NestLink公司

NestLink是一个R数据包，用于指导结合蛋白集合的深度分析工程肽条形码

生物导体版本：释放（3.19）

提供用于开发NestLink的下一代测序（NGS）和质谱（MS）样本数据、代码片段和复制材料。NestLink方法是一种蛋白质结合物选择和识别技术，能够一次对数千个库成员进行生物物理特征描述，而无需在过程的任何阶段处理单个克隆。数据是在苏黎世功能基因组中心的NGS和MS平台上获得的。

作者：帕斯卡·埃格洛夫，伊万·齐默尔曼、费边·阿诺德（Fabian M.Arnold）[ctb]、塞德里克·哈特（Cedric A.J.Hutter）[ctb]，伦纳特·奥皮茨[aut，cre]，露西·波维达，Hans-Anton Keserue[ctb]，Christian Panse[aut，ctb]，Bernd Roschitzki[作者]，马库斯·西格[aut]

维护人员：伦纳特·奥皮茨（Lennart Opitz）

引文（从R中输入引文（“NestLink”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“NestLink”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“NestLink”）

0.模拟飞行代码属性。	HTML格式	R脚本
1.通过NGS过滤连接高质量的飞码和纳米体序列。	HTML格式	R脚本
2.使用ESP和SSRC预测分析飞行代码的可检测性	HTML格式	R脚本
3.使用F255744比较预测和观察到的飞码憎水性值。	HTML格式	R脚本
4.通过飞码评估蛋白质检测鲁棒性的控制实验（NMETH-A35040补充注释1）。	HTML格式	R脚本
5.制造数据	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	实验数据,实验中心,质谱数据,可复制研究,排序数据
版本	1.20.0
许可证	GPL公司
取决于	R（>=3.6），批注中心(>= 2.15),实验中心(>= 1.0),生物串(>= 2.51),gplot公司(>= 3.0),保护Viz(>= 0.4),ShortRead（短阅读）(>= 1.41)
进口	gr设备、图形、统计、实用程序
系统要求
统一资源定位地址

建议	仿生风格(>= 2.2),DT公司,ggplot2,针织物,rmarkdown公司,测试那个,规格,晶格,规模
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	雀巢链接_1.20.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NestLink网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/NestLink
包短Url	https://bioconductor.org/packages/NestLink网站/
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