管理的TCGA数据

来自癌症基因组图谱（TCGA）的治愈数据作为多分析实验对象

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包提供了来自癌症基因组图谱（TCGA）的公开数据，作为MultiAssayExperiment对象。MultiAssayExperiment将多种分析（如RNA-seq、拷贝数、突变、microRNA、蛋白质等）与临床/病理数据相结合。它还将分析条形码与患者标识符链接起来，从而在整个多器官实验中实现行（特征）和列（患者/样本）的协调子设置。

作者：马塞尔·拉莫斯李维·沃尔德龙、卢卡斯·希弗、路德维希·盖斯林格、瓦莱丽·奥本钦、马丁·摩根

维护人员：马塞尔·拉莫斯<Marcel.Ramos at roswellpark.org>

引文（从R中输入引文（“策划的TCGAData”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“管理TCGAData”）

对于旧版本的R，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“策划的TCGAData”）

管理的TCGA数据	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	CancerData（取消数据）,实验数据,实验中心,人乳头数据,可复制研究
版本	1.26.0
许可证	艺术-2.0
取决于	多重分析实验
进口	批注中心,实验中心,HDF5阵列、方法、，S4载体，统计，总结性实验，实用程序
系统要求
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/waldronlab/curatedTCGA数据/问题

建议	仿生风格,针织物,破烂实验,阅读器,rmarkdown公司,TCGAutils公司,测试那个
链接到
增强功能
取决于我
导入我	阿马雷托,生物OncoTK
建议我	CNV愤怒,dce公司,glmParseNet,净Dx,TCGAutils公司
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	管理的TCGA数据_1.26.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/curedTCGA数据
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/管理的TCGAData
包短Url	https://bioconductor.org/packages/curedTCGA数据/
软件包下载报告	下载统计信息