总管氧化还原酶02-FEB-04 1S8C人血红素氧化酶的配合物晶体结构第2章投标书压缩机模具ID：1；化合物2分子：血红素氧化酶1；COMPND 3链：A，B，C，D；合成4 SYNONYM:HO-1；压缩时间5秒：1.14.99.3；压缩机6工程：是源MOL_ID:1；来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS；来源3有机物常见：人类；来源4 ORGANISM_TAXID:9606；来源5基因：HMOX1，HO1，HO；来源6表达_系统：大肠杆菌；来源7 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:562；来源8 EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN:DH5ALPHA；来源9 EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE：血浆；来源10 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID：PCWORIKEYWDS血红素氧化酶-1、血红素降解、氧化还原酶EXPDTA X射线衍射作者L.LAD、J.FRIEDMAN、H.LI、B.BHASKAR、P.R.ORTIZ DE MONTELLANO，作者2 T.L.POULOS修订版2 2009年2月24日1S8C 1版本修订版1 2004年8月3日1S8C 0JRNL AUTH L.LAD、J.FRIEDMAN、H.LI、B.BHASKAR、，JRNL AUTH 2 P.R.ORTIZ DE MONTELLANO，T.L.POULOS公司人血红素氧化酶-1的JRNL晶体结构JRNL TITL 2复合物与胆红素JRNL参考生物化学V.43 3793 2004参考编号0006-2960JRNL PMID 15049686号JRNL DOI 10.1021/BI035451L备注1备注2备注2决议。2.19闸门。备注3备注3精炼。备注3程序：CNS 1.0备注3作者：布伦格、亚当斯、克罗、德拉诺、格罗斯、格罗斯备注3:KUNSTLEVE、JIANG、KUSZEWSKI、NILGES、PANNU、，备注3:READ、RICE、SIMONSON、WARREN备注3备注3精炼目标：ENGH&HUBER备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高（安）：2.19备注3分辨率范围低（安）：50.00备注3数据截止（SIGMA（F））:0.000备注3数据切断高（ABS（F））：空备注3数据切断低（ABS（F））：空备注3完整性（工作+测试）（%）：86.5备注3反射次数：55646备注3备注3与精炼中使用的数据相匹配。备注3交叉验证方法：通关备注3自由R值测试集选择：随机备注3 R值（工作集）：0.240备注3自由R值：0.280备注3自由R值测试集大小（%）：空备注3自由R值测试集计数：2814备注3自由R值的估计误差：空备注3在最高分辨率的箱子中备注3。备注3使用的箱子总数：空备注3箱子分辨率范围高（A）：空备注3箱子分辨率范围低（A）：空备注3料仓完整性（工作+测试）（%）：空备注3箱子中的反射（工作集）：空备注3 BIN R值（工作集）：空备注3无箱R值：空备注3 BIN FREE R值测试集大小（%）：NULL备注3无箱R值测试集计数：空备注3无箱R值的估计误差：空备注3备注3炼油中使用的非氢原子数量。备注3蛋白质原子：6973备注3核酸原子：0备注3异质原子：43备注3溶剂原子：325备注3记下3 B值。威尔逊地块备注3（A**2）：空备注3平均B值（总体，A**2）：空备注3总体各向异性B值。备注3 B11（A**2）：空备注3 B22（A**2）：空备注3 B33（A**2）：空备注3 B12（A**2）：空备注3 B13（A**2）：空备注3 B23（A**2）：空备注3备注3估计坐标误差。LUZZATI地块（A）的备注3 ESD：0.28备注3 SIGMAA ESD（A）:0.25备注3低分辨率截止（A）:5.00备注3备注3交叉验证估计坐标误差。备注3 C-V LUZZATI地块ESD（A）:0.34备注3 C-V SIGMAA的ESD（A）:0.30备注3记下理想值的3个RMS偏差。备注3粘结长度（A）：空备注3结合角（度）：空备注3双向角（度）：空备注3角度（度）不正确：为空备注3备注3各向同性热模型：各向同性备注3备注3各向同性热因子约束。RMS SIGMA公司备注3主链连接（A**2）：空；无效备注3主链角（A**2）：空；无效备注3侧链键（A**2）：空；无效备注3侧链角（A**2）：空；无效备注3备注3散装溶剂建模。备注3使用的方法：空备注3 KSOL:NULL备注3 BSOL:NULL备注3备注3 NCS模型：空备注3备注3 NCS约束。RMS SIGMA/重量备注3第1组位置（A）：空；无效备注3第1组B因子（A**2）：空；无效备注3备注3参数文件1:NULL备注3拓扑文件1:NULL备注3备注3其他精炼备注：空备注4备注4 1S8C符合2008年12月1日第3.15版格式备注100备注100本条目已由RCSB于2004年2月3日处理。