st连接计数

stJoincount—用于量化簇之间空间相关性的连接计数统计

生物导体版本：释放（3.19）

stJoincount有助于将连接计数分析应用于10x Genomics Visium平台生成的空间转录组数据。该工具首先将带标签的空间组织地图转换为光栅对象，其中每个空间特征由标签分配编码的像素表示。该过程包括自动计算样品的最佳光栅分辨率和范围。然后从光栅化采样中创建邻域列表，其中标识每个像素的相邻邻域和对角邻域。将二进制空间权重添加到相邻列表后，将执行多类别连接计数分析，以将所有可能的标签对组合之间的“连接”制成表格。该函数返回观察到的连接计数、空间随机性条件下的预期计数以及非自由采样下计算的方差。然后，将z分数计算为观察计数与预期计数之间的差值除以方差的平方根。

作者：宋佳蓉[cre，aut]，拉妮娅·巴西奥尼[aut]，大卫·克雷格[aut'

维护人员：宋嘉荣<宋嘉儿在usc.edu>

引文（从R中输入引文（“stJoincount”）)以下为：

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“stJoincount”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“stJoincount”）

stJoincount简介	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	生物视图,群集,软件,空间,转录组学
版本	1.6.0
在生物导体中	生物柴油3.16（R-4.2）（1.5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=4.2.0）
进口	图形、统计、，数字播放器,马格里特,服务提供商,光栅,spdep公司,ggplot2,情势图，gr设备，修拉,空间实验,总结性实验
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/Nina-Song/stJoincount网站

建议	仿生风格,针织者,rmarkdown公司,测试那个(>= 3.0.0)
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	st加入计数_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	stJoincount_1.6.0.zip
macOS二进制（x86_64）	stJoincount_1.6.0.tgz
macOS二进制（arm64）	stJoincount_1.6.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/stJoincount网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/stJoincount
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/stJoincount网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/stJoincount网站/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档