xcms公司

LC-MS和GC-MS数据分析


生物导体版本:释放(3.19)

色谱分离和单光谱质谱数据的处理和可视化框架。从AIA/ANDI NetCDF、mzXML、mzData和mzML文件导入。预处理数据以进行高通量、非目标分析物分析。

作者:Colin A.Smith[aut]、Ralf Tautenhahn[aut'、Steffen Neumann[aut、cre]、保罗·本顿(aut)、克里斯托弗·康利(Christopher Conley)、约翰·雷纳(Johannes Rainer)、迈克尔·威廷[ctb]、威廉·库勒[aut],菲律宾路易[aut],巴勃罗·范根德胡森,卡尔·布鲁纽斯

维护人员:Steffen Neumann在ipb-halle.de>

引文(从R中输入引文(“xcms”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“xcms”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“xcms”)
使用xcms对FTICR-MS数据分组 HTML格式 R脚本
LC-MS数据预处理与xcms分析 HTML格式 R脚本
LC-MS特征分组 HTML格式 R脚本
使用xcms进行LC-MS/MS数据分析 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 免疫肿瘤学,质谱学,代谢组学,软件
版本 4.2.3
在生物导体中 BioC 1.6(R-2.1)或更早(>19.5年)
许可证 GPL(>=2)+文件许可证
取决于 R(>=4.0.0),生物并行(>= 1.8.0)
进口 MSn碱基(>= 2.29.3),毫兹罗(>=2.25.3),方法,博科生物,生物遗传学,ProtGenerics公司(>= 1.35.4),晶格,MassSpec小波(>= 1.66.0),S4载体,I范围,总结性实验,MsCoreUtils(MsCore实用程序)(>= 1.15.5),消息功能,理学硕士实验(>= 1.5.4),光谱(>= 1.13.7),进步,jsonlite公司,R彩色啤酒,MetaboCoreUtils(元核心实用程序)(>= 1.11.2)
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/sneumann/xcms
错误报告 https://github.com/sneumann/xcms/issues/new
查看更多
建议 仿生风格,ca工具,针织物(>= 1.1.0),法亚科,msdata(msdata)(>= 0.25.1),网络数据流4,测试那个(>= 3.1.9),迎合,rmarkdown公司,MALDIquant公司,情势图,RANN公司,multtest公司,消息后端管理,信号,mgcv公司
链接到
增强功能 Rgraphviz公司,rgl公司
取决于我 摄像机,旗子,首次公开募股,龙虾,元MS,ncGTW公司,法亚科,PtH2O2脂质
导入我 摄像机,小集团MS,科斯密克
建议我 俱乐部ID,ms纯度,R银行,msdata(msdata),mtbls2型,蛋白质组学研究,校正过载峰值,环境GCMS,isatabr公司,LCMSQA公司,代谢组学基础,RAMClustR公司
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 xcms_4.2.3.tar.gz码
Windows二进制 xcms_4.2.3.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) xcms_4.2.1.tgz
macOS二进制(arm64)
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcms
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/xcms
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/xcms/
包短Url https://bioconductor.org/packages/xcms/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包 源存档