wavClusteR（波浪俱乐部）
PAR-CLIP数据中RNA-蛋白相互作用位点的敏感和高分辨率识别
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包为分析PAR-CLIP数据提供了一条集成的管道。首先通过非参数混合模型将PAR-CLIP诱导的跃迁与测序错误、SNP和其他非周边源区分开来。然后以高分辨率解析蛋白质结合位点（簇），并使用严格的贝叶斯框架估计簇统计。提供结果的后处理、UCSC基因组浏览器可视化的数据导出和模体搜索分析。此外，该软件包允许集成RNA-Seq数据来估计集群检测的错误发现率。关键功能支持并行多核计算。注：虽然wavClusteR是为PAR-CLIP数据分析而设计的，但它可以应用于分析从诱导核苷酸替换的实验程序中获得的其他NGS数据（例如BisSeq）。
作者：费德里科·科莫利奥（Federico Comoglio）和杰姆·西弗斯（Cem Sievers）
维护人员：费德里科·科莫格里奥（Federico Comoglio）<Federico.Comoglio at gmail.com>
引文（从R中输入引文（“wavClusteR”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）生物管理器：：安装（“wavClusteR”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“wavClusteR”）
细节
| 生物视图 |
贝叶斯主义者,免疫肿瘤学,RIPSeq（RIPSeq）,RNA序列,排序,软件,技术 |
| 版本 |
2.38.0 |
| 在生物导体中 |
BioC 3.0（R-3.1）（9.5年） |
| 许可证 |
GPL-2型 |
| 取决于 |
R（>=3.2），基因组范围(>= 1.31.8),Rsamtools软件 |
| 进口 |
方法，生物遗传学,S4载体(>= 0.17.25),I范围(>= 2.13.12),生物串(>= 2.47.6),foreach公司,基因组特征(>= 1.31.3),ggplot2,Hmisc公司,麦克卢斯特,rtracklayer公司(>= 1.39.7),顺序,字符串 |
| 系统要求 |
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| 统一资源定位地址 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
