐标 |
基因组构建 |
高级哺乳动物表型ID(以逗号分隔) |
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MGI_QTLAllele.rpt公司 |
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5.所有基因型和哺乳动物表型注释(以制表符分隔) |
等位基因组成 | Allele符号 | 遗传背景 | 哺乳动物表型ID | 公共医疗ID | MGI标记访问ID(以逗号分隔) |
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MGI_表型基因组.rpt |
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6.所有KOMP等位基因列表(以制表符分隔) |
突变细胞系ID | 逻辑数据库名称 | MGI通道接入ID | Allele符号 | Allele名称 | MGI标记访问ID | 标记符号 |
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KOMP_列尔.rpt |
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7.所有EUCOMM等位基因列表(以制表符分隔) |
突变细胞系ID | 逻辑数据库名称 | MGI通道接入ID | Allele符号 | Allele名称 | MGI标记访问ID | 标记符号 |
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欧盟通信委员会_ Allele.rpt |
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8.所有NorCOMM等位基因列表(以制表符分隔) |
突变细胞系ID | 逻辑数据库名称 | MGI通道接入ID | Allele符号 | Allele名称 | MGI标记访问ID | 标记符号 |
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诺尔COMM_Allele.rpt |
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9.标记型基因(不包括条件突变)的基因型和哺乳动物表型注释(tab-delimited) |
等位基因组成 | Allele符号 | 通道ID | 遗传背景 | 哺乳动物表型ID | PubMed ID(管道分隔) | MGI标记访问ID(管道分隔) | MGI基因型接入ID(管道分隔) |
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MGI_GenePheno.rpt公司 |
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10.标记型基因同时具有表型和疾病注释的基因型,不包括条件突变(以tab分隔) |
等位基因组成 | Allele符号 | 通道ID | 遗传背景 | 哺乳动物表型ID | PubMed ID(管道分隔) | MGI标记访问ID(管道分隔) | DO ID(以管道分隔) | MIM ID(以管道分隔) |
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MGI_基因_疾病DO.rpt |
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11.标记型基因的表型和阴性疾病注释的基因型,不包括条件突变(tab-delimited) |
等位基因组成 | Allele符号 | 通道ID | 遗传背景 | 哺乳动物表型ID | PubMed ID(管道分隔) | MGI标记访问ID(管道分隔) | DO ID(以管道分隔) | MIM ID(以管道分隔) |
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MGI_基因_非疾病DO.rpt |
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12.小鼠基因与DO疾病的关系 |
DO疾病ID | DO疾病名称 | OMIM ID(管道分隔) | 常见生物体名称 | NCBI税号 | 符号 | EntrezGene ID | 鼠标MGI ID |
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MGI_DO.rpt公司 |
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14.具有性别特异表型的基因型 |
基因型ID | 性别 | MP ID(MP ID) | MP术语 | 等位基因组成 | 背景应变 | 性别特异性正常是/否 | 引文(如果没有PubMed ID,则为MGI ID) |
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MGI_现象_示例.rpt |
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15.人类基因人类疾病小鼠模型(以tab分隔)
人类基因符号 |
人类基因名称 |
人类基因的HGNC id(以管道分隔) |
与人类基因相关的DO术语名称 |
与人类基因相关的DO术语ID |
与DO项相关的小鼠基因型ID(以管道分隔) |
小鼠基因 |
鼠标MGI ID |
设施(以管道为界) |
存储库ID(以管道分隔) |
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MGI_疾病基因模型.rpt |
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16.按基因型划分的人类疾病和小鼠模型(仅限1:1正交)(以tab分隔)
与人类基因相关的DO术语名称 |
与人类基因相关的DO术语ID |
NOT型号 |
Allele对 |
应变背景 |
Allele符号 |
Allele MGI标识 |
等位基因参考总数 |
等位基因的存储库ID(以管道分隔) |
小鼠基因型RR-id(管道分隔) |
小鼠基因符号 |
小鼠基因ID |
基因的存储库ID(以管道分隔) |
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MGI_疾病鼠标模型.rpt |
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