头部蛋白结合/抑制剂08-SEP-20 7K2B标题人类KEAP1与NRF2肽ADEETGEFA结合的KELCH域相邻的凹坑7K2B残留物PHE P 84和ALA P 85样本序列中的凹口2 7K2B未正确链接：距离C和N之间的凹槽3 7K2B为1.18压缩机模具ID：1；化合物2分子：类KELCH ECH相关蛋白1；COMPND 3链：A，B；化合物4异名：NRF2、INRF2、KELCH样蛋白19的细胞溶质抑制剂；压缩机5工程：是；COMPND 6突变：是；压缩机7 MOL_ID:2；化合物8分子：ACE-ALA-ASP-GLU-GLU-THR-GLY-GLU-PHE-ALA-NH2；压缩机9链条：P；压缩机10工程：是源MOL_ID:1；来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS；来源3有机物常见：人类；来源4 ORGANISM_TAXID:9606；来源5基因：KEAP1，INRF2，KIAA0132，KLHL19；来源6表达_系统：大肠杆菌；来源7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:562；来源8 MOL_ID:2；来源9合成：是；资料来源：10 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS；来源11 ORGANISM_TAXID:9606KEYWDS肽抑制剂，抑制剂复合物，环模拟，蛋白质结合，KEYWDS 2蛋白结合抑制剂复合物EXPDTA X射线衍射作者S.N.MUELLERS，K.N.ALLEN修订日期2 10月18日-23 7 k2b 1备注修订版1 07-APR-21 7K2B 0JRNL授权P.C.ORTET，S.N.MUELLERS，L.A.VIARENGO-BAKER，K.STREU，JRNL授权2 B.R.SZYMCZYNA，A.B.BEELER，K.N.ALLEN，A.WHITTYJRNL TITL对A中KEAP1的NRF2约束亲缘关系的重新评估JRNL TITL 2环庚肽，由核磁共振、X射线晶体学指导，JRNL TITL 3和机器学习。JRNL参考J.AM.CHEM。SOC.V.143 3779 2021年JRNL参考ESSN 1520-5126JRNL PMID 33683866号JRNL DOI 10.1021/JACS.0C09799备注2备注2决议。2.31闸门。备注3备注3精炼。备注3计划：PHENIX 1.17.1_3660备注3作者：保罗·亚当斯（PAUL ADAMS）、帕夫尔·阿福宁（PAVEL AFONINE）、陈文森特（VINCENT CHEN）、伊恩（IAN）备注3:DAVIS、KRESHNA GOPAL、RALF GROSSE-KUNSTLEVE、，备注3:LI-WEI HUNG、ROBERT IMMORMINO、TOM IOERGER、，备注3:AIRLIE MCCOY、ERIK MCKEE、NIGEL MORIARTY、，备注3:REETAL PAI、RANDY READ、JANE RICHARDSON、，备注3：大卫·理查德森、托德·罗莫、吉姆·萨切蒂尼、，备注3:NICHOLAS SAUTER、JACOB SMITH、LAURENT备注3:STORONI、TOM TERWILLIGER、PETER ZWART备注3备注3精炼目标：ML备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高（安）：2.31备注3分辨率范围低（安）：39.23备注3分钟（FOBS/SIGMA_FOBS）：1.360备注3范围（%）的完整性：98.0备注3反射次数：32601备注3备注3与精炼中使用的数据相匹配。备注3 R值（工作+测试集）：0.218备注3 R值（工作组）：0.215备注3自由R值：0.258备注3自由R值测试集大小（%）：6.120备注3自由R值测试集计数：1994备注3备注3：符合炼油厂使用的数据（在箱子中）。备注3 BIN分辨率范围COMPL。NWORK NFREE RWORK RFREE公司备注3 1 39.2300-5.5700 0.98 2265 139 0.2149 0.2207备注3 2 5.5600-4.4200 0.99 2226 143 0.1748 0.2354备注3 4.4200-3.8600 0.98 2176 141 0.1831 0.2252备注3 4 3.8600-3.5100 0.98 2222 149 0.2107 0.2584备注3 5 3.5100-3.2600 0.98 2183 137 0.2274 0.2594备注3 6 3.2600-3.0600 0.98 2189 148 0.2415 0.2659备注3 7 3.0600-2.9100 0.97 2164 141 0.2361 0.2924备注3 8 2.9100-2.7800 0.98 2168 142 0.2250 0.2719备注3 9 2.7800-2.6800 0.98 2192 144 0.2388 0.3091备注3 10 2.6800-2.5800 0.99 2184 138 0.2404 0.3319备注3 11 2.5800-2.5000 0.98 2179 148 0.2526 0.2838备注3 12 2.5000-2.4300 0.97 2148 140 0.2469 0.2565备注3 13 2.4300-2.3700 0.98 2159 136 0.2368 0.2659备注3 14 2.3700-2.3100 0.98 2152 148 0.2318 0.3115备注3备注3散装溶剂建模。