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terraTCGA数据

Terra上的OpenAccess TCGA数据作为多分析实验


生物导体版本:释放(3.19)

利用Terra上现有的开放存取TCGA数据和完善的Bioconductor基础设施。在不了解其复杂性的情况下利用Terra数据模型。通过一些功能,您可以从Terra提供的TCGA示例工作区复制/下载并生成MultiAssayExperiment。

作者:马塞尔·拉莫斯[aut,cre]

维护人员:马塞尔·拉莫斯<Marcel.Ramos at roswellpark.org>

引文(从R中输入引文(“terraTCGAdata”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“terraTCGAdata”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignette(“地形TCGAdata”)
获取Terra TCGA数据作为MultiAssayExperiment HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 数据导入,基础设施,软件
版本 1.8.0
在生物导体中 生物柴油3.15(R-4.2)(2年)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=4.2.0),AnVIL公司,多重分析实验
进口 生物文件缓存,数字播放器,基因组范围、方法、,破烂实验,读数器,S4载体,统计,第三年,TCGAutils公司,实用程序
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/waldronlab/terraTCGA数据
错误报告 https://github.com/waldronlab/terraTCGA数据/问题
查看更多
建议 针织物,rmarkdown公司,仿生风格,用r,测试那个(>= 3.0.0)
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 terraTCGA数据_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 terraTCGA数据_1.8.0.zip
macOS二进制(x86_64) terraTCGA数据_1.8.0.tgz
macOS二进制(arm64) terraTCGA数据_1.8.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/terraTCGA数据
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/terraTCGA数据
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/terraTCGA数据/
包短Url https://bioconductor.org/packages/terraTCGA数据/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包 源存档