集管单元粘合14-MAY-20 6Z1V纳米体4E8配合物中CD9的EC2结构域的标题结构压缩机模具ID：1；化合物2分子：CD9抗原；压缩机3链条：A；COMPND 4同义词：5H9抗原，细胞生长抑制基因2蛋白，白细胞化合物5抗原MIC3、运动相关蛋白、MRP-1、四SPAN-29、TSPAN-29、，压缩机6 P24；压缩机7工程：是；压缩机8 MOL_ID:2；化合物9分子：纳米体4E8；压缩机10链条：B；压缩机11工程：是源MOL_ID:1；来源2 ORGANISM_SCIENTIFIC:HOMO SAPIENS；来源3有机物常见：人类；来源4 ORGANISM_TAXID:9606；来源5基因：CD9、MIC3、TSPAN29、GIG2；来源6 EXPRESSION_SYSTEM：HOMO SAPIENS；来源7 EXPRESSION_SYSTEM_COMMON：人类；来源8 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID:9606；来源9 EXPRESSION_SYSTEM_CELL_LINE:HEK293EBNA；来源10 EXPRESSION_SYSTEM_ORGAN:KIDNEY；来源11 EXPRESSION_SYSTEM_CELL：胚胎；来源12 EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID：PUPE 107.03；来源13 MOL_ID:2；资料来源14 ORGANISM_SCIENTIFIC:LAMA GLAMA；来源15 ORGANISM_COMMON：美洲驼；来源16 ORGANISM_TAXID:9844；来源17表达_系统：大肠杆菌BL21（DE3）；源18表达系统轴：469008；来源19 EXPRESSION_SYSTEM_VARIANT:CODON PLUSKEYWDS抗体-抗原复合物，四SPANIN，EC2结构域，纳米体，细胞KEYWDS 2粘合剂EXPDTA X射线衍射作者W.OOSTERHEERT，N.M.PEARCE，P.GROS修订版2 20年9月30日6Z1V 1 JRNL修订版1 20年9月23日6Z1V 0JRNL AUTH W.OOSTERHEERT、K.T.XENAKI、V.NEVIANI、W.POS、S.DOULKERIDOU、，JRNL认证2 J.MANSHANDE，N.M.PEARCE，L.M.KROON-BATENBURG，M.LUTZ，JRNL授权3 P.M.VAN BERGEN EN HENEGOUWEN，P.GROSJRNL标题对四萜类微畴组装的影响JRNL Title 2基于带EWI-F的CD9结构。JRNL-REF-lifesci联盟诉2020年3月JRNL参考ESSN 2575-1077JRNL PMID 32958604JRNL DOI 10.26508/LSA.202000883备注2备注2决议。1.33角度。备注3备注3精炼。备注3计划：REFMAC 5备注3作者：穆舒多夫、斯库巴克、勒贝德夫、潘努、斯坦纳，备注3:NICHOLLS、WINN、LONG、VAGIN备注3备注3精炼目标：CDL V1.2备注3备注3精炼中使用的数据。备注3分辨率范围高（安）：1.33备注3分辨率范围低（安）：44.72备注3数据截止（SIGMA（F））:1.350备注3范围完整性（%）：69.7备注3反射次数：32042备注3备注3适用于精化中使用的数据。备注3交叉验证方法：自由R值备注3自由R值测试集选择：空备注3 R值（工作+测试集）：0.153备注3 R值（工作集）：0.151备注3自由R值：0.190备注3自由R值测试集大小（%）：4.900备注3自由R值测试集计数：1570备注3在最高分辨率的箱子中备注3。备注3使用的箱子总数：空备注3箱子分辨率范围高（A）：1.33备注3箱子分辨率范围低（A）：1.37备注3箱子中的反射（工作装置）：371备注3箱子完整性（工作+测试）（%）：9.49备注3 BIN R值（工作集）：0.2693备注3仓位空闲R值集合计数：20备注3无箱R值：0.5263备注3备注3炼油中使用的非氢原子数量。备注3蛋白质原子：1570备注3核酸原子：0备注3异质原子：18备注3溶剂原子：134备注3记下3 B值。威尔逊地块备注3:19.48备注3平均B值（总体，A**2）：27.70备注3总体各向异性B值。备注3 B11（A**2）：空备注3 B22（A**2）：空备注3 B33（A**2）：空备注3 B12（A**2）：空备注3 B13（A**2）：空备注3 B23（A**2）：空备注3备注3估计总体坐标误差。备注3基于R值的ESU（A）：空备注3基于自由R值的ESU（A）：NULL备注3基于最大似然（A）的ESU：0.137备注3基于最大似然的B值ESU（A**2）：空备注3备注3相关系数。