备注3使用的方法：扁平散装溶剂模型备注3溶剂半径：1.11备注3收缩半径：0.90备注3 K_SOL:NULL备注3 B_SOL：空备注3备注3错误估计。备注3坐标误差（基于最大似然）：0.290备注3相位误差（基于最大似然度）：25.350备注3记下3 B值。威尔逊地块备注3:27.48备注3平均B值（总体，A**2）：46.18备注3总体各向异性B值。备注3 B11（A**2）：空备注3 B22（A**2）：空备注3 B33（A**2）：空备注3 B12（A**2）：空备注3 B13（A**2）：空备注3 B23（A**2）：空备注3备注3双胞胎信息。备注3分数：空备注3运算符：空备注3记下与理想值的3个偏差。备注3 RMSD计数备注3债券：NULL NULL备注3角度：NULL NULL备注3手性：NULL备注3平面度：NULL NULL备注3 DIHEDRAL:NULL NULL备注3备注3 TLS详细信息备注3 TLS组数：空备注3备注3 NCS细节备注3 NCS组数：空备注3备注3其他精炼备注：空备注4备注4 7K2B符合格式V.3.30，2011年7月13日备注100备注100本条目已由RCSB于2020年9月15日处理。备注100存款ID为D_1000250507。备注200备注200实验细节备注200实验类型：X射线衍射备注200数据收集日期：2019年7月27日备注200温度（开尔文）：100备注200 PH:NULL备注200使用的晶体数量：1备注200备注200同步器（是/否）：是备注200辐射源：SSRL备注200梁线：BL9-2备注200 X射线发生器型号：空备注200单色或LAUE（M/L）：M备注200波长或范围（A）：0.9201备注200单色仪：空备注200光学器件：空备注200备注200探测器类型：像素备注200探测器制造商：DECTRIS PILATUS 6M备注200强度集成软件：HKL-2000备注200数据缩放软件：HKL-2000备注200备注200唯一反射次数：32606备注200分辨率范围高（A）:2.310备注200分辨率范围低（A）：39.230备注200拒绝标准（SIGMA（I））：空备注200总体评论200。备注200范围（%）的完整性：98.0备注200数据冗余：5.100备注200合并（I）:0.07009备注200 R SYM（I）：空备注200对于数据集：10.2900备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳，范围高（A）:2.31备注200最高分辨率外壳，范围低（A）:2.39备注200壳体完整性（%）：97.7在外壳中备注200数据冗余：5.10备注200 R壳体合并（I）：0.37000壳体注释200 R SYM（I）：空备注200对于壳体：2.980备注200REMARK 200衍射协议：单波长备注200用于确定结构的方法：分子替换备注200使用的软件：PHENIX备注200启动型号：5WFL备注200备注200备注：空备注280备注280晶体备注280溶剂含量，VS（%）：59.01备注280马修斯系数，VM（角度**3/DA）：3.00备注280备注280结晶条件：1.2-1.5 M硫酸铵，0.5-0.7%备注280 PEG-MME-550，0.1 M BIS-TRIS PH=6.0-6.5，蒸汽扩散，备注280吊坠，温度295K备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子：C 1 2 1备注290备注290对称性备注290 NNNMMM操作员备注290 1555 X、Y、Z备注290 2555-X、Y、-Z备注290 3555 X+1/2，Y+1/2，Z备注290 4555-X+1/2，Y+1/2，-Z备注290备注290，其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录，以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290平方米1 3 1.000000 0.000000 0.000000 80.86000备注290 SMTRY2 3 0.000000 1.0000000.000000 34.37750备注290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 4-1.00000000.000000 0.000000 80.86000备注290 SMTRY2 4 0.000000 1.0000000.000000 34.37750备注290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290备注290备注：空备注300备注300生物分子：1、2、3备注300有关作者提供的和/或程序，请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋地面积。