沙克

发现相关序列模体和多模体域的后缀数组核平滑

生物导体版本：释放（3.19）

后缀数组内核平滑（请参见https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/35/20/3944/5418797)或SArKS，识别与分配给序列的数字分数（如差异表达统计）相关的序列基序（如基因启动子）。SArKS平滑了序列相似度，通过基于完整输入序列集的后缀数组中的位置进行量化。第二轮平滑序列中的空间邻近性揭示了多图案域。然后，可以基于MMD内的邻接性合并或扩展发现的图案。假阳性率通过排列测试进行估计和控制。

作者：丹尼斯·怀利

维护人员：丹尼斯·怀利（Dennis Wylie）

引文（从R中输入引文（“sarks”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“sarks”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“sarks”）

sarks-vignette公司	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	差异表达式,特征提取,基因表达式,基因调控,MotifDiscovery公司,RNA序列,软件,转录组学
版本	1.16.0
在生物导体中	生物柴油3.11（R-4.0）（4年）
许可证	BSD_3_clause+文件许可证
取决于	R（>=4.0）
进口	rJava软件,生物串,I范围，实用程序，统计信息，集群,二进制
系统要求	Java（>=1.8）
统一资源定位地址	https://academic.oup.com/bioinformatics/article-abstract/35/20/3944/5418797 https://github.com/denniscwylie/sarks网址
错误报告	https://github.com/denniscwylie/sarks/issues网站

建议	RUnit（运行单位）,生物遗传学,ggplot2
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	sarks_1.16.0.tar.gz号
Windows二进制	萨克斯_1.16.0.zip
macOS二进制（x86_64）	沙克_1.16.0.tgz
macOS二进制（arm64）	萨克斯_1.16.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sarks网址
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包裹/沙克
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sarks网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/sarks网站/
软件包下载报告	下载统计信息