scBubbletree公司

scRNA-seq数据的定量可视化探索

生物导体版本：释放（3.19）

scBubbletree是一种可视化探索scRNA-seq数据的定量方法。它保留了scRNA-seq数据的生物学意义属性，例如局部和全局细胞距离，以及样本中细胞的密度分布。scBubbletree具有可扩展性，避免了过度绘制问题，并且能够可视化从多组分单细胞实验中获得的各种细胞属性。重要的是，scBubbletree易于使用，并且可以与流行的scRNA-seq数据分析方法集成。

作者：西蒙·基塔诺夫斯基[aut，cre]

维护人员：西蒙·基塔诺夫斯基（Simo Kitanovski）<gmail.com>

引文（从R中输入引文（“scBubbletree”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“scBubbletree”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignette（“scBubbltree”）

用户手册：scBubbletree	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

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细节

生物视图	群集，RNA序列，单个单元格，软件，转录组学，可视化
版本	1.6.0
在生物导体中	生物柴油3.16（R-4.2）（1.5年）
许可证	GPL-3+文件许可证
取决于	R（>=4.2.0）
进口	重塑2，未来，未来。应用，猿，鳞片，修拉，ggplot2，ggtree（ggtree），修补程序，代理，方法，统计，基本，实用程序
系统要求	Python（>=3.6），莱迪纳尔（>=0.8.2）
统一资源定位地址	https://github.com/snaketron/scBubbletree网站
错误报告	https://github.com/snaketron/scBubbletree/issues

建议	仿生风格knitr测试集群，单细胞实验
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	sc泡泡树_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	scBubbletree_1.6.0.zip
macOS二进制（x86_64）	scBubbletree_1.6.0.tgz
macOS二进制（arm64）	scBubbletree_1.6.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scBubbletree网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/scBubbletree
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/scBubbletree网站/
程序包短Url	https://bioconductor.org/packages/scBubbletree网站/
软件包下载报告	下载统计信息