tidy总结实验

将总结实验引入潮汐宇宙


生物导体版本:释放(3.19)

tidySummarizedExperiment包提供了一组工具,用于创建和操作SummarigedExperience对象的整洁数据表示。摘要实验是生物信息学中广泛使用的一种数据结构,用于存储高通量基因组数据,如基因表达或DNA测序数据。tidySummarizedExperiment包引入了一个整洁的框架,用于处理SummariedExperience对象。它允许用户将数据转换为整洁的格式,其中每个观察值是一行,每个变量是一列。这种整洁的表示简化了数据操作,与其他tidyverse包集成,并能够与更广泛的整洁工具生态系统无缝集成,用于数据分析。

作者:斯特凡诺·曼吉奥拉[aut,cre]

维护人员:Stefano Mangiola<mangiolastefano at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“tidySummarizedExperiment”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“tidySummarizedExperiment”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignets(“tidySummarizedExperiment”)
tidySummarizedExperiment包概述 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式

细节

生物视图 分析域,群集,差异表达式,基因表达式,基础设施,规范化,质量控制,RNA序列,排序,软件,转录,转录组学
版本 1.14.0
在生物导体中 生物柴油3.12(R-4.0)(4年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.3.0),总结性实验,tt服务(>= 0.4.0)
进口 数字播放器,易怒的(>= 3.0.4),马格里特,第三年,ggplot2,爱尔兰航空公司,呜呜声,生命周期、方法、实用程序,S4载体,潮汐选择,省略,录像机,支柱,字符串,克莱,范西,统计,pkg配置
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/stemangiola/tidy总结实验
Bug报告 https://github.com/stemangiola/tidySummarizedExperiment/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 tidy总结实验_1.14.0.tar.gz
Windows二进制 tidySummared实验_1.14.0.zip
macOS二进制(x86_64) tidy总结实验_1.14.0.tgz
macOS二进制(arm64) tidy总结实验_1.14.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tidySummary实验
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tidy摘要实验
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/tidySummarized实验/
包短Url https://bioconductor.org/packages/tidySummarized实验/
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