回转

单细胞RNA-Seq数据的因子潜在变量建模


生物导体版本:释放(3.19)

回旋是单细胞RNA-seq数据的可扩展建模框架,使用基因集注释剖析单细胞转录组异质性,从而识别细胞间变异的生物驱动因素和模型混淆因素。该方法使用贝叶斯因子分析和潜在变量模型来识别解释单细胞RNA-seq数据集中变异的活性途径(由用户选择,例如KEGG途径)。这是f-scLVM Python包的R/C++实现。请参阅描述该方法的出版物https://doi.org/10.1186/s13059-017-1334-8。

作者:Florian Buettner[aut]、Naruemon Pratanwanich[aut]、Davis McCarthy[aut,cre]、John Marioni[aut)、Oliver Stegle[aut

维护人员:戴维斯·麦卡锡(Davis McCarthy)

引文(从R中输入引文(“障碍赛”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“回转”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

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新闻 文本

细节

生物视图 尺寸缩减,基因表达式,免疫肿瘤学,KEGG公司,规范化,RNA序列,反应途径,排序,单个单元格,软件,转录组学,可视化
版本 1.26.0
在生物导体中 生物技术3.6(R-3.4)(7年)
许可证 GPL-2型
取决于 R(>=4.0)
进口 卢比(>= 0.12.8),RcppArmadillo公司,伯克希尔哈撒韦,ggplot2,网格,GSEA基地、方法、,rsvd公司,单细胞实验,总结性实验,统计信息
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程序包档案

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源程序包 回转_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 slalom_1.26.0.zip
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slalom网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:套餐/回转
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/slalom/
包短Url https://bioconductor.org/packages/slalom网站/
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