depmap（深度映射）
癌症依赖性地图数据包
生物导体版本：释放（3.19）
depmap包是一个数据包，它使用ExperimentHub访问来自Broad Institute depmap癌症依赖性研究的数据集。可获得最新版本的数据集，包括RNAI和CRISPR-Cas9基因敲除筛查，以量化选定癌症细胞系的遗传依赖性。此外，还提供了与所选细胞系基因对数拷贝数、通过反相蛋白裂解物微阵列（RPPA）测量的细胞系蛋白表达、“百万分之转录本”（TPM）数据、，以及包含元数据和对当前版本中发现的其他数据集的突变调用的补充数据集。19Q3版本增加了药物依赖性数据集，其中包含与药物和药物候选化合物有关的癌症细胞系依赖性数据。20Q2版本增加了蛋白质组数据集，其中包含通过质谱法对蛋白质进行定量分析。该软件包将每季度更新一次，以纳入最新的Broad Institute DepMap公共癌症依赖性数据集。本包中提供的所有数据均由Broad Institute DepMap生成，用于研究目的，不用于临床。该数据根据知识共享许可（Attribution 4.0 International（CC BY 4.0））进行分发。
作者：劳伦特·加托[cre，aut]
，西奥·基利安[aut]
维护人员：劳伦特·加托在uclouvane.be>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“depmap”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“depmap”）
细节
| 生物视图 |
分析域数据,乳腺癌数据,CancerData（取消数据）,细胞培养,结肠癌数据,复制编号变化数据,疾病模型,实验数据,实验中心,基因组,人乳头数据,肾癌数据,白血病癌数据,肺癌数据,组织数据,卵巢癌数据,包类型数据,前列腺癌数据,蛋白质组,存储库数据,可再现性研究,样本来源,干细胞,组织 |
| 版本 |
1.18.0 |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=3.6），方法，数字播放器 |
| 进口 |
实用程序，实验中心,批注中心,生物文件缓存,高温气冷堆2,卷曲,易怒的 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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查看更多
| 建议 |
针织物,rmarkdown公司,仿生风格,翡翠色,额外网格,ggplot2,读数器,字符串,潮韵诗,魔法 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
CBN图,MAGECK稀释液 |
| 建议我 |
CRISPR球,桅杆R,BioPlex公司 |
| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
