singleCellTK包中的单细胞工具包（SCTK）为导入、质量控制、分析和可视化单细胞RNA-seq数据的流行工具提供了一个接口。SCTK允许用户在分析工作流的不同阶段无缝集成来自不同包的工具。通用的“点菜式”工作流使用户能够使用多种方法进行数据导入、计算通用质量控制指标、双重检测、环境RNA估计和去除、过滤、归一化、批量校正或集成、降维、二维嵌入、聚类、标记检测、，差异表达、细胞类型标记、通路分析和数据导出。固化的工作流可用于运行Seurat和Celda。可以使用SCTK-QC管道在命令行上执行简化的质量控制。用户可以使用R控制台中的命令或使用交互式闪亮图形用户界面（GUI）分析其数据。可以总结特定分析或整个工作流，并与Rmarkdown生成的全面HTML报告共享。