签字人

变异签名发现的经验贝叶斯方法


生物导体版本:释放(3.19)

signeR包为变异签名发现提供了一种经验贝叶斯方法。它旨在分析癌症基因组中的单核苷酸变异(SNV)计数,但也可以应用于其他特征。还提供了根据暴露模式表征特征或基因组样本的功能。

作者:拉斐尔·罗萨莱斯(Rafael Rosales)、罗德里戈·德拉蒙德(Rodrigo Drummond)、雷南·瓦利埃利斯(Renan Valieris)、亚历山大·德弗里奇布斯(Alexandre Defolicibus)、以色列托贾尔·达席尔瓦

维护人员:Renan Valieris在accamargo.org.br>

引文(从R中输入引文(“签名人”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“签名者”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“签名者”)
签字人 HTML格式 R脚本
签名RFlow HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 基因组变异,软件,体细胞突变,统计方法,可视化
版本 2.6.0
在生物导体中 生物化学3.4(R-3.3)(8年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=3.0.2),变量注释,国家气象局
进口 生物遗传学,生物串,,gr设备,基因组信息Db,基因组范围,I范围,nloptr公司,方法,统计,实用程序,PMCMR加,平行,pvclust(群集),ppclust公司,线索,生存,最大stat,生存分析,未来,VGAM公司,MASS(质量),kknn公司,glmnet公司,e1071号,随机森林,阿达,未来应用程序,ggplot2,pROC公司,情势图,R彩色啤酒,倾听,重塑2,规模,监督员,数字播放器,ggpubr公司,奶牛场,易怒的,阅读器,闪亮的,闪亮的仪表板,小贩,闪亮小工具,bsplus(英国标准普尔),DT公司,马格里特,第三年,生物文件缓存,代理,rtracklayer公司,牛基因组
系统要求 C++11语言
统一资源定位地址 https://github.com/TojalLab/signeR网站
查看更多
建议 针织物,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,rmarkdown公司
链接到 卢比,RcppArmadillo公司(>= 0.7.100)
增强功能
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 签名R_2.6.0.tar.gz
Windows二进制 签名R_2.6.0.zip
macOS二进制(x86_64) 签名R_2.6.0.tgz
macOS二进制(arm64) 签名R_2.6.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signerR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:程序包/签名者
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/signeR网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/signeR网站/
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