seqArchR
识别序列元素的不同架构
生物导体版本：释放（3.19）
seqArchR能够在无监督的情况下发现具有特征序列结构的_de novo簇，其特征序列结构以位置特定的基序或核苷酸延伸的组成为特征，例如CG-richness。seqArchR不需要任何关于簇数、任何单个基序的长度或基序之间的距离的规范，如果它们成对/成组出现；它直接从数据中检测它们。seqArchR使用非负矩阵因式分解（NMF）作为其主干，并使用基于分块的迭代过程，从而能够高效地处理大型序列集合。提供包装器功能，将集群架构可视化为序列徽标。
作者：萨维什·尼库姆[aut，cre，cph]
维护人员：Sarvesh Nikumbh＜gmail.com上的Sarvesh Nikumbh＞
安装
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如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“seqArchR”）
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文档
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细节
| 生物视图 |
群集,DNASeq公司,尺寸缩减,特征提取,基因调控,遗传学,数学生物学,MotifDiscovery公司,软件,系统生物学,转录组学 |
| 版本 |
1.8.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.15（R-4.2）（2年） |
| 许可证 |
GPL-3|文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.2.0） |
| 进口 |
实用程序、图形、，cv工具(>= 0.3.2),MASS（质量）,矩阵，方法，统计信息，集群,矩阵统计,消防车,克莱,漂亮的单位,重塑2(>= 1.4.3),网状的(>= 1.22),生物并行,生物串，gr设备，ggplot2(>= 3.1.1),ggseq标志(>= 0.1) |
| 系统要求 |
Python（>=3.5），scikit-learn（>=0.21.2），打包 |
| 统一资源定位地址 |
https://snikumbh.github.io/seqArchR/ https://github.com/snikumbh/seqArchR |
| 错误报告 |
https://github.com/snikumh/seqArchR/issues（https://github.com/snikumh/seqArchR/issues） |
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程序包档案
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