HMSC公司

HMSC分析的强制性数据包括物种出现或丰度矩阵和环境协变量矩阵。其他和可选数据包括有关物种特征和系统发育关系的信息，以及有关抽样设计时空背景的信息。HMSC将物种出现的变化划分为与环境过滤、物种相互作用和随机过程相关的成分。HMSC在物种和群落水平上都产生了推论。它可以用于在给定环境条件下生成模拟社区，因此其预测可以与独立验证数据进行比较，并且可以用于场景模拟。

版本

R-package Hmsc的当前版本位于CRAN（起重机）。有关软件的说明，请参阅https://doi.org/10.1111/2041-210X.13345

开发版本位于github.

可以找到HMSC的旧matlab和R版本在这里.

HMSC手册

这本书的第一本现在已经存在了，刚从印刷机上印出来！

英国和欧洲的官方出版日期（印刷书籍和电子书）定为2020年6月11日。进一步的全球出版日期将取决于发货时间表，并将于网址：www.cambridge.org.

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可执行脚本

作为本书的支持信息，我们在这里提供了本书三个真实数据示例的R脚本和数据文件：第6.7节的植物示例、第7.9节的真菌示例和第11.1节的鸟类示例。这些脚本最初是由奥索·奥瓦斯卡宁和内雷亚·阿布雷戈开发的，贾里·奥克萨宁对其进行了进一步的改进。

我们将在Oikos Finland会议上举行HMSC会前研讨会。全天研讨会将于3月11日星期二举行。稍后将提供更多详细信息。

我们将举行HMSC会前研讨会在国际统计生态学会议上ISEC 2024年（2024年7月15日至19日，英国斯旺西）。全天研讨会将于7月14日星期日举行。

讲师：Otso Ovaskainen（芬兰Jyväskylä大学）和Gleb Tikhonov（芬兰赫尔辛基大学）

概述：在本次研讨会中，参与者学习了如何应用物种群落分层建模联合物种分布建模框架（HMSC）和R包HMSC-R。HMSC可用于对物种发生/丰度的多物种数据进行建模，作为环境、空间和时间预测因子的函数，物种特征和分类/系统发育。研讨会包括简短的讲座，介绍HMSC的概念和统计背景。研讨会的主要部分包括计算机演示，展示如何将Hmsc-R应用于各种类型的数据，例如分层、空间和时间采样设计，以及包含性状和分类/系统发育信息的数据集。与2020年和2022年组织的早期HMSC课程相比，本课程包含了如何将HMSC与新发布的高性能计算模块HMSC-HPC配合使用，速度提高1000倍的新内容，以及如何将HMSC输出与生态位理论联系起来的新方法，将其总结为物种对测量和潜在预测因子的共享和特异反应。已经与HMSC合作处理自己数据的参与者将获得一对一支持。 
目标受众：博士生和研究人员使用社区数据（=多物种数据）或开发该领域的统计方法。这门课程应该会让一大批生态学家和统计生态学家感兴趣。

工具书类

关于HMSC的核心论文

Ovaskainen，O.、Tikhonov，G.、Norberg，A.、Blanchet，F.G.、Duan，L.、Dunson，D.、Roslin，T.和Abrego，N.2017a。如何从社区数据中获取更多信息？概念框架及其作为模型和软件的实现。生态学快报20,561-576.https://doi.org/10.1111/ele.12757

Ovaskainen，O.、Tikhonov，G.、Dunson，D.、Grøtan，V.、Engen，S.、Sæther，B.-E.和Abrego，N.2017b。物种丰富的群落中物种之间的相互作用是如何构建的？一种分析时间序列数据的新方法。英国皇家学会学报B：生物科学, 284, 20170768.https://doi.org/10.1098/rspb.2017.0768

Tikhonov，G.、Abrego，N.、Dunson，D.和Ovaskainen，O.2017。使用联合物种分布模型评估物种之间的关联如何依赖于环境背景。生态学和进化方法8, 443-452.https://doi.org/10.1111/2041-210X.12723

Tikhonov，G.，Opedal，Ø。H.、Abrego，N.、Lehikoinen，A.、de Jonge，M.、Oksanen，J.和Ovaskainen，O.2020a。使用R包Hmsc进行联合物种分布建模。生态学和进化方法在早期看来，https://doi.org/10.1111/2041-210X.13345

Tikhonov，G.、Duan，L.、Abrego，N.、Newell，G.，White，M.、Dunson，D.和Ovaskainen，O.2020b。大空间数据的计算效率联合物种分布建模。生态学，e02929。https://doi.org/10.1002/ecy.2929