备注3相关系数FO-FC：空备注3相关系数FO-FC FREE：空备注3备注3 RMS与理想值的偏差计算RMS权重备注3精炼原子的键长（A）：空；无效的；无效的备注3债券长度其他（A）：空；无效的；无效的备注3精炼原子的键角（度）：空；无效；无效的备注3键角其他（度）：空；无效的；无效的备注3扭转角，周期1（度）：空；无效的；无效的备注3扭转角，周期2（度）：空；无效的；无效的备注3扭转角，周期3（度）：空；无效的；无效的备注3扭转角，周期4（度）：空；无效的；无效的备注3手心约束（A**3）：空；无效的；无效的备注3精炼原子总平面（A）：空；无效的；无效备注3总平面其他（A）：空；无效的；无效备注3非结合接触精炼原子（A）：空；无效的；无效的备注3非粘结触点其他（A）：空；无效的；无效的备注3非键合扭转精炼原子（A）：空；无效的；无效的备注3非粘结扭转其他（A）：空；无效的；无效的备注3-氢键（X…Y）精原子（A）：零；无效的；无效的备注3氢键（X…Y）其他（A）：空；无效的；无效的备注3潜在金属离子精炼原子（A）：空；无效的；无效的备注3潜在金属离子其他（A）：空；无效的；无效的备注3对称VDW精炼原子（A）：空；无效的；无效的备注3对称VDW其他（A）：空；无效的；无效的备注3对称氢键精炼原子（A）：空；无效的；无效的备注3对称氢键其他（A）：空；无效；无效的备注3对称金属离子精炼原子（A）：空；无效；无效的备注3对称金属离子其他（A）：空；无效的；无效的备注3备注3各向异性热因子限制。计算RMS重量备注3主链键精炼原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3主链键其他原子（A**2）：空；无效的；无效备注3主链角精炼原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3其他原子的主链角（A**2）：空；无效的；无效的备注3侧链键精炼原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3侧链键其他原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3精炼原子侧链角（A**2）：空；无效的；无效的备注3其他原子的侧链角（A**2）：空；无效的；无效的备注3长程B精炼原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3长程B其他原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3备注3各向异性热因子约束。计算RMS重量备注3刚性约束（A**2）：空；无效的；无效的备注3球性；自由原子（A**2）：空；无效的；无效的备注3球性；结合原子（A**2）：空；无效的；无效备注3备注3 NCS约束统计备注3不同NCS组的数量：空备注3备注3 TLS详细信息备注3 TLS组数：空备注3备注3散装溶剂建模。备注3使用的方法：扁平散装溶剂模型备注3遮罩计算参数备注3 VDW探头半径：1.11备注3离子探针半径：空备注3收缩半径：0.90备注3备注3其他精炼备注：对于CD9EC2-4E8数据集备注3自动处理和各向异性运行（自动处理-STARANISO）备注3使用了DLS提供的反射数据文件。结构备注3通过使用带有CD9EC2的相位器进行分子替换来解决将3-4C8结构标记为搜索模型。4C8残留物已更换注释3，具有相应的4E8残基和备注3 NANOBODY是手工制作的。当时的结构备注3使用REFMAC5或PHENIX迭代细化，交替使用备注3 COOT中的模型改进。菲尼克斯的最终精炼备注3屈服RWORK/RFREE=15.1/19.0%备注4备注4 6Z1V符合格式V.3.30，2011年7月13日备注100备注100本条目已于20年5月14日由PDBE处理。备注100存款ID为D_1292108720。备注200备注200实验细节备注200实验类型：X射线衍射备注200数据收集日期：2019年8月6日备注200温度（开氏温度）：100备注200 PH:8.0备注200使用的晶体数量：1备注200备注200同步器（是/否）：是备注200辐射源：钻石备注200梁线：I04-1备注200 X射线发生器型号：空备注200单色或LAUE（M/L）：M备注200波长或范围（A）：0.9159备注200单色仪：空备注200光学器件：空备注200备注200探测器类型：像素备注200探测器制造商：DECTRIS PILATUS 6M-F备注200强度集成软件：空备注200数据缩放软件：空备注200备注200独特反射次数：32044备注200分辨率范围高（A）：1.330备注200分辨率范围低（A）：44.720备注200拒绝标准（SIGMA（I））：空备注200总体评论200。备注200范围（%）的完整性：92.0备注200数据冗余：6.400备注200 R合并（I）:0.04000备注200 R SYM（I）：空备注200对于数据集：17.6000备注200在最高分辨率外壳中备注200。