剪刀
Scifer:桑格序列的单细胞免疫球蛋白过滤
生物导体版本:释放(3.19)
你有没有在96或384孔板中索引分类的细胞,然后用桑格测序法测序?如果是这样的话,你可能会遇到一些困难,要么是要检查手动测序的每个细胞的电泳图,要么是当你试图确定在对平板测序后哪个细胞被分类到了哪里。Scifer是为了解决这个问题而开发的,它对Sanger序列进行基本质量控制,并将来自探测到的单细胞分选B细胞的流式细胞术数据与测序数据合并。scifer可以导出摘要表、“fasta”文件、电泳图以进行目视检查,并生成报告。
作者:罗德里戈·阿科维德·塞韦拉[aut,cre,cph],塞巴斯蒂安·奥尔斯,卡琳·洛雷[dtc,ths]
维护人员:罗德里戈·阿科沃德·塞韦拉(Rodrigo Arcoverde Cerveira)<Rodrigo.arcoverdi at gmail.com>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“scifer”)
对于旧版本的R,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“scifer”)
细节
生物视图 |
流式细胞术,预处理,质量控制,SangerSeq公司,排序,单个单元格,软件 |
版本 |
1.6.0 |
在生物导体中 |
生物C 3.16(R-4.2)(2年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
|
进口 |
数字播放器,rmarkdown公司,数据表,生物串,并行,统计,普利尔,针织物,ggplot2,额外网格,DECIPHER公司,字符串,sangerseqR公司,kableExtra(额外),易怒的,规模,爱尔兰航空公司,flowCore(流动堆芯),方法 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
网址:https://github.com/rodrigarc/scifer |
错误报告 |
https://github.com/rodrigarc/scifer/issues网站 |
查看更多
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。