2006年1月6日2英尺KELCH-NEH2配合物的晶体结构压缩机模具ID:1;化合物2分子:类KELCH ECH相关蛋白1;压缩机3链条:X;化合物4片段:人类KEAP1的KELCH域;压缩机5工程:是;COMPND 6摩尔ID:2;COMPND 7分子:NRF2;压缩机8链条:P;化合物9片段:人NEH2的16-MER肽;压缩机10工程:是源MOL_ID:1;来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS;来源3有机物常见:人类;来源4 ORGANISM_TAXID:9606;来源5表达_系统:大肠杆菌;来源6 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:562;来源7 MOL_ID:2;来源8合成:是;来源9其他详细信息:合成肽KEYWDS KELCH结构域,蛋白质-磷脂复合物,β-螺旋桨,脂肪酶EXPDTA X射线衍射作者X.LI、J.LO、L.BEAMER、M.HANNINK第5版,2013年8月30日,2 FLU 1 SEQADV2011年7月13日修订版修订版3 2009年2月24日2 FLU 1版本修订版2 29-AUG-06 2FLU 1 JRNL修订版1 2006年8月15日2 FLU 0JRNL AUTH S.C.LO、X.LI、M.T.HENZL、L.J.BEAMER、M.HANNINKKEAP1:NRF2接口的JRNL标题结构提供了机制JRNL TITL 2深入了解NRF2信号。JRNL参考EMBO J.V.25 3605 2006JRNL参考ISSN 0261-4189JRNL PMID 16888629JRNL DOI 10.1038/SJ.EMBOJ.7601243备注2备注2决议。1.50埃。备注3备注3精炼。备注3计划:REFMAC 5.2.0005备注3作者:穆舒多夫、斯库巴克、勒贝德夫、潘努、斯坦纳,备注3:NICHOLLS、WINN、LONG、VAGIN备注3备注3细化目标:最大似然备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高(安):1.50备注3分辨率范围低(安):36.00备注3数据截止(SIGMA(F)):0.000备注3范围完整性(%):94.7备注3反射次数:47967备注3备注3与精炼中使用的数据相匹配。备注3交叉验证方法:通关备注3自由R值测试集选择:随机备注3 R值(工作+测试集):0.180备注3 R值(工作集):0.179备注3自由R值:0.199备注3自由R值测试集大小(%):5.100备注3自由R值测试集计数:2576备注3在最高分辨率的箱子中备注3。备注3使用的箱子总数:20备注3箱子分辨率范围高(A):1.50备注3箱子分辨率范围低(A):1.54备注3箱子中的反射(工作装置):2295备注3箱子完整性(工作+测试)(%):62.22备注3 BIN R值(工作集):0.3070备注3无箱R值设置计数:131备注3无箱R值:0.3300备注3备注3炼油中使用的非氢原子数量。备注3蛋白质原子:2300备注3核酸原子:0备注3个异质原子:0备注3溶剂原子:333备注3记下3 B值。备注3 B值类型:可能剩余威尔逊地块备注3(A**2):空备注3平均B值(总体,A**2):18.54备注3整体各向异性B值。备注3 B11(A**2):0.07000备注3 B22(A**2):-0.80000备注3 B33(A**2):0.73000备注3 B12(A**2):0.00000备注3 B13(A**2):0.00000备注3 B23(A**2):0.00000备注3备注3估计总体坐标误差。备注3基于R值的ESU(A):0.076备注3基于自由R值的ESU(A):0.074备注3基于最大似然(A)的ESU:0.047备注3基于最大似然(A**2)的B值ESU:2.491备注3备注3相关系数。备注3相关系数FO-FC:0.967备注3相关系数FO-FC FREE:0.958备注3备注3 RMS与理想值的偏差计算RMS权重备注3精炼原子的键长(A):2468;0.009 ; 0.021备注3债券长度其他(A):空;无效的;无效的备注3精炼原子的键角(度):3389;1.211 ; 1.937备注3键角其他(度):空;无效的;无效的备注3扭转角,周期1(度):335;6.559 ; 5备注3扭转角,周期2(度):119;33.462 ;22.521备注3扭转角,周期3(度):370;10.892 ;15备注3扭转角,周期4(度):25;20.823 ;15备注3手心约束(A**3):368;0.088 ; 0.200备注3精炼原子总平面图(A):1972;0.005 ; 0.020备注3总平面其他(A):空;无效的;无效的备注3精炼原子非结合接触(A):1149;0.194 ; 0.200备注3非粘结触点其他(A):空;无效的;无效的备注3非键合扭转精制原子(A):1728;0.302 ; 0.200备注3非粘结扭转其他(A):空;无效的;无效的备注3氢键(X…Y)精炼原子(A):294;0.105 ; 0.200备注3氢键(X…Y)其他(A):空;无效的;无效的备注3潜在金属离子精炼原子(A):空;无效的;无效的备注3潜在金属离子其他(A):空;无效的;无效的备注3对称VDW精细原子(A):45;0.241 ; 0.200备注3对称VDW其他(A):空;无效的;无效的备注3对称氢键精炼原子(A):26;0.126 ; 0.200备注3对称氢键其他(A):空;无效的;无效的备注3对称金属离子精炼原子(A):空;无效的;无效的备注3对称金属离子其他(A):空;无效的;无效的备注3备注3各向异性热因子限制。