备注200最高分辨率外壳，范围高（A）：1.33备注200最高分辨率外壳，范围低（A）:1.44备注200壳体完整性（%）：68.9在外壳中备注200数据冗余：6.10备注200 R壳体合并（I）：0.98000壳体注释200 R SYM（I）：空备注200壳体：1.500备注200备注200衍射协议：单波长备注200用于确定结构的方法：分子替换备注200使用的软件：PHASER备注200启动模型：与纳米体4C8结合的CD9EC2结构备注200备注200备注：3D菱形备注280备注280晶体备注280溶剂含量VS（%）：35.67备注280马修斯系数，VM（安氏**3/DA）：1.91备注280备注280结晶条件：0.2 M醋酸钠，0.1 M TRIS PH备注280 8.0，30%（W/V）PEG 4000用储液罐溶液进行低温保护备注280补充20%（V/V）乙二醇。，蒸汽扩散，备注280吊坠，温度293K备注290备注290晶体对称性备注290空间群的对称算子：P 21 21 2备注290备注290对称性备注290 NNNMMM操作员备注290 1555 X，Y，Z备注290 2555-X、-Y、Z备注290 3555-X+1/2，Y+1/2，-Z备注290 4555 X+1/2，-Y+1/2，-Z备注290备注290，其中NNN->操作员编号备注290 MMM->翻译向量备注290备注290晶体对称变换备注290以下变换作用于原子/混合体在本条目中备注290条记录，以制作结晶备注290个相关分子。备注290 SMTRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注290平方米2 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 2-1.00000000.000000 0.000000 0.00000备注290 SMTRY2 2 0.000000-1.000000.000000 0.00000备注290 SMTRY3 2 0.000000 0.000000 1.0000000.00000备注290 SMTRY1 3-1.00000000.000000 0.000000 30.76050备注290 SMTRY2 3 0.000000 1.000000 0.000000 44.72300备注290 SMTRY3 3 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290 SMTRY1 4 1.000000 0.000000 0.000000 30.76050备注290 SMTRY2 4 0.000000-1.000000.0000044.72300备注290 SMTRY3 4 0.000000 0.000000-1.000000 0.00000备注290备注290备注：空备注300备注300生物分子：1备注300有关作者提供的和/或程序，请参阅备注350备注300中生成的结构装配信息备注300此条目。备注还可能提供有关备注300埋地面积。备注350记下代表已知的完整乘数的350个坐标备注350具有生物学意义的低聚状态备注350应用生物转化可以生成分子记住下面给出的350。非晶体学和备注：给出了350个晶体分析操作。备注350备注350生物分子：1备注350作者确定的生物单位：DIMERIC备注350软件确定的四元结构：DIMERIC备注350使用的软件：PISA备注350总埋地面积：1880安**2备注复合体的350表面积：9930安**2备注350无溶剂能量变化：2.0 KCAL/MOL备注350将以下内容应用于链条：A、B备注350生物1 1.0000000.000000 0.000000 0.00000 0.00000备注350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000备注350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000备注465备注465缺失残留物备注465以下残留物不在备注465实验。（M=型号；RES=剩余名称；C=链条备注465标识符；SSSEQ=序列号；I=插入代码。）备注465备注465 M RES C SSSEQI备注465 ALA 192备注465 ALA 193备注465 ALA 194备注465 HIS A 195备注465 HIS A 196备注465 HIS A 197备注465 HIS A 198备注465 HIS A 199备注465 HIS A 200备注465 HIS B 124备注465 GLY B 125备注465用户B 126备注465 GLY B 127备注465 LEU B 128备注465 VAL B 129备注465 PRO B 130备注465 ARG B 131备注465 GLY B 132备注465 SER B 133备注465 GLY B 134备注465 GLY