AHWikipathways数据库

与WikiPathways通路相关的代谢产物（用于AnnotationHub）

生物导体版本：释放（3.19）

该软件包提供了与Wikipaths路径链接的代谢物的综合映射表。这些表格包括HMDB、KEGG、ChEBI、Drugbank、PubChem化合物、ChemSpider、KNApSAcK和Wikidata ID以及CAS和InChIKey。表中列出了25个物种中的每一个物种（“冈比亚按蚊”、“拟南芥”、“枯草芽孢杆菌”、“牛牛”、“秀丽隐杆线虫”、“家犬”、“斑马鱼”、“黑腹果蝇”、“野马”、“大肠埃希菌”、“五倍子”、“赤霉素”、“智人”、“普通大麦”、“小家鼠”、“结核分枝杆菌”、“水稻”、“泛恙螨”、“恶性疟原虫”、“毛白杨”、“褐家鼠”、“酿酒酵母”、“番茄茄”、“苏斯克罗法”、“玉米”）。这些表格信息可用于代谢物集富集分析。

作者：西田科佐[aut，cre]

维护人员：西田科佐（Kozo Nishida）<Kozo.Nishida at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“AHWikipathwaysDbs”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“AHWikipathwaysDbs”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“AHWikipathwaysDbs”）

为AnnotationHub提供WikipathwaysDb数据库	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	注释数据,批注中心,自定义DBSchema,功能注释
版本	0.99.4
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.1.0）
进口	批注中心(>= 2.23.0)
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/kozo2/AHWikipathwaysDbs

建议	生物风格,马格里特,数字播放器,易怒的,针织物,rmarkdown公司
链接到
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取决于我
导入我
建议我
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	AHWiki路径Dbs_0.99.4.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）
macOS二进制（arm64）
包短Url	https://bioconductor.org/packages/AHWikipathwaysDbs/
软件包下载报告	下载统计信息