计算RMS重量备注3主链键精炼原子(A**2):1578;0.724 ; 1.500备注3主链键其他原子(A**2):空;无效的;无效的备注3精炼原子的主链角(A**2):2481;1.175 ; 2备注3其他原子的主链角(A**2):空;无效的;无效的备注3侧链键精炼原子(A**2):1030;1.869 ; 3备注3侧链键其他原子(A**2):空;无效的;无效的备注3个侧链角精细原子(A**2):891;2.695 ; 4.500备注3其他原子的侧链角(A**2):空;无效的;无效的备注3长程B精炼原子(A**2):空;无效的;无效的备注3远程B其他原子(A**2):空;无效的;无效的备注3备注3各向异性热因子约束。计算RMS重量备注3刚性约束(A**2):空;无效的;无效的备注3球性;自由原子(A**2):空;无效的;无效的备注3球性;结合原子(A**2):空;无效的;无效的备注3备注3 NCS约束统计备注3不同NCS组的数量:空备注3备注3 TLS详细信息备注3 TLS组数量:2备注3备注3 TLS组:1备注3组件组数量:1备注3组件C SSSEQI至C SSSEQ备注3剩余范围:X 325 X 609备注3组(A)的来源:17.6561 16.8055 7.1613备注3 T张量备注3 T11:-0.0139 T22:-0.0197备注3 T33:-0.0133 T12:-0.0126备注3 T13:-0.0115 T23:-0.0062备注3 L张力备注3 L11:0.2606 L22:0.4950备注3 L33:0.2986 L12:-0.0344备注3 L13:-0.1369 L23:-0.1056备注3张力备注3 S11:0.0037 S12:-0.0063 S13:0.0072备注3 S21:0.0325 S22:-0.0032 S23:-0.0117备注3 S31:-0.0108 S32:0.0169 S33:-0.0005备注3备注3 TLS组:2备注3组件组数量:1备注3组件C SSSEQI至C SSSEQ备注3残留范围:P 69 P 84备注3组(A)的来源:-2.2216 6.2002 1.7986备注3 T张力备注3 T11:-0.0151 T22:0.0017备注3 T33:0.0159 T12:-0.0139备注3 T13:0.0009 T23:0.0219备注3 L张力备注3 L11:5.9313 L22:0.3255备注3 L33:0.0761 L12:0.9313备注3 L13:-0.1737 L23:0.0856备注3张力备注3 S11:-0.0159 S12:0.1740 S13:0.0752备注3 S21:0.0172 S22:0.0628 S23:0.0664备注3 S31:-0.0909 S32:0.0298 S33:-0.0469备注3备注3散装溶剂建模。备注3使用的方法:面罩备注3遮罩计算参数备注3 VDW探头半径:1.20备注3离子探针半径:0.80备注3收缩半径:0.80备注3备注3其他改进备注:骑行中添加了氢备注3个位置备注4备注4 FLU符合2011年7月13日第3.30版格式备注100备注100本条目已由RCSB于2006年1月10日处理。备注100存款ID为D_1000036033。备注200备注200实验细节备注200实验类型:X射线衍射备注200数据收集日期:空备注200温度(开尔文):110备注200 PH:8.5备注200使用的晶体数量:1备注200备注200同步器(是/否):是备注200辐射源:ALS备注200梁线:4.2.2备注200 X射线发生器型号:空备注200单色或LAUE(M/L):M备注200波长或范围(A):1.23983备注200单色仪:空备注200光学器件:空备注200备注200探测器类型:CCD备注200探测器制造商:空备注200强度集成软件:空备注200数据缩放软件:D*TREK备注200备注200独特反射次数:50551备注200分辨率范围高(A):1.500备注200分辨率范围低(A):36.400备注200拒绝标准(SIGMA(I)):0.000备注200总体评论200。