备注100 RCSB ID代码为RCSB021494。备注200备注200实验细节备注200实验类型：X射线衍射备注200数据收集日期：2002年10月12日备注200温度（开氏温度）：119备注200 PH:7.5备注200使用的晶体数量：1备注200备注200同步器（是/否）：是备注200辐射源：ALS备注200梁线：5.0.2备注200 X射线发生器型号：空备注200单色或LAUE（M/L）：M备注200波长或范围（A）：空备注200单色仪：空备注200光学器件：空备注200备注200探测器类型：CCD备注200探测器制造商：ADSC QUANTUM 4备注200强度集成软件：HKL-2000备注200数据缩放软件：SCALEPACK备注200备注200独特反射次数：55646备注200分辨率范围高（A）：2.190备注200分辨率范围低（A）：50.000备注200拒绝标准（SIGMA（I））：2.000备注200总体评论200。备注200范围（%）的完整性：86.5备注200数据冗余：8.100备注200合并（I）:0.06200备注200 R SYM（I）:0.05600备注200对于数据集：17.3000备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳，范围高（A）：2.19备注200最高分辨率外壳，范围低（A）：2.24备注200外壳完整性（%）：90.2在外壳中备注200数据冗余：3.20备注200 R壳体合并（I）:0.04400壳体（I）备注200 R SYM：0.05600备注200对于壳体：2.100备注200备注200衍射协议：单波长备注200用于确定结构的方法：分子替换备注200使用的软件：MOLREP备注200启动型号：PDB ENTRY 1QQ8备注200备注200备注：空备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS（%）：43.87备注280马修斯系数，VM（角度**3/DA）：2.19备注280备注280结晶条件：硫酸铵，HEPES，1,6备注280己二醇、水、PH值7.5、蒸汽扩散、坐滴，备注280温度301K备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子：P 1 21 1备注290备注290对称性备注290 NNNMMM运算符备注290 1555 X、Y、Z备注290 2555-X，Y+1/2，-Z备注290备注290，其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录，以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290平方米2 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 2 0.000000 1.000000 0.000000 28.23050备注290平方米3 2 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290备注290备注：空备注300备注300生物分子：1、2、3、4备注300有关作者提供的和/或程序，请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋表面积。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350生物意义重大的齐聚状态备注350应用生物转化可以生成分子记住下面给出的350。非晶态和备注：给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子：1备注350作者确定的生物单位：单体备注350将以下内容应用于链条：A备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注350备注350生物分子：2备注350作者确定的生物单位：单体备注350将以下内容应用于链条：B备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注350备注350生物分子：3备注350作者确定的生物单位：单体备注350将以下内容应用于链条：C备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注350备注350生物分子：4备注350作者确定的生物单位：单体备注350将以下内容应用于链条：D备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350生物3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注465备注465缺失残留物备注465以下残留物未位于备注465实验。（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注465标识符；SSSEQ=序列号；I=插入代码。）