站点路径

基于系统发育的位点多态性序列聚类

生物导体版本：释放（3.19）

使用位点多态性是聚类DNA/蛋白质序列的方法之一，但在单个位点上具有相同多态性的序列可能存在遗传距离。该软件包旨在使用位点多态性及其相应的系统发育树对序列进行聚类。通过考虑它们在树上的位置，只对结构上相邻的序列进行聚类。然而，相邻序列可能不一定具有相同的多态性。因此，我们使用一种类似分枝定界的算法来最小化代表每个簇的站点多态性纯度的熵。

作者：Ji Chengyang[aut，cre，cph]程阳（音译）、周航、吴爱平

维护人员：Ji Chengyang Ji校友会

引文（从R中输入引文（“sitePath”）)以下为：

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“sitePath”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“站点路径”）

sitePath简介	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	对齐,多序列对齐,系统发育学,SNP公司,软件
版本	1.20.0
在生物导体中	生物C 3.9（R-3.6）（5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=4.1）
进口	RColorBrewer、Rcpp、ape、aplot、ggplot2、ggresert、，ggtree（ggtree），图形，grDevices，gridExtra，methods，parallel，seqinr，stats，tidytree，utils
系统要求
统一资源定位地址	https://wuaipinglab.github.io/site网站路径/
错误报告	https://github.com/wuaipinglab/sitePath/issues

建议	仿生风格、devtools、knitr、magick、rmarkdown、testhat
链接到	卢比
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	站点路径_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	站点路径_1.20.0.zip
macOS二进制（x86_64）	站点路径_1.20.0.tgz
macOS二进制（arm64）	站点路径_1.20.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sitePath
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/站点路径
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sitePath网站路径/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/sitePath/
软件包下载报告	下载统计信息