备注200范围完整性(%):94.7备注200数据冗余:6.300备注200 R合并(I):0.07700备注200 R SYM(I):空备注200对于数据集:11.1000备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳,范围高(A):1.50备注200最高分辨率外壳,范围低(A):1.55备注200壳体完整性(%):64.6在外壳中备注200数据冗余:3.30备注200 R壳体合并(I):0.45600壳体注释200 R SYM(I):空备注200对于壳体:2.100备注200备注200衍射协议:单波长备注200用于确定结构的方法:分子替换备注200使用的软件:MOLREP备注200启动型号:1U6D备注200备注200备注:空备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS(%):46.49备注280马修斯系数,VM(角**3/DA):2.30备注280备注280结晶条件:100 MM TRISHCL 200 MM MGCL2 30%PEG备注280 4000,PH 8.5,蒸汽扩散,温度277K备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子:P 21 21 2备注290备注290对称性备注290 NNNMMM操作员备注290 1555 X、Y、Z备注290 2555-X、-Y、Z备注290 3555-X+1/2,Y+1/2,-Z备注290 4555 X+1/2,-Y+1/2,-Z备注290备注290,其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录,以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290 SMTRY2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 2 0.000000-1.000000.000000 0.00000备注290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 1.0000000.00000备注290 SMTRY1 3-1.00000000.000000 0.000000 38.37850备注290 SMTRY2 3 0.000000 1.0000000.000000 46.03450备注290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 4 1.0000000.000000 0.000000 38.37850备注290 SMTRY2 4 0.000000-1.000000.00000046.03450备注290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290备注290备注:空备注300备注300生物分子:1备注300有关作者提供的和/或程序,请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋地面积。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350具有生物学意义的低聚状态备注350应用生物转化可以生成分子记住下面给出的350。非晶态和备注:给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子:1备注350作者确定的生物单位:二聚体注释350将以下内容应用于链:X,P备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注465备注465缺失残留物备注465以下残留物不在备注465实验。(M=型号;RES=剩余名称;C=链条备注465标识符;SSSEQ=序列号;I=插入代码。)备注465备注465 M RES C SSSEQI备注465 GLY X 302备注465 SER X 303备注465 SER X 304备注465 HIS X 305备注465 HIS X 306备注465 HIS X 307备注465 HIS X 308备注465 HIS X 309备注465 HIS X 310备注465 SER X 311备注465 SER X 312备注465 GLY X 313备注465 LEU X 314备注465 VAL X 315备注465 PRO X 316备注465 ARG X 317备注465 GLY X 318备注465 SER X 319备注465 HIS X 320备注465 ALA X 321备注465 PRO X 322备注465 LYS X 323备注465 VAL X 324备注470备注470缺少原子备注470以下残留物缺少原子(M=型号;备注470 RES=剩余名称;C=链标识符;SSEQ=序列号;备注470 I=插入代码):备注470 M RES CSSEQI ATOMS备注470 GLU X 446 CG CD OE1 OE2备注470 ARG X 447 CG CD NE CZ NH1 NH2备注470 GLU X 493 CG CD OE1 OE2备注470 GLN X 528 CG CD OE1 NE2备注470 LYS X 551 CG CD CE NZ备注470 GLU P 78 CG CD OE1 OE2备注500评论500几何学和立体化学备注500主题:扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角:备注500(M=型号;RES=剩余名称;C=链标识符;备注500 SSEQ=序列号;I=插入代码)。