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350生物意义上的齐聚状态备注350应用生物转化可以生成分子记住下面给出的350。非晶态和备注：给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子：1备注350作者确定的生物单位：TRIMERIC备注350将以下内容应用于链条：A、B、P备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注350备注350生物分子：2备注350作者确定的生物单位：单体备注350软件确定的四元结构：单数备注350使用的软件：PISA备注350总埋地面积：0安**2备注复合体的350表面积：11800安**2备注350无溶剂能量变化：0.0 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条：A备注350生物量1 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注350备注350生物分子：3备注350作者确定的生物单位：DIMERICremark350软件确定的四元结构：二聚体备注350使用的软件：PISA备注350总埋地面积：1250安**2备注复合体的350表面积：11840安**2备注350无溶剂能量变化：1.0 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条：B、P备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注465备注465缺失残留物备注465以下残留物不在备注465实验。（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注465标识符；SSSEQ=序列号；I=插入代码。）备注465备注465 M RES C SSSEQI备注465 VAL A 324备注465 GLY A 325备注465 ARG A 326备注465 CYS A 613备注465 ARG A 614备注465 LYS A 615备注465 GLN A 616备注465 ILE A 617备注465 ASP A 618备注465 GLN A 619备注465 GLN A 620备注465 ASN A 621备注465 CYS A 622备注465 THR A 623备注465 CYS A 624备注465 VAL B 324备注465 GLY B 325备注465 ARG B 326备注465 MET B 610备注465 GLU B 611备注465 PRO B 612备注465 CYS B 613备注465 ARG B 614备注465 LYS B 615备注465 GLN B 616备注465 ILE B 617备注465 ASP B 618备注465 GLN B 619备注465 GLN B 620备注465 ASN B 621备注465 CYS B 622注释465至B 623备注465 CYS B 624备注470备注470缺少原子备注470以下残留物缺少原子（M=型号；备注470 RES=剩余名称；C=链标识符；SSEQ=序列号；备注470 I=插入代码）：备注470 M RES CSSEQI ATOMS备注470符合610 SD CE备注470 ASN B 346 CG OD1 ND2备注470 GLU B 446 CG CD OE1 OE2备注470 GLN B 563 CG CD OE1 NE2备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题：同一非对称单元中的紧密接触备注500备注500以下原子紧密接触。备注500备注500 ATM1 RES C色齐ATM2 RES C色齐距离备注500 NH1 ARG A 483 O HOH A 701 1.74备注500 NH1 ARG B 380 OE1 GLU P 83 1.91备注500 OH TYR B 490 OD1 ASN B 495 2.15备注500 NH2 ARG B 415 OE1 GLU P 80 2.18备注500 OG SER B 410 OE2 GLU B 441 2.19备注500备注500备注：空备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题：同等保函长度备注500备注500以下残留物的立体化学参数备注500的值与预期值相差更多备注500大于6*RMSD（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注500标识符；SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，2（A3,1X，A1，I4，A1,1X，A4,3X），1X，F6.3）备注500备注500预期值蛋白质：ENGH和HUBER，1999备注500预期值核酸：CLOWNEY等人，1996年备注500备注500米RES CSSEQI ATM1 RES CSEQI ATM2偏差备注500 PHE P 84 C ALA P 85 N-0.157备注500 ALA