B 135备注465 GLY B 136备注465 HIS B 137备注465 HIS B 138备注465 HIS B 139备注465 HIS B 140备注465 HIS B 141备注465他的B 142备注470备注470缺少原子备注470以下残留物缺少原子（M=型号；备注470 RES=剩余名称；C=链标识符；SSEQ=序列号；备注470 I=插入代码）：备注470 M RES CSSEQI ATOMS备注470 LYS A 119 CG CD CE NZ备注470 LYS A 135 CG CD CE NZ备注470 GLU A 141 CG CD OE1 OE2备注470 ARG B 27 CG CD NE CZ NH1 NH2备注470 GLU B 44 CG CD OE1 OE2备注500评论500几何学和立体化学备注500主题：扭转角备注500在预期的拉马钱德兰区域外标注500个扭转角：备注500（M=型号；RES=剩余名称；C=链标识符；备注500 SSEQ=序列号；I=插入代码）。备注500备注500标准表：备注500格式：（10X，I3,1X，A3,1X，A1，I4，A1,4X，F7.2,3X，F7.2）备注500备注500个预期值：GJ KLEYWEGT和TA JONES（1996）。PHI/PSI-记下500首合唱：拉马钱德朗重审。结构4，1395-1400备注500备注500 M RES CSSEQI PSI PHI备注500 LYS A 135 26.08 84.46备注500 CYS A 153 118.04-160.25备注500 VAL A 172-68.32-121.90备注500 ALA B 92 166.60 179.23备注500备注500备注：空备注800备注800站点备注800站点标识符：AC1备注800证据_代码：软件备注800位置_描述：残余PGE A 301的结合位置备注800备注800站点标识符：AC2备注800证据_代码：软件备注800位置_描述：残留物EDO B 201的结合位置备注800备注800站点标识符：AC3备注800证据_代码：软件备注800位置_描述：残留ACY B 202的结合位置备注900备注900个相关条目备注900相关ID:6RLR相关DB:PDB请记住CD9的EC2域的900结构，没有纳米体的束缚，这是备注900结构先前已上传至PDBDBREF 6Z1V A 114 191 UNP P21926 CD9_HUMAN 114 191DBREF 6Z1V B 1 142 PDB 6Z1V 6Z1V1 142SEQADV 6Z1V GLY A 112 UNP P21926表达标签SEQADV 6Z1V SER A 113 UNP P21926表达标签SEQADV 6Z1V ALA A 192unp P21926表达标签SEQADV 6Z1V ALA A 193 UNP P21926表达标签SEQADV 6Z1V ALA A 194 UNP P21926表达标签SEQADV 6Z1V HIS A 195 UNP P21926表达标签SEQADV 6Z1V HIS A 196 UNP P21926表达标签SEQADV 6Z1V HIS A 197 UNP P21926表达标签SEQADV 6Z1V HIS A 198 UNP P21926表达标签SEQADV 6Z1V HIS A 199 UNP P21926表达标签SEQADV 6Z1V HIS A 200 UNP P21926表达标签序列1 A 89 GLY SER LYS ASP GLU VAL ILE LYS GLU VAL GLN GLU PHE序列2 A 89轮胎LYS ASP THR TYR ASN LYS LEU LYS THR LYS ASP GLU序列3 A 89 PRO GLN ARG GLU THR LEU LYS ALA ILE HIS TYR ALA LEU序列4 A 89 ASN CYS CYS GLY LEU ALA GLY VAL GLU GLN PHEILE序列5 A 89 SER ASP ILE CYS PRO LYS ASP VAL LEU GLU THR PHE序列6 A 89 THR VAL LYS SER CYS PRO ASP ALA ILE LYS GLU VAL PHE序列7一个89 ASP ASN ALA ALA ALA-HIS HIS HIS-HIS-HIS序列1 B 142 GLU VAL GLN LEU VAL GLU SER GLY GLY ARG LEU VAL ARG序列2 B 142 THR GLY GLY SER LEU ARG LEU SER CYS ALA ALA SER GLY序列3 B 142 ARG THR PHE SER ASN TYR VAL MET GLY TRP PHE ARG GLN序列4 B 142 ALA PRO GLY LYS GLU ARG GLU VAL ALA ALA ILE THR序列5 