备注500备注500标准表:备注500格式:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2)备注500备注500个预期值:GJ KLEYWEGT和TA JONES(1996)。PHI/PSI-记下500首合唱:拉马钱德朗重审。结构4,1395-1400备注500备注500米分辨率CSSEQI PSI PHI备注500 ARG X 336-27.83 68.77备注500 ARG X 336-31.85 72.40备注500 GLN X 528-38.96-130.73备注500 VAL X 547-168.84-113.62备注500备注500备注:空备注900备注900个相关条目备注900相关ID:1U6D相关DB:PDB人KEAP1在1.85 A时KELCH畴的900晶体结构备注900相关ID:1ZGK相关DB:PDB人KEAP1在1.35 A时KELCH畴的900晶体结构DBREF 2FLU X 321 609 GB 16198527 AAH15945 321 608数据库参考2FLU P 69 84 UNP Q16236 NF2L2_HUMAN 69 84SEQADV 2FLU GLY X 302 GB 16198527表达标签SEQADV 2FLU SER X 303 GB 16198527表达标签SEQADV 2FLU SER X 304 GB 16198527表达标签SEQADV 2FLU HIS X 305 GB 16198527表达标签SEQADV 2FLU HIS X 306 GB 16198527表达标签SEQADV 2FLU HIS X 307 GB 16198527表达标签SEQADV 2FLU HIS X 308 GB 16198527表达标签SEQADV 2FLU HIS X 309 GB 16198527表达标签SEQADV 2FLU HIS X 310 GB 16198527表达标签SEQADV 2FLU SER X 311 GB 16198527克隆艺术品SEQADV 2FLU SER X 312 GB 16198527克隆艺术品SEQADV 2FLU GLY X 313 GB 16198527克隆艺术品SEQADV 2FLU LEU X 314 GB 16198527克隆艺术品SEQADV 2FLU VAL X 315 GB 16198527克隆艺术品SEQADV 2FLU PRO X 316 GB 16198527克隆艺术品SEQADV 2FLU ARG X 317 GB 16198527克隆艺术品SEQADV 2FLU GLY X 318 GB 16198527克隆艺术品SEQADV 2FLU SER X 319 GB 16198527克隆艺术品SEQADV 2FLU HIS X 320 GB 16198527克隆艺术品序列1 X 308 GLY SER SER HIS HIS HIS SER GLY LEU序列2 X 308 VAL PRO ARG GLY SER HIS ALA PRO LYS VAL GLY ARG LEU序列3 X 308 ILE TYR THR ALA GLY GLY TYR PHE ARG GLN SER LEU SER序列4 X 308轮胎LEU GLU ALA轮胎ASN PRO SER ASP GLY THR TRP LEU序列号5 X 308 ARG LEU ALA ASP LEU GLN VAL PRO ARG SER GLY LEU ALA序列6 X 308 GLY CYS VAL GLY LEU TYR ALA VAL GLY-GLY序列7 X 308 ARG ASN ASN SER PRO ASP GLY ASN THR ASP SER ALA序列8 X 308 LEU ASP CYS轮胎ASN PRO MET THR ASN GLN TRP SER PRO序列9 X 308 CYS ALA PRO MET SER VAL PRO ARG ASN ARG ILE GLY VAL序列10 X 308 GLY VAL ILE ASP GLY HIS ILE TYR ALA VAL GLY GLY SER序列11 X 308 HIS GLY CYS ILE HIS ASN SER VAL GLU ARG TYR GLUSEQRES 12 X 308 PRO GLU ARG ASP GLU TRP他的LEU VAL ALA PRO遇到了LEU序列号13 X 308 THR ARG ILE GLY VAL GLY VAL ALA VAL LEU ASN ARG序列14 X 308 LEU LEU TYR ALA VAL GLY GLY PHE ASP GLY THR ASN ARG序列15 X 308 LEU ASN SER ALA GLU CYS TYR PRO GLU ARG ASN GLU序列16 X 308 TRP ARG MET ILE THR ALA MET ASN