P 85 C ALA P 85O 0.185备注500备注500备注：空备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题：等效结合角备注500备注500以下残留物的立体化学参数备注500的值与预期值相差更多备注500大于6*RMSD（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注500标识符；SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,3（1X，A4,2X），12X，F5.1）备注500备注500蛋白质期望值：ENGH和HUBER，1999备注500预期值核酸：CLOWNEY等人，1996年备注500备注500米RES CSSEQI ATM1 ATM2 ATM3备注500 ALA P 85 CB-CA-C ANGL。偏差=-15.1度备注500 ALA P 85 N-CA-C ANGL。偏差=18.0度备注500备注500备注：空备注500评论500几何学和立体化学备注500主题：扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角：备注500（M=型号；RES=剩余名称；C=链标识符；备注500 SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,4X，F7.2,3X，F7.2）备注500备注500个预期值：GJ KLEYWEGT和TA JONES（1996）。PHI/PSI-记下500首合唱：拉马钱德朗重审。结构4，1395-1400备注500备注500 M RES CSSEQI PSI PHI备注500 ARG A 336-11.24 64.21注释500 THR A 481-45.78-130.46备注500 HIS A 516-101.34 53.31备注500 VAL A 547-163.30-121.08备注500他的A 575-36.42-130.17备注500 GLU A 611 138.74 123.82备注500 ARG B 336-28.05 67.85备注500 LEU B 355-158.67-115.99备注500 ASN B 387 70.95-158.61备注500 VAL B 453-169.25-121.85备注500 THR B 481-48.93-136.67备注500 ARG B 494-5.52-141.97备注500 HIS B 516-103.27 57.81备注500 GLN B 528-34.55-137.93备注500 VAL B 547-156.93-122.31备注500 HIS B 575-39.71-135.52备注500备注500备注：空备注500注释500几何与立体化学备注500子主题：非CIS、非TRANS备注500请注意500以下肽键与这两个键都有显著差异备注500 CIS和转换构造。CIS债券（如有）已上市在CISPEP记录上备注500。TRANS定义为180+/-30备注500 CIS定义为0+/-30度。备注500型OMEGA备注500 THR A 609 MET A 610-149.40备注500备注500备注：空DBREF 7K2B A 324 624 UNP Q14145 KEAP1_HUMAN 324 626号文件DBREF 7K2B B 324 624 UNP Q14145 KEAP1_HUMAN 324 626号文件DBREF 7K2B P 76 86 PDB 7K2B7 K2B 76 86数据库SEQADV 7K2B ALA A 540 UNP Q14145 GLU 540工程突变SEQADV 7K2B ALA A 542 UNP Q14145 GLU 542基因工程突变SEQADV 7K2B ALA B 540 UNP Q14145 GLU 540工程突变SEQADV 7K2B ALA B 542 UNP Q14145 GLU 542基因工程突变序列1 A 301 VAL GLY ARG LEU ILE TYR THR ALA GLY GLY TYR PHE ARG序列2 A 301 GLN SER LEU SER TYR LEU GLU ALA TYR ASN PRO SER ASP序列3 A 301 GLY THR TRP LEU ARG LEU ALA ASP LEU GLN VAL PRO ARG序列4 A 301 SER-GLY LEU ALA GLY CYS VAL GLY LEU LEU TYR序列5 A 301 ALA VAL GLY GLY ARG ASN ASN SER PRO ASP GLY ASN THR序列6 A 301 ASP SER SER ALA LEU ASP CYS轮胎ASN PRO MET THR ASN序列7 A 301 GLN TRP SER PRO CYS ALA PRO MET SER VAL PRO ARG ASN序列8 A 301 ARG ILE GLY VAL GLY VAL ILE ASP GLY HIS ILE TYR ALA序列9 301 VAL GLY GLY SER HIS GLY CYS ILE HIS ASN SER VALSEQRES 10 A 301 GLU ARG