sc管道
单细胞多组分数据预处理管道
生物导体版本：释放（3.19）
单细胞RNA-seq/ATAC-seq数据的预处理管道，从fastq文件开始，生成带有相关质量控制信息的特征计数矩阵。它可以处理CEL-seq、MARS-seq、Drop-seq、Chromium 10x和SMART-seq协议生成的fastq数据。
作者：田路毅[aut]，苏世安[aut，cre]，沙林·奈克[ctb]，沙尼·阿马拉辛格[aut].奥利弗·沃格德[aut'，菲尔·杨[aut4]，马修·里奇[ctb]
维护人员：Shian Su<Su.s at wehi.edu.au>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“scPipe”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“scPipe”）
细节
| 生物视图 |
数据导入,基因表达式,基因组注释,免疫肿瘤学,预处理,质量控制,RNA序列,序列匹配,排序,单个单元格,软件,可视化 |
| 版本 |
2.4.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.6（R-3.4）（7年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=4.2.0），单细胞实验 |
| 进口 |
注释Dbi,蛇怪,生物遗传学,生物反应器,生物串,数据表,数字播放器,DropletUtils公司,柔性混音,基因组范围,基因组比对,GGally公司,ggplot2,胶（>=1.3.0），gr设备，图形，搞砸,I范围,马格里特,MASS（质量）,矩阵(>= 1.5.0),麦克卢斯特、方法、，多重分析实验,组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,呜呜声,卢比(>= 0.11.3),重塑,网状的,Rhtslib公司,爱尔兰航空公司,鲁棒基地,Rsamtools软件,R子阅读,rtracklayer公司,总结性实验,S4载体,规模，统计，字符串,易怒的,第三年、工具、实用程序，压控变压器(>= 0.5.2) |
| 系统要求 |
C++11，GNU制造 |
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/LuyiTian/sc管道 |
| Bug报告 |
https://github.com/LuyiTian/sc管道 |
查看更多
| 建议 |
生物风格,DT公司,基因组特征，网格，记录仪,kableExtra（额外）,针织物,locStra公司,巧妙地,rmarkdown公司,R彩色啤酒,阅读器,重新整形2,RANN公司,闪亮的,散射(>= 1.11.0),测试那个,xml语言2,乌玛 |
| 链接到 |
卢比,Rhtslib公司(>= 1.13.1),zlibbico公司,测试那个 |
| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
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| 建议我 |
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| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
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