标题文本2012年12月14日4IFL标题APO KEAP1、KEAP1-肽和KEAP1-化合物的晶体结构第2章综合体压缩机模具ID：1；COMPND 2分子：KELCH样ECH-ASSOCIATED蛋白1；压缩机3链条：X；COMPND 4片段：KELCH结构域，UNP残基321-609；压缩机5工程：是；压缩机6 MOL_ID:2；COMPND 7分子：NRF2肽；压缩机8链条：P；压缩机9工程：是源MOL_ID:1；来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS；来源3有机物常见：人类；来源4 ORGANISM_TAXID:9606；来源5基因：KEAP1，INRF2，KIAA0132，KLHL19；来源6表达_系统：大肠杆菌；来源7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:562；来源8 MOL_ID:2；来源9合成：是；资料来源：10 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS；来源11 ORGANISM_TAXID:9606；资料来源12其他详细信息：这种序列在人类中自然发生。KEYWDS蛋白结合、转录EXPDTA X射线衍射作者H.PAN、M.LIN、Y.YANG、K.CALLAWAY、J.BAKER、L.DIEP、J.YAN、K.TANAKA、YL.ZHU、，作者2 A.W.KONRADI、M.JOBLING、D.TAM、Z.REN、H.CHENG、M.BOVA、B.E.RILEY、N.YAO，作者3 D.R.ARTIS修订版1 2013年12月18日IFL 0JRNL AUTH H.PAN、M.LIN、Y.YANG、K.CALLAWAY、J.BAKER、L.DIEP、J.YAN、K.TANAKA、，JRNL AUTH 2 Y.L.ZHU、A.W.KONRADI、M.JOBLING、D.TAM、Z.REN、H.CHENG、M.BOVA、，JRNL授权3 B.E.RILEY，N.YAO，D.R.ARTISAPO KEAP1、KEAP1-肽和JRNL TITL 2 KEAP1-化合物络合物JRNL参考ACTA晶体。，第节。D类JRNL参考ISSN 0907-4449备注2备注2决议。1.80角度。备注3备注3精炼。备注3程序：REFMAC 5.5.0102备注3作者：穆舒多夫、VAGIN、道森备注3备注3细化目标：最大似然备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高（安）：1.80备注3分辨率范围低（安）：39.66备注3数据截止（SIGMA（F））：空备注3范围的完整性（%）：88.4备注3反射次数：26303备注3备注3与精炼中使用的数据相匹配。备注3交叉验证方法：通关备注3自由R值测试集选择：随机备注3 R值（工作+测试集）：0.193备注3 R值（工作集）：0.190备注3自由R值：0.235备注3自由R值测试集大小（%）：5.000备注3自由R值测试集计数：1394备注3在最高分辨率的箱子中备注3。备注3使用的箱子总数：20备注3箱子分辨率范围高（A）：1.80备注3箱子分辨率范围低（A）：1.85备注3箱子中的反射（工作装置）：980备注3箱子完整性（工作+测试）（%）：44.54备注3 BIN R值（工作集）：0.4310备注3无箱R值设置计数：40备注3无箱R值：0.6060备注3备注3炼油中使用的非氢原子数量。备注3蛋白质原子：2322备注3核酸原子：0备注3异质原子：0备注3溶剂原子：301备注3记下3 B值。WILSON图中的注释3（A**2）：空备注3平均B值（总体，A**2）：28.17备注3总体各向异性B值。备注3 B11（A**2）：-0.01000备注3 B22（A**2）：-0.03000备注3 B33（A**2）:0.04000备注3 B12（A**2）:0.00000备注3 B13（A**2）:0.00000备注3 B23（A**2）：0.00000备注3备注3估计总体坐标误差。备注3基于R值的ESU（A）:0.148备注3基于自由R值的ESU（A）:0.141备注3基于最大似然（A）的ESU：0.093备注3基于最大似然的B值ESU（A**2）：3.116备注3备注3相关系数。备注3相关系数FO-FC:0.964备注3相关系数FO-FC FREE：0.943备注3备注3 RMS与理想值的偏差计算RMS权重备注3精炼原子的键长（A）：2378；0.030 ; 0.021备注3债券长度其他（A）：空；无效的；无效的备注3精炼原子的键角（度）：3235；2.068 ; 1.937备注3键角其他（度）：空；无效的；无效的备注3扭转角，周期1（度）：299；7.681 ; 5备注3扭转角，周期2（度）:116；35.721 ;22.845备注3扭转角，周期3（度）：350；12.992 ;15备注3扭转角，周期4（度）：22；22.768 ;15备注3手心约束（A**3）：345；0.176 ; 0.200备注3精炼原子总平面图（A）：1881；0.011 ; 0.021备注3总平面其他（A）：空；无效的；无效的备注3非结合接触精炼原子（A）：空；无效的；无效的备注3非粘结触点其他（A）：空；无效的；无效的备注3非键合扭转精炼原子（A）：空；无效的；无效的备注3非粘结扭转其他（A）：空；无效的；无效的备注3氢键（X…Y）精炼原子（A）：空；无效的；无效的备注3氢键（X…Y）其他（A）：空；无效的；无效的备注3潜在金属离子精炼原子（A）：空；无效的；无效备注3潜在金属离子其他（A）：空；无效；无效的备注3对称VDW精炼原子（A）：空；无效；无效的备注3对称VDW其他（A）：空；无效的；无效的备注3对称氢键精炼原子（A）：空；无效的；无效的备注3对称氢键其他（A）：空；无效的；无效的备注3对称金属离子精炼原子（A）：空；无效的；无效的备注3对称金属离子其他（A）：空；无效的；无效的备注3备注3各向异性热因子限制。