备注465备注465 M RES C SSSEQI备注465 MET A 1备注465 GLU A 2备注465 ARG A 3备注465 PRO A 4备注465 GLN A 5备注465 PRO A 6备注465 ASP A 7备注465 SER A 8备注465 MET A 9备注465 ASP A 224注释465 THR A 225备注465 LYS A 226备注465 ASP A 227备注465 GLN A 228备注465 SER A 229备注465 PRO A 230备注465 SER A 231备注465 ARG A 232备注465 ALA A 233备注465 MET B 1备注465 GLU B 2备注465参数B 3备注465专业B 4备注465 GLN B 5备注465专业B 6备注465 ASP B 7备注465 SER B 8备注465 MET B 9备注465 ASP B 224注释465 THR B 225备注465 LYS B 226备注465 ASP B 227备注465 GLN B 228备注465 SER B 229备注465 PRO B 230备注465 SER B 231备注465 ARG B 232备注465 ALA B 233备注465符合C 1备注465 GLU C 2备注465 ARG C 3备注465 PRO C 4备注465 GLN C 5备注465 PRO C 6备注465 ASP C 7备注465 SER C 8备注465 MET C 9备注465 ASP C 224注释465 THR C 225备注465 LYS C 226备注465 ASP C 227备注465 GLN C 228备注465 SER C 229备注465 PRO C 230备注465 SER C 231备注465参数C 232备注465 ALA C 233备注465 MET D 1备注465 GLU D 2备注465参数D 3备注465第4页备注465 GLN D 5备注465 PRO D 6备注465 ASP D 7备注465 SER D 8备注465 MET D 9备注465 PRO D 10备注465 ASP D 224注释465 THR D 225备注465 LYS D 226备注465 ASP D 227备注465 GLN D 228备注465 SER D 229备注465 PRO D 230备注465 SER D 231备注465 ARG D 232备注465 ALA D 233备注480备注480零占用原子备注480以下残留物的原子模型为零备注480占用。这些原子的位置和性质备注480可能不可靠。（M=型号；RES=剩余名称；备注480 C=链标识符；SSEQ=序列号；I=插入代码）：备注480 M RES C SSEQI原子备注480 GLN A 41 CD NE2备注480 GLU A 215 CG CD OE1 OE2备注480 HIS A 223 CB CG CD2 NE2备注480 GLU B 23 CD OE2备注480 ASN B 30 ND2备注480 GLU B 70 OE1备注480 ARG B 100 NH2备注480 GLU B 120 OE2备注480 ARG B 123 NE CZ NH2备注480 LYS B 179 CD备注480 GLU B 219 OE1备注480 GLU C 15 CD OE2备注480 GLU C 19 OE1备注480 ARG C 113 CD备注480 GLU C 120 CD OE2备注480 ARG C 183 NE备注480 GLU C 219 OE2备注480 ALA D 16 N备注480亮17 N备注480 ARG D 35 NE CZ备注480 GLU D 120 CD OE1备注480 ARG D 123 CZ备注500评论500几何学和立体化学备注500主题：扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角：备注500（M=型号；RES=剩余名称；C=链标识符；备注500 SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,4X，F7.2,3X，F7.2）备注500备注500个预期值：GJ KLEYWEGT和TA JONES（1996）。PHI/PSI-记下500首合唱：拉马钱德朗重审。结构4，1395-1400备注500备注500 M RES CSSEQI PSI PHI备注500 GLN A 11-89.57 26.40备注500 PHE A 74-28.93-141.18备注500 GLN B 11-92.74 91.11备注500 PHE B 74-34.92-139.31备注500 ALA B 154-30.52 176.77备注500 ASP B 156 86.40 40.52备注500 TYR C 107 80.43-150.11备注500 ASP C 156 6.71 82.61备注500列乌157 115.88 4.07备注500 SER C 174-101.37-104.45备注500 ALA C 175-52.51 146.63备注500 ASP D 12 134.91-23.15备注500 ALA D 20-38.68 161.41备注500 GLU D 32 106.53-52.79备注500 PHE D 33-57.51 146.22备注500 PRO D 72-14.15-48.38备注500 PHE D 74-26.11-141.63备注500 GLN D 152-78.26-44.00备注500 LEU D 155-11.26-156.18备注500 ASP D 156 148.87 66.67备注500 SER D 159 37.08-97.76备注500 GLU D 215 27.19-78.33备注500 GLU D 216-43.58-147.25备注500 GLN D 218-45.80 153.32备注500备注500备注：空备注525备注525溶剂备注525备注525溶剂分子的链标识符备注525表示聚合物链，其中聚合物链最多备注525密切相关。