B 142 TRP SER GLY ASP ILE THR TRP HIS ALA ASP PHE VAL LYS序列6 B 142 GLY ARG PHE THRLE SER ARG ASP ASN ALA LYS ASN THR序列7 B 142 VAL TYR LEU GLN MET ASN SER LEU LYS PRO GLU ASP THR序列8 B 142 ALA VAL TYR CYS ALA ALA THR GLU ARG TRP GLY LEU序列9 B 142 ARG ALA PRO ALA ASP TRP GLY SER TRP GLY GLN GLY THR序列10 B 142 GLN VAL THR VAL SER SER HIS GLY SER GLY LEU VAL PRO序列11 B 142 ARG GLY SER GLY GLY GLYY HIS HIS HIS-HISHET PGE甲301 24HET EDO B 201 10HET ACY B 202 7号机组HETNAM PGE三乙烯二醇HETNAM EDO 1,2-乙二醇HETNAM ACY乙酸HETSYN EDO乙二醇配方3 PGE C6 H14 O4配方4 EDO C2 H6 O2配方5 ACY C2 H4 O2配方6 HOH*134（H2 O）螺旋1 AA1 sera 113 THR A 134 1 22螺旋2 AA2 LYS A 135 PRO A 138 5 4螺旋3 AA3 GLN A 139 ASN A 151 1 13螺旋4 AA4 GLU A 160 CYS A 167 5 8螺旋5 AA5 VAL A 172 PHE A 176 5 5螺旋6 AA6 SER A 180 ASN A 191 1 12螺旋7 AA7 THR B 28 TYR B 32 5 5螺旋8 AA8 LYS B 87 THR B 91 5 5螺旋9 AA9 ALA B 106 TRP B 110 5 5表1 AA1 4 LEU B 4 SER B 7 0表2 AA1 4 LEU B 18 ALA B 24-1 O SER B 21 N SER B 7表3 AA1 4 THR B 78 MET B 83-1 O MET B 83N LEU B 18表4 AA1 4 PHE B 68 ASP B 73-1 N THR B 69 O GLN B 82表1 AA2 6 LEU B 11 ARG B 13 0表2 AA2 6 THR B 117 SER B 122 1 O THR B 120 N VAL B 12表3 AA2 6 ALA B 92 THR B 99-1 N ALA B 92O VAL B 119表4 AA2 6 VAL B 33 GLN B 39-1 N VAL B 33 O THR B 99表5 AA2 6 GLU B 46 ILE B 51-1 O VAL B 48 N TRP B 36表6 AA2 6 THR B 58 HIS B 60-1 O TRP B 59 N ALA B 50表1 AA3 4 LEU B 11 ARG B 13 0表2 AA3 4 THR B 117 SER B 122 1 O THR B 120 N VAL B 12表3 AA3 4 ALA B 92 THR B 99-1 N ALA B 92O VAL B 119表4 AA3 4 SER B 112 TRP B 113-1 O SER B 112N ALA B 98SSBOND 1 CYS A 152 CYS B 181 1555 1555 2.09担保SSBOND 2 CYS A 153 CYS A167 1555 1555 2.03担保SSBOND 3 CYS B 22 CYS B96 1555 1555 2.04担保站点1 AC1 7 GLY A 112 GLU A 120 PHE A 124 ASP A 127站点2 AC1 7 THR A 128 LYS A 131 GLN A 139站点1 AC2 4 SER A 164 THR B 52 ASP B 56 HOH B 301现场1 AC3 4 ARG B 10 LEU B 11 GLN B 118 THR B 120晶体1 61.521 89.446 35.684 90.00 90.00 90.00P 21 21 2 4原始X1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 0.00000ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 0.00000ORIGX3 0.000000 0.000000 1.0000000.00000比例尺1 0.016255 0.000000 0.000000 0.00000比例尺2 0.000000 0.011180 0.000000 0.00000比例尺3 0.000000 0.000000 0.028024 0.00000