计算RMS重量备注3主链键精炼原子（A**2）：1481；1.332 ; 1.500备注3主链键其他原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3精炼原子的主链角（A**2）：2368；2.107 ; 2备注3其他原子的主链角（A**2）：空；无效的；无效的备注3侧链键精炼原子（A**2）：897；3.601；3备注3侧链键其它原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3个侧链角精细原子（A**2）:867；5.547 ; 4.500备注3其他原子的侧链角（A**2）：空；无效的；无效的备注3长程B精炼原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3远程B其他原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3备注3各向异性热因子约束。计算RMS重量备注3刚性约束（A**2）：空；无效的；无效的备注3球性；自由原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3球性；结合原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3备注3 NCS约束统计备注3不同NCS组的数量：空备注3备注3 TLS详细信息备注3 TLS组数：空备注3备注3本体溶剂建模。备注3使用的方法：面罩备注3掩模计算参数备注3 VDW探头半径：1.40备注3离子探针半径：0.80备注3收缩半径：0.80备注3备注3其他炼油备注：骑行中添加了氢气备注3个位置备注4备注4 IFL符合2011年7月13日第3.30版格式备注100备注100本条目已由RCSB于2013年1月3日处理。备注100 RCSB ID代码为RCSB076690。备注200备注200实验细节备注200实验类型：X射线衍射备注200数据收集日期：2012年8月20日备注200温度（开尔文）：180备注200 PH:7.5备注200使用的晶体数量：1备注200备注200同步器（是/否）：N备注200辐射源：旋转阳极备注200光束线：空备注200 X射线发生器型号：RIGAKU MICROMAX-007 HF备注200单色或LAUE（M/L）：M备注200波长或范围（A）：1.5418备注200单色仪：石墨备注200光学器件：空备注200备注200探测器类型：图像板备注200探测器制造商：RIGAKU RAXIS HTC备注200强度积分软件：CRYSTALCLEAR备注200数据缩放软件：CRYSTALCLEAR备注200备注200独特反射次数：26303备注200分辨率范围高（A）：1.800备注200分辨率范围低（A）：39.660备注200拒绝标准（SIGMA（I））：1.000备注200总体评论200。备注200完整性范围（%）：88.4备注200数据冗余：空备注200合并（I）：空备注200 R SYM（I）：空备注200对于数据集：空备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳，范围高（A）：1.80备注200最高分辨率外壳，范围低（A）：1.85备注200壳体完整性（%）：44.5在外壳中备注200数据冗余：空备注200 R壳体合并（I）：空壳体注释200 R SYM（I）：空备注200对于外壳：空备注200备注200衍射协议：单波长备注200用于确定结构的方法：分子替换备注200使用的软件：AMORE备注200启动模型：空备注200备注200备注：空备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS（%）：49.66备注280马修斯系数，VM（角度**3/DA）：2.44备注280备注280结晶条件：0.2 M氟化钠，0.1 M BIS-TRIS备注280 PROPANCE PH 7.5，20%PEG3350，蒸汽扩散，坐滴，备注280温度277K备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子：P 21 21 2备注290备注290对称性备注290 NNNMMM运算符备注290 1555 X、Y、Z备注290 2555-X、-Y、Z备注290 3555-X+1/2，Y+1/2，-Z备注290 4555 X+1/2，-Y+1/2，-Z备注290备注290，其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录，以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 2 0.000000-1.000000.000000 0.00000备注290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 1.0000000.00000备注290 SMTRY1 3-1.00000000.000000 0.000000 38.74950备注290 SMTRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 46.01500备注290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 4 1.0000000.000000 0.000000 38.74950备注290 SMTRY2 4 0.000000-1.000000.00000 46.01500备注290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290备注290备注：空备注300备注300生物分子：1、2备注300有关作者提供的和/或程序，请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋地面积。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350具有生物学意义的低聚状态备注350应用生物转化可以生成分子下面给出的注释350。