重新计算甲基化

访问和分析公共DNA甲基化阵列数据汇编

生物导体版本：释放（3.19）

使用Illumina的Infinium HumanMethylation450K（HM450K）和Methylation EPIC（EPIC）平台生成的NCBI GEO报告中公共DNAm阵列数据的交叉研究分析资源。提供的函数支持下载、汇总和筛选大型编译文件。Vignettes详细介绍了有关文件格式、示例分析等的背景。注意包裹装载时的免责声明，并查阅主要手稿以获取更多信息。

作者：肖恩·马登（Sean K Maden）[cre，aut]，布莱恩·沃尔什，凯尔·埃罗特，卡斯珀·德汉森[aut]，里德·F·汤普森[aut]，阿比纳夫·内洛尔[aut]

维护人员：肖恩·K·马登＜在ohsu.edu的马登＞

引文（从R中输入引用（“重新计算甲基化”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“重新计算甲基化”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“重新计算甲基化”）

数据分析	HTML格式	R脚本
从DNAm阵列确定种群祖先	HTML格式	R脚本
DNAm阵列的最近邻分析	HTML格式	R脚本
DNAm阵列的功率分析	HTML格式	R脚本
CpG注释的实际使用	HTML格式	R脚本
重新计算甲基化用户指南	HTML格式	R脚本
使用DNAm数据类型	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本

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细节

生物视图	DNA甲基化,表观遗传学,实验中心,甲基化阵列,微阵列,软件
版本	1.14.0
在生物导体中	生物C 3.12（R-4.0）（3.5年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=4.1）
进口	米菲,HDF5阵列,rhdf5型,S4载体，实用程序，方法，RCurl（RCurl）,R.utils公司,生物文件缓存,蛇怪,网状的,延迟矩阵统计
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/metamaden/retail甲基化
错误报告	https://github.com/metamaden/retailmethylation/issues

建议	minfiData公司,最小数据EPIC,针织物,测试那个,ggplot2,额外网格,rmarkdown公司,仿生风格,基因组范围,利马,实验中心,批注中心
链接到
增强功能
取决于我
导入我
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	重新计算甲基化_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	重新计算甲基化_1.14.0.zip
macOS二进制（x86_64）	重新甲基化1.14.0.tgz
macOS二进制（arm64）	重新甲基化1.14.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/retail甲基化
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/重新甲基化
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/retail甲基化/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/retail甲基化/
软件包下载报告	下载统计信息