哈瓦那手工基因注释

HAVANA小组对人类、小鼠、斑马鱼和大鼠基因组进行手动注释。它补充了自动注释、新的转录模型和对现有转录模型的额外支持。手动注释比自动注释更敏感，旨在注释所有可能的抄本。

如何进行手动注释

• 通过结合核苷酸和蛋白质数据库的相似性搜索和从头算基因预测（GENSCAN，AUGUSTUS）。

• 此外，还加载了序列保护数据和各种DAS（分布式注释系统）轨迹。

• 然后，收集的数据用于用基因和转录结构、命名法和相关的poly-A特征手动注释基因组克隆，从出版物中获取数据。

• 注释仅基于支持同源性的证据，包括所有类型的基因：蛋白质编码、非编码和假基因。

• 有一个细粒度的分类系统基因和转录类型（例如，不同类型的假基因、不同类型的非编码RNA）。