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得到许可的 未经许可 需要身份验证 发布人:德古意特出版社 2004年2月12日

评估微阵列实验中差异表达的线性模型和经验Bayes方法

  • 戈登·史密斯

考虑了在设计的微阵列实验中识别差异表达基因的问题。Lonnstedt和Speed(2002)使用简单的层次参数模型,在重复的双色实验中导出了差异表达后验概率的表达式。本文的目的是将Lonnstedt和Speed(2002)的层次模型发展为一种实用的方法,用于具有任意数量处理和RNA样本的通用微阵列实验。该模型在具有任意系数和对比度的一般线性模型的背景下重置。该方法同样适用于单通道和双色微阵列实验。对于模型中的超参数,导出了一致的闭式估计。提出的估计器即使对少量阵列也具有稳健的行为,并允许点滤波或点质量权重产生的不完整数据。后验优势统计量是根据调节t统计量重新表述的,其中使用后验残差标准差代替普通标准差。经验贝叶斯方法相当于将估计的样本方差收缩为集合估计,从而在数组数量较少时产生更稳定的推断。与后验概率相比,使用适度t统计量的优势在于减少了需要估计的超参数数量;特别地,不需要关于折叠变化的非零先验的知识。慢化t-统计量显示为服从具有增加自由度的t-分布。适度推理方法通过使用适度F-统计量扩展了对复合零假设的检验。仿真研究证明了这些方法的性能。给出了两个公开可用数据集的结果。

在线发布:2004-2-12

©2011 Walter de Gruyter GmbH&Co.KG,柏林/波士顿

于4.6.2024从下载https://www.degruyter.com/document/doi/10.2202/1544-6115.1027/html
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