单细胞TK
单细胞RNA-Seq数据的综合交互分析
生物导体版本：释放（3.19）
singleCellTK包中的单细胞工具包（SCTK）为导入、质量控制、分析和可视化单细胞RNA-seq数据的流行工具提供了一个接口。SCTK允许用户在分析工作流程的不同阶段无缝集成来自不同包的工具。通用的“点菜式”工作流使用户能够使用多种方法进行数据导入、计算通用质量控制指标、双重检测、环境RNA估计和去除、过滤、归一化、批量校正或集成、降维、二维嵌入、聚类、标记检测、差异表达、，细胞类型标记、通路分析和数据导出。固化的工作流可用于运行Seurat和Celda。可以使用SCTK-QC管道在命令行上执行简化的质量控制。用户可以使用R控制台中的命令或使用交互式闪亮图形用户界面（GUI）分析其数据。可以总结特定分析或整个工作流，并与Rmarkdown生成的全面HTML报告共享。在camplab.net/sctk上可以找到其他文档和小插曲。
作者：王一晨[aut]
，伊尔扎姆·萨尔弗雷兹[aut]、Rui Hong[aut]、Yusuke Koga[aut]、Salam Alabdullatif[aut'、Nida Pervaiz[aut]]、David Jenkins[aut、维迪亚·阿卡沃尔[aut]、曹新云[aut'、什鲁西·班迪亚德卡[aut]]、阿纳斯塔西娅·莱什切克[aut]、泰勒·费茨[aut4]、穆罕默德·穆扎米尔·汗[autneneneea、哲·王[aut】、W.埃文·约翰逊[aut〕，Ming Liu[aut]，Joshua David Campbell[aut，cre]
维护人员：乔舒亚·大卫·坎贝尔（Joshua David Campbell）
引文（从R中输入引文（“singleCellTK”）)以下为：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“singleCellTK”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“singleCellTK”）
细节
| 生物视图 |
对齐,批次效果,群集,数据导入,差异表达式,图形用户界面,基因表达式,免疫肿瘤学,规范化,质量控制,单个单元格,软件 |
| 版本 |
2.14.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.7（R-3.5）（6年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.0），总结性实验,单细胞实验,延迟阵列,博科生物 |
| 进口 |
猿，安达塔，批注中心,批处理器,生物并行,细胞索引，颜色选择器，颜色空间，cowplot，群集，复杂热图，数据表，延迟矩阵统计,DESeq2公司、dplyr、DT、，实验中心,集成数据库，字段，ggplot2，ggplutify，ggprest，ggtree（ggtree），网格额外，GSVA公司(>= 1.50.0),GSVA数据、igraph、KernSmooth、，利马,桅杆，矩阵（>=1.6-1），矩阵统计，方法，msigdbr，multtest公司、plotly、plyr、ROCR、Rtsne、，S4载体,散射,sc合并(>= 1.2.0),尖叫声，修拉（>=3.1.3），有光泽，有光泽，单个R、SoupX、，特别行政区，reformate2，shinyalert，circulaze，enrichR（>=3.2），塞尔达、闪亮登场者、，DropletUtils公司,供应链控制系统（>=1.2.0），网状（>=1.14），工具，tximport（最大端口）,编辑，其中r，GSEA基地、R.utils、，锌波,scRNA序列(>= 2.0.2),TENxPCM数据yaml、rmarkdown、magrittr、，scDblFinder，中间，VAM（>=0.5.3），tible，rlang，TSCAN公司,轨迹实用程序,舷窗，实用程序，统计信息，泽尔变换器 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
网址：https://www.amplab.net/sctk/ |
| 错误报告 |
https://github.com/compbiomed/singleCellTK/问题 |
查看更多
| 建议 |
测试，R子阅读,仿生风格knitr、lintr、拼写，组织管理例会.db，stringr，kableExtra，shinythemes，shinyBS，shinyjqui，shinnyWidgets，shiny文件，生物遗传学，RColorBrewer，快速映射（>=1.1.0），和声，SeuratObject，optparse |
| 链接到 |
|
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
|
| 导入我 |
|
| 建议我 |
塞尔达 |
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