备注列出了所有溶剂请记住525个分子，它们与备注525最近的聚合物链（M=型号；备注525 RES=剩余名称；C=链标识符；SSEQ=序列备注525编号；I=插入代码）：备注525备注525米雷斯CSSEQI备注525如何D 264距离=5.22角度备注525如何D 268距离=5.62安备注525 HOH B 275距离=7.06安备注525 HOH A 445距离=5.35埃备注525 HOH B 278距离=6.39安备注525 A 446距离=7.76安备注525 HOH C 282距离=5.53安备注525 B 286距离=5.38安备注525 456距离如何=5.90安备注525 HOH B 299距离=5.52安备注525 A 471距离=7.70安备注525 HOH B 307距离=7.77安备注525 HOH C 319距离=5.38埃备注525 A 490距离=5.20安备注525 HOH C 325距离=6.22安备注525 HOH C 329距离=7.71安备注525 HOH C 331距离=6.46安备注525 499距离=6.40安备注525 HOH C 343距离=5.67安备注525 H C 344距离=5.86安备注615备注615零占用原子备注615以下残留物的原子模型为零备注615占用。这些原子的位置和性质备注615可能不可靠。（M=型号；RES=剩余名称；备注615 C=链标识符；SSEQ=序列号；I=插入代码）：备注615 M RES C SSEQI备注615 BLA A 400备注800备注800站点备注800站点标识符：AC1备注800证据_代码：软件备注800位置_描述：剩余BLA 400的粘合位置DBREF 1S8C A 1 233 UNP P09601 HMOX1_人类1 233DBREF 1S8C B 1 233 UNP P09601 HMOX1_人类1 233DBREF 1S8C C 1 233 UNP P09601 HMOX1_HUMAN 1 233DBREF 1S8C D 1 233 UNP P09601 HMOX1_HUMAN 1 233SEQRES 1 A 233遇到GLU ARG PRO GLN PRO ASP SER遇到PRO GLN ASP LEU序列2 A 233 SER GLU ALA LEU LYS GLU ALA THR LYS GLU VAL HIS THR序列3 A 233 GLN ALA GLU ASN ALA GLU PHE MET ARG ASN PHE GLN LYS序列4 A 233 GLY GLN VAL THR ARG ASP GLY PHE LYS LEU VAL MET ALA序列5 A 233 SER LEU TYR HIS ILE TYR VAL ALA LEU GLU GLU ILE序列6 A 233 GLU ARG ASN LYS GLU SER PRO VAL PHE ALA PRO VAR TYR序列7 A 233 PHE PRO GLU GLU LEU HIS ARG LYS ALA ALA LEU GLN序列8 A 233 ASP LEU ALA PHE TRP轮胎GLY PRO ARG TRP GLN GLU VAL序列9 A 233 ILE PRO TYR THR PRO ALA MET GLN ARG TYR VAL LYS ARG序列10 A 233 LEU HIS GLU VAL GLY ARG THR GLU PRO GLU LEU LEU VAL序列11 A 233 ALA HIS ALA TYR THR ARG TYR LEU GLY ASP LEU SER GLY序列12 A 233 GLY GLN VAL LEU LYS LYS ILE ALA GLN LYS ALA LEU ASP序列13 A 233 LEU PRO SER SER GLY GLU GLY LEU ALA PHE PHE THR PHE序列14 A 233 PRO ASN ILE ALA SER ALA THR LYS PHE LYS GLN LEU TYR序列15 A 233 ARG SER ARG MET ASN SER LEU GLU MET THR PRO ALA VAL序列16 A 233 ARG GLN ARG VAL ILE GLU GLU ALA LYS THR ALA PHE LEU序列17 A 233 LEU ASN ILE GLN LEU PHE GLU GLU GLN GLU LEU序列18 A 233穿过他的ASP THR