排除物

问题基因组区域的基因组坐标


生物导体版本:释放(3.19)

处理基因组数据时应避免的有问题基因组区域的基因组坐标。G排除区域(以前称为黑名单)、着丝粒、端粒、已知异染色质区域等的范围(UCSC“间隙”表数据)。主要用于人类和小鼠基因组,hg19/hg38和mm9/mm10基因组组装。

作者:米哈伊尔·多兹莫罗夫[aut,cre]、埃里克·戴维斯[aut]、万岑·穆[aut'、斯图亚特·李[aut]:Tim Triche[aut:]、道格拉斯·彭斯蒂尔[aut:]、迈克尔·洛夫[aut[aut]

维护人员:米哈伊尔·多兹莫罗夫(Mikhail Dozmorov)

引文(从R中输入引用(“排除项”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“excluderanges”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“不包括”)
排除物 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 注释数据,批注中心,功能注释,基因组序列
版本 0.99.8
许可证 MIT+文件许可证
取决于 基因组范围
进口
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/dozmorovlab/excluderanges网站
Bug报告 https://github.com/dozmorovlab/excluderanges/issues网站
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程序包档案

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源程序包 除外条款_0.99.8.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
包短Url https://bioconductor.org/packages/excluderanges网站/
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