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基因集富集分析的标记文本

生物导体版本：释放（3.19）

基因集富集分析（GSEA）等功能富集分析方法已广泛应用于基因表达数据的分析。GSEA是一种强大的方法，通过计算预定义基因集的富集分数，在基因集级别推断基因表达数据的结果。GSEA取决于基因集的可用性和准确性。基因集或类别的术语之间存在重叠，因为单个生物过程可能存在多个术语，因此可能导致丰富术语中的冗余。换句话说，相关术语集是重叠的。使用深度学习，该包旨在预测基因集名称中文本中唯一标记或单词的富集分数，以解决这一重叠集问题。此外，我们可以通过组合代币来创造一个新的术语，并通过预测这种组合代币找到其丰富分数。

作者：郑东敏[cre，aut]

维护人员：郑东敏（Dongmin Jung）<dmdmjung at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“ttgsea”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“ttgsea”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignette（“ttgsea”）

ttgsea公司	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	基因表达式,GeneSet扩展,软件
版本	1.12.0
在生物导体中	生物化学3.13（R-4.1）（3年）
许可证	艺术-2.0
取决于	珊瑚礁
进口	tm（tm）,文本2vec,标记器,文本阀杆,关键词,数据表,呜呜声,图R，统计信息
系统要求
统一资源定位地址

建议	fgsea公司,针织物,测试那个,网状的,rmarkdown公司
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导入我	深PINCS,GenProSeq软件
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生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	ttgsea_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	ttgsea_1.12.0.zip文件
macOS二进制（x86_64）	ttgsea_1.12.0.tgz号
macOS二进制（arm64）	ttgsea_1.12.0.tgz号
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ttgsea网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/ttgsea（包/ttgsea）
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ttgsea网址/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/ttgsea网站/
软件包下载报告	下载统计信息