欢迎来到DateLife项目。它是一种利用已发布的年表信息(理想情况下是基于可靠的其他信息,如化石校准)获取年表(树枝长度与时间成比例的树木)的服务。它可以从分类群列表或输入系统发生学中实现这一点。请注意,这种方法是较差的使用您自己的原始序列或树和仔细检查的校准点进行彻底分析,理想情况下具有适当的不确定性:这可以使用BEAST、r8s、RevBayes、treePL、PATHd8等工具来完成。然而,DateLife对于满足金标准不可行(可以说对于某些科学研究而言)或过度杀伤力(例如,在基于野外的分类学课程中,对学生的样本所代表的时间量而不是家庭数量进行学分)的情况是有用的。DateLife有多个组件,所有组件都是开放的:
  • R包,日期期限进行计算。如果你是一个R用户,这可能是一种方式。可以先从CRAN安装devtools包,然后执行devtools::install_github(“phylotastic/datelife”)来安装它。
  • 当前网站:转到在这里进行查询。
  • 使用API程序从其他工具调用此服务。

DateLife是许多工作的受益者:
  • 已故的国家进化综合中心(NESCent)赞助了黑客马拉松,为该项目开展了初步工作。
  • Open Tree of Life项目,提供用于DateLife的树的开放、元数据丰富的存储库。
  • 许多科学家以开放、可重复使用的形式发布了他们的年表,还有一些科学家将其保存在OpenTree中。
  • rotl、ape和geiger包用于收集、处理和呈现信息。
  • 美国国家科学基金会(NSF)除了为该项目本身提供资金的ABI拨款外,还资助了几乎所有上述项目。
  • RStudio的Shiny Server和闪亮的打包开放基础设施。
  • 码头工人。


请注意,源代码位于https://github.com/phyrotastic/datelife网站(具有此功能的R包),https://github.com/phylotastic/datelifeweb(生成网页的包),以及https://github.com/phylotastic/datelifedocker网站(创建图像的docker文件)。


DateLife是由NSF资助的Phylotastic项目的一部分。它使用来自Open Tree of Life项目、rOpenSci和TreeBase的资源。请帮忙添加树到OpenTree的数据库![他们可以是你的或其他人的]