THR ILE ARG SER GLY序列17 X 308 ALA GLY VAL CYS VAL LEU HIS ASN CYS ILE TYR ALA序列18 X 308 GLY GLY TYR ASP GLY GLN ASP GLN LEU ASN SER VAL GLU序列19 X 308 ARG轮胎ASP VAL GLU THR GLU TRP THR PHE VAL ALA序列号20 X 308职业选手LYS HIS ARG ARG SER ALA LEU GLY ILE THR VAL序列21 X 308 HIS GLN GLY ARG ILE TYR VAL LEU GLY GLY TYR ASP GLY序列22 X 308 HIS THR PHE LEU ASP SER VAL GLU CYS TYR ASP PRO ASP序列23 X 308 THR ASP THR TRP SER GLU VAL THR ARG MET THR SER GLY序列24 X 308 ARG SER GLY VAL GLY VAL ALA VAL THR顺序1 P 16 ALA PHE PHE ALA GLN LEU GLN LEO ASP GLU GLU THR GLY序列2 P 16 GLU PHE LEU公式3 HOH*333(H2 O)表1 A 4 TRP X 352 ARG X 354 0表2A 4 LEU X 342 TYR X 345-1 N ALA X 344 O LEU X 353表3 A 4 LEU X 327 ALA X 331-1 N ILE X 328 O TYR X 345表4 A 4 GLY X 605 THR X 609-1 O ALA X 607 N TYR X 329表1 B 4 ALA X 366 VAL X 370 0表2 B 4 LEU X 373 VAL X 377-1 O TYR X 375 N CYS X 368表3 B 4 LEU X 393 TYR X 396-1 O TYR X 396 N LEU X 374表4 B 4 TRP X 403 PRO X 405-1 O SER X 404 N CYS X 395表1 C 2 ARG X 380 SER X 383 0表2 C 2 GLY X 386 ASP X 389-1 O THR X 388 N ASN X 381表1 D 4 GLY X 417 ILE X 421 0表2 D 4 HIS X 424 VAL X 428-1 O TYR X 426 N GLY X 419表3 D 4 VAL X 440 TYR X 443-1 O GLU X 441 N ALA X 427表4 D 4 TRP X 450 LEU X 452-1 O HIS X 451 N ARG X 442表1 E 2 SER X 431 HIS X 432 0活页2 E 2 ILE X 435 HIS X 436-1 O ILE X 435 N HIS X 432表1 F 4 GLY X 464 LEU X 468 0表2 F 4 LEU X 471 VAL X 475-1 O TYR X 473 N ALA X 466表3 F 4 ALA X 487 TYR X 490-1 O TYR X490 N LEU X 472表4 F 4 TRP X 497 MET X 499-1 O ARG X 498 N CYS X 489表1 G 4 GLY X 511 LEU X 515 0表2 G 4 CYS X 518 ALA X 522-1 O TYR X 520 N CYS X 513活页3 G 4 VAL X 534 ASP X 538-1 O TYR X 537 N ILE X 519活页4 G 4色X 543色X 546-1个色X 545 N银X 536表1 H 4 GLY X 558 HIS X 562 0表2 H 4 ARG X 565 LEU X 569-1 O TYR X 567 N THR X 560表3 H 4 SER X 580 ASP X 585-1 O TYR X 584 N ILE X 566表4 H 4 THR X 590 ARG X 596-1 O SER X 592 N CYS X 583表1 I 2 GLN P 75 LEU P 76 0表2 I 2 PHE P 83 LEU P 84-1 O LEU P 84N GLN P 75SSBOND 1 CYS X 434 CYS X 518 1555 4455 2.90不锈钢晶体1 76.757 92.069 46.314 90.00 90.00 90.00P 21 21 2 4原始X1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.00000ORIGX3 0.000000 0.000000 1.0000000.00000比例尺1 0.013028 0.000000 0.000000 0.00000比例尺2 0.000000 0.010861 0.000000 0.00000比例尺3 0.000000 0.000000 0.021592 0.00000