非晶态和备注：给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子：1备注350作者确定的生物单位：DIMERIC备注350软件确定的四元结构：DIMERIC备注350使用的软件：PISA备注350总埋地面积：1030安**2备注复合体的350表面积：13030安**2备注350无溶剂能量变化：1.0 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条：X、P备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注350备注350生物分子：2备注350软件确定的四元结构：四元备注350使用的软件：PISA备注350总埋地面积：4070安**2备注复合体的350表面积：24040安**2备注350无溶剂能量变化：-8.0 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条：X、P备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注350 BIOMT1 2-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注350生物2 0.000000-1.000000.000000.00000备注350生物3 2 0.000000 0.000000 1.0000000.00000备注465备注465缺失残留物备注465以下残留物不在备注465实验。（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注465标识符；SSSEQ=序列号；I=插入代码。）备注465备注465米备注465 SER X 319备注465 SER X 320备注465 ALA X 321备注465 PRO X 322备注465 LYS X 323备注465 VAL X 324备注470备注470缺少原子备注470以下残留物缺少原子（M=型号；备注470 RES=剩余名称；C=链标识符；SSEQ=序列号；备注470 I=插入代码）：备注470 M RES CSSEQI ATOMS备注470 GLN X 528 CG CD OE1 NE2备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题：同一非对称单元中的紧密接触备注500备注500以下原子紧密接触。备注500备注500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES S C SSEQUI距离备注500 O HOH X 888 O HOH P 115 2.19备注500备注500备注：空备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题：同等保函长度备注500备注500以下残留物的立体化学参数备注500的值与预期值相差更多备注500大于6*RMSD（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注500标识符；SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，2（A3,1X，A1，I4，A1,1X，A4,3X），1X，F6.3）备注500备注500预期值蛋白质：ENGH和HUBER，1999备注500核酸预期值：CLOWNEY等人1996备注500备注500米RES CSSEQI ATM1 RES CSEQI ATM2偏差备注500 TYR X 473 CD1 TYR X 473 CE1 0.097备注500备注500备注：空备注500评论500几何学和立体化学备注500子主题：等效结合角备注500备注500以下残留物的立体化学参数备注500的值与预期值相差更多备注500大于6*RMSD（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注500标识符；SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,3（1X，A4,2X），12X，F5.1）备注500备注500预期值蛋白质：ENGH和HUBER，1999备注500预期值核酸：CLOWNEY等人，1996年备注500备注500米RES CSSEQI ATM1 ATM2 ATM3备注500 ARG X 336 CB-CA-C ANGL。偏差=-13.0度备注500米X 499重心-SD-CE角度。偏差=-11.9度备注500 ARG X 554 NE-CZ-NH1 ANGL。偏差=-3.0度备注500备注500备注：空备注500注释500几何与立体化学备注500主题：扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角：备注500（M=型号；RES=剩余名称；C=链标识符；备注500 SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,4X，F7.2,3X，F7.2）备注500备注500个预期值：GJ KLEYWEGT和TA JONES（1996）。PHI/PSI-记下500首合唱：拉马钱德朗重审。结构4，1395-1400备注500备注500 M RES CSSEQI PSI PHI备注500 PHE X 335 97.87-161.30备注500 ARG X 336-11.99 71.74备注500 LEU X 355-166.06-117.44备注500 GLN X 528-42.36-133.97备注500 GLN X 563 57.18 37.97备注500备注500备注：空备注900备注900个相关条目备注900相关ID:4IFJ相关DB:PDB备注900相关ID:4IFN相关DB:PDBDBREF 4IFL X 321 609 UNP Q14145 KEAP1_HUMAN 321 608号DBREF 4 IFL P 69 84 PDB 4 IFL 4 IFL 69 84SEQADV 4IFL SER X 319 UNP Q14145表达标签SEQADV 4IFL SER X 320 UNP Q14145表达标签序列1 X 291 SER SER ALA PRO LYS VAL GLY ARG LEU ILE TYR THRA ALA序列2 X 291 GLY GLY TYR PHE ARG GLN SER LEU SER TYR LEU GLU ALA序列3 X 291 TYR ASN PRO SER ASP GLY THR TRP LEU ARG LEU ALA ASP序列4 X 291 LEU GLN VAL PRO ARG SER GLY LEU ALA GLY CYS VAL序列5 X 291 GLY GLY LEU LEU TYR ALA VAL GLY ARG ASN ASN SER序列6 X 291 PRO ASP GLY