TYR GLU PRO GLU ARG ASP GLU TRP HIS LEU VAL序列11 A 301 ALA PRO MET LEU THR ARG ARG ILE GLY VAL GLY VAL ALA序列12 A 301 VAL LEU ASN ARG LEU TYR ALA VAL GLY GLY PHE ASP序列13 A 301 GLY THR ASN ARG LEU ASN SER ALA GLU CYS TYR PRO序列14 A 301 GLU ARG ASN GLU TRP ARG MET ILE THR ALA MET ASN THR序列15 A 301 ILE ARG SER GLY ALA GLY VAL CYS VAL LEU HIS ASN CYS序列16 A 301 ILE TYR ALA ALA GLY GLY TYR ASP GLY GLN ASP GLN LEU序列17 A 301 ASN SER VAL GLU ARG TYR ASP VAL ALA THR ALA TRP序列18 A 301 THR PHE VAL ALA PRO MET LYS HIS ARG ARG SER ALA LEU序列19 A 301 GLY ILE THR VAL HIS GLN GLY ARG ILE TYR VAL LEU GLY序列20 A 301 GLY TYR ASP GLY HIS THR PHE LEU ASP SER VAL GLU CYS序列21 A 301轮胎ASP专业ASP推力ASP推力TRP SER GLU VAL推力配置总成序列22 A 301 MET THR SER GLY ARG SER GLY-VAL GLY VAL ALA VAL THR序列23 A 301 MET GLU PRO CYS ARG LYS GLN ILE ASP GLN ASN CYS序列24 A 301 THR CYS序列1 B 301 VAL GLY ARG LEU ILE TYR THR ALA GLY GLY TYR PHE ARG序列2 B 301 GLN SER LEU SER TYR LEU GLU ALA TYR ASN PRO SER ASP序列3 B 301 GLY THR TRP LEU ARG LEU ALA ASP LEU GLN VAL PRO ARG序列4 B 301 SER GLY LEU ALA GLY CYS VAL GLY LEY TYR序列5 B 301 ALA VAL GLY GLY ARG ASN ASN SER PRO ASP GLY ASN THR序列6 B 301 ASP SER SER ALA LEU ASP CYS轮胎ASN PRO MET THR ASN序列7 B 301 GLN TRP SER PRO CYS ALA PRO MET SER VAL PRO ARG ASN序列8 B 301 ARG ILE GLY VAL GLY VAL ILE ASP GLY HIS ILE TYR ALA序列9 B 301 VAL GLY GLY SER HIS GLY CYS ILE HIS ASN SER VAL序列10 B 301 GLU ARG TYR GLU PRO GLU AR G ASP GLU TRP HIS LEU VAL序列11 B 301 ALA PRO MET LEU THR ARG ARG ILE GLY VAL GLY VAL ALA序列12 B 301 VAL LEU ASN ARG LEU TYR ALA VAL GLY GLY PHE ASP序列13 B 301 GLY THR ASN ARG LEU ASN SER ALA GLU CYS TYR PRO序列14 B 301 GLU ARG ASN GLU TRP ARG MET ILE THR ALA MET ASN THR序列15 B 301 ILE ARG SER GLY ALA GLY VAL CYS VAL LEU HIS ASN CYS序列16 B 301 ILE TYR ALA ALA GLY GLY TYR ASP GLY GLN ASP GLN LEU序列17 B 301 ASN SER VAL GLU ARG TYR ASP VAL ALA THR ALA THR-TRPSEQRES 18 B 301 THR PHE VAL ALA PRO遇到LYS HIS ARG ARG SER ALA LEU序列19 B 301 GLY ILE THR VAL HIS GLN GLY ARG ILE TYR VAL LEU GLY序列20 B 301 GLY TYR ASP GLY HIS THR PHE LEU ASP SER VAL GLU CYS序列21 B 301轮胎ASP PRO ASP THR ASP TRP SER GLU VAL THR ARG序列22 B 301 MET THR SER GLY ARG SER GLY-VAL GLY VAL ALA VAL THR序列23 B 301 MET GLU PRO CYS ARG LYS GLN ILE ASP GLN ASN CYS序列24 B 301 THR CYS序列1 P 11 ACE ALA ASP 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