O.Ovaskainen和N.Abrego，2020年。联合物种分布模型——在R中的应用剑桥大学出版社，出版中。

Abrego，N.、Norberg，A.和Ovaskainen，O.，2017年。测量和预测性状对木栖真菌装配过程的影响。生态学杂志105, 1070-1081.https://doi.org/10.1111/1365-2745.12722

O.Ovaskainen，D.、Roy，D.、Fox，R.和Anderson，B.，2016年。利用空间显式联合物种分布模型揭示物种群落中隐藏的空间结构。生态学和进化方法 7, 428-436.https://doi.org/10.1111/2041-210X.12502

O.Ovaskainen，N.，Abrego，P.，Halme，P.和Dunson，D.，2016年。使用潜在变量模型来识别不同空间尺度上的物种-物种关联的大型网络。生态学和进化方法7, 549-555.https://doi.org/10.1111/2041-210X1.12501

联合物种分布模型综述：

Warton，D.、Blanchet，G.、O'Hara，R.、Ovaskainen，O.、Taskinen，S.、Walker，S.和Hui，F.K.C.，2015年。这么多变量：社区生态学中的联合建模。生态学和进化趋势30,766-779.https://doi.org/10.1016/j.tree.2015.09.007

HMSC结果如何与底层社区组装过程相关联：

O.Ovaskainen，J.、Rybicki，J.和Abrego，N.2019。关于元社区过程，观察数据能揭示什么？生态地理学42, 1877-1886.https://doi.org/10.1111/ecog.04444

与其他SDM方法相比，HMSC的预测性能：

Norberg，A.，Abrego，N.，Blanchet，F.G.，Adler，F.，Anderson，B.，Anttila，J.，Araújo，M.，Dallas J.、。，Thuiller，W.、Vanhatalo，J.、Warton，D.、White，M.、Zimmermann，N.、Gravel，D.和Ovaskainen，O.2019年。对33个物种分布模型在物种和群落水平上的预测性能进行综合评估。生态学专论89，e01370。https://doi.org/10.1002/ecm.1370

应用HMSC的一些实证性论文：

Norberg，A.、Halme，P.、Kotiaho，J.S.、Toivanen，T.和Ovaskainen，O.2019年。实验诱导的多孔菌群落组装揭示了环境过滤和组装历史的重要性。环境生态学41, 137-146.https://doi.org/10.1016/j.funeco.2019.05.003

Minard，G.、Tikhonov，G.，Ovaskainen，O.和Saastamoinen，M.2019年。褐飞虱蝴蝶的微生物群表现出明显的变异，但很少能用蝴蝶或其寄主植物的特性来解释。环境的微生物学21, 4253-4269.https://doi.org/10.1111/1462-2920.14786

Rocha，R.、Ovaskainen，O.、López-Baucells，A.、Farneda，F.Z.、Sampaio，E.M.、Bobrowiec，P.E.D、Cabeza，M.、Palmeirim，J.M.和Meyer，C.F.J.，2018年。次生林更新使零散热带景观中的老树专业蝙蝠受益匪浅。科学报告8, 3819.https://doi.org/10.1038/s41598-018-1999-2

Häkkilä，M.、Abrego，N.、Ovaskainen，O.和Mönkkönen，M.，2018年。栖息地质量比基质质量对保护区鸟类群落更为重要。生态学与进化8, 4019-4030.https://doi.org/10.1002/ece3.3923

Lammel，D.R.、Barth，G.、Ovaskainen，O.、Cruz，L.M.、Zanatta，J.A.、Ryo，M.、Souza，E.M.和Pedrosa，F.O.，2018年。pH梯度的直接和间接作用使人们深入了解了原核群落结构的驱动机制。微生物组6, 106.https://doi.org/10.1186/s40168-018-0482-8

Abrego，N.、Dunson，D.、Halme，P.、Salcedo，I.和Ovaskainen，O.，2017年。作为森林管理的回应，与其他物种有紧密联系的木本真菌已经减少。私人领域126, 269-275.https://doi.org/10.1111/oik.03674

Rocha，R.、Ovaskainen，O.、López-Baucells，A.、Farneda，F.Z.、Ferreira，D.F.、Bobrowiec，P.E.D、Cabeza，M.、Palmeirim，J.M.和Meyer，C.F.J.，2017年。设计事项：使用前后控制影响设计评估小型人工森林空地对热带蝙蝠的影响。森林生态与管理401, 8-16.https://doi.org/10.1016/j.foreco.2017.06.053