LYS ASP GLN SER PRO SER ARG ALA序列1 B 233 MET GLU ARG PRO GLN PRO ASP SER MET PRO GLL ASP LEU序列2 B 233 SER GLU ALA LEU LYS GLU ALA THR LYS GLU VAL HIS THR序列3 B 233 GLN ALA GLU ASN ALA GLU PHE MET ARG ASN PHE GLN LYS序列4 B 233 GLY GLN VAL THR ARG ASP GLY PHE LYS LEU VAL MET ALA序列5 B 233 SER LEU TYR HIS ILE TYR VAL ALA LEU GLU GLU ILE序列6 B 233 GLU ARG ASN LYS GLU SER PRO VAL PHE ALA PRO VAR TYRSEQRES 7 B 233 PHE PRO GLU GLU LEU HIS ARG LYS ALA LEU GLU GLN序列8 B 233 ASP LEU ALA PHE TRP轮胎GLY PRO ARG TRP GLN GLU VALSEQRES 9 B 233 ILE PRO TYR THR PRO ALA遇到GLN ARG TYR VAL LYS ARG序列10 B 233 LEU HIS GLU VAL GLY ARG THR GLU PRO GLU LEU LEU VAL序列11 B 233 ALA HIS ALA TYR THR ARG TYR LEU GLY ASP LEU SER GLY序列12 B 233 GLY GLN VAL LEU LYS LYS ILE ALA GLN LYS ALA LEU ASP序列13 B 233 LEU PRO SER SER GLY GLU GLY LEU ALA PHE PHE THR PHE序列14 B 233 PRO ASN ILE ALA SER ALA THR LYS PHE LYS GLN LEU TYR序列15 B 233 ARG SER ARG MET ASN SER LEU GLU MET THR PRO ALA VAL序列16 B 233 ARG GLN ARG VAL ILE GLU GLU ALA LYS THR ALA PHE LEU序列17 B 233 LEU ASN ILE GLN LEU PHE GLU GLU LEU GLN GLU LEU LEU序列18 B 233穿过他的ASP THR LYS ASP GLN SER PRO SER ARG ALA序列1 C 233 MET GLU ARG PRO GLN PRO ASP SER MET PRO GLL ASP LEU序列2 C 233 SER GLU ALA LEU LYS GLU ALA THR LYS GLU VAL HIS THRSEQRES 3 C 233 GLN ALA GLU ASN ALA GLU PHE遇到ARG ASN PHE GLN LYS序列4 C 233 GLY GLN VAL THR ARG ASP GLY PHE LYS LEU VAL MET ALA序列5 C 233 SER LEU TYR HIS ILE TYR VAL ALA LEU GLU GLU ILE序列6 C 233 GLU ARG ASN LYS GLU SER PRO VAL PHE ALA PRO VAR TYR序列7 C 233 PHE PRO GLU GLU LEU HIS ARG LYS ALA ALA LEU GLN序列8 C 233 ASP LEU ALA PHE TRP轮胎GLY PRO ARG TRP GLN GLU VAL序列9 C 233 ILE PRO TYR THR PRO ALA MET GLN ARG TYR VAL LYS ARG序列10 C 233 LEU HIS GLU VAL GLY ARG THR GLU PRO GLU LEU LEU VAL序列11 C 233 ALA HIS ALA TYR THR ARG TYR LEU GLY ASP LEU SER GLY序列12 C 233 GLY GLN VAL LEU LYS ILE ALA GLN LYS ALA LEU ASP序列13 C 233 LEU PRO SER GLY GLU GLY LEU ALA PHE PHE THR PHE序列14 C 233 PRO ASN ILE ALA SER ALA THR LYS PHE LYS GLN LEU TYR序列15 C 233 ARG SER ARG MET ASN SER LEU GLU MET THR PRO ALA VAL序列16 C 233 ARG GLN ARG VAL ILE GLU GLU ALA LYS THR ALA PHE LEU序列17 C 233 LEU ASN ILE GLN LEU PHE GLU GLU GLN GLU LEU序列18 C 233穿过他的ASP THR LYS ASP GLN SER PRO SER ARG ALA序列1 D 233 MET GLU ARG PRO GLN PRO 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