ASN THR ASP SER ALA LEU ASP CYS TYRSEQRES 7 X 291 ASN专业会议THR ASN GLN TRP SER专业会议ALA专业会议序列8 X 291 SER VAL PRO ARG ASN ARG ILE GLY VAL GLY VAL-ILE ASPSEQRES 9 X 291 GLY他的ILE TYR ALA VAL GLY SER他的GLY CYS ILE序列10 X 291 HIS HIS ASN SER VAL GLU ARG TYR GLU PRO GLU ARG-ASP序列11 X 291 GLU TRP HIS LEU VAL ALA PRO MET LEU THR ARG ARG ILE序列12 X 291 GLY VAL GLY VAL ALA VAL LEU ASN ARG LEU LEU TYR ALA序列13 X 291 VAL GLY GLY PHE ASP GLY THR ASN ARG LEU ASN SER ALA序列14 X 291 GLU CYS TYR PRO GLU ARG ASN GLU TRP ARG MET ILE序列15 X 291 THR ALA MET ASN THR ILE ARG SER GLY ALA GLY VAL CYS序列16 X 291 VAL LEU HIS ASN CYS ILE TYR ALA ALA GLY GLY TYR ASP序列17 X 291 GLY GLN ASP GLN LEU ASN SER VAL GLU ARG TYR ASP VAL序列18 X 291 GLU THR GLU TH TRP THR PHE VAL ALA PRO MET LYS HIS序列19 X 291 ARG ARG SER ALA LEU GLY ILE THR VAL HIS GLN GLY ARG序列20 X 291 ILE TYR VAL LEU GLY GLY TYR ASP GLY HIS THR PHE LEU序列21 X 291 ASP SER VAL GLU CYS TYR ASP PRO ASP THR ASP TRP序列22 X 291 SER GLU VAL THR ARG MET THR SER GLY ARG SER GLY VAL序列23 X 291 GLY VAL ALA VAL THR顺序1 P 16 ALA PHE PHE ALA GLN LEU GLN LEO ASP GLU GLU THR GLY序列2 P 16 GLU PHE LEU公式3 HOH*301（H2 O）表1 A 4 TRP X 352 ARG X 354 0表2A 4 LEU X 342 TYR X 345-1 N ALA X 344 O LEU X 353表3 A 4 LEU X 327 ALA X 331-1 N ILE X 328 O TYR X 345表4 A 4 GLY X 605 THR X 609-1 O GLY X 60 5 N ALA X 331表1 B 4 ALA X 366 VAL X 370 0表2 B 4 LEU X 373 VAL X 377-1 O TYR X 375 N CYS X 368表3 B 4 LEU X 393 TYR X 396-1 O TYR X 396 N LEU X 374表4 B 4 TRP X 403 PRO X 405-1 O SER X 404 N CYS X 395表1 C 2 ARG X 380 SER X 383 0表2 C 2 GLY X 386 ASP X 389-1 O THR X 388 N ASN X 381表1 D 4 GLY X 417 ILE X 421 0表2 D 4 HIS X 424 VAL X 428-1 O TYR X 426 N GLY X 419表3 D 4 VAL X 440 TYR X 443-1 O GLU X 441 N ALA X 427表4 D 4 TRP X 450 VAL X 453-1 O HIS X 451 N ARG X 442表1 E 2 SER X 431 HIS X 432 0表2 E 2 ILE X 435 HIS X 436-1 O ILE X 43 5 N HIS X 43 2表1 F 4 GLY X 464 LEU X 468 0表2 F 4 LEU X 471 VAL X 475-1 O VAL X 47 5 N GLY X 464第3页，共4页ALA X 487 TYR X 491-1 O TYR X 490 N LEU X 472表4 F 4 GLU X 496 MET X 499-1 O GLU X 486 N TYR X 491活页1 G 4 GLY X 511 LEU X 515 0表2 G 4 CYS X 518 ALA X 522-1 O TYR X 520 N CYS X 513表3 G 4 VAL X 534 ASP X 538-1 O TYR X 537 N ILE X 519活页4 G 4 THR X 543 VAL X 547-1 O THR X 545 N ARG X 536表1 H 4 GLY X 558 HIS X 562 0表2 H 4 ARG X 565 LEU X 569-1 O TYR X 567 N THR X 560表3 H 4 SER X 580 ASP X 585-1 O GLU X 582 N VAL X 568表4 H 4 THR X 590 ARG X 596-1 O SER X 592 N CYS X 583表1 I 2 GLN P 75 LEU P 76 0表2 I 2 PHE P 83 LEU P 84-1 O LEU P 84N GLN P 75SSBOND 1 CYS X 434 CYS X 518 1555 4455 2.41不锈钢晶体1 77.499 92.030 46.158 90.00 90.00 90.00P 21 21 2 4原始X1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.00000ORIGX3 0.000000 0.000000 1.0000000.00000比例尺1 0.012903 0.000000 0.000000 0.00000比例尺2 0.000000 0.010866 0.000000 0.00000比例尺3 0.000000 0.000000 0.021665 0.00000