rGREAT公司
GREAT分析-基因组区域的功能丰富
生物导体版本：释放（3.19）
GREAT（Genomic Regions Enrichment of Annotations Tool）是一种直接对基因组区域进行的功能富集分析。这个包实现了GREAT算法（本地GREAT分析），还支持直接与GREAT web服务交互（在线GREAT解析）。这两种分析都可以通过Shiny应用程序查看。rGREAT默认支持600多个生物体和大量基因集集合，以及用户提供的自我提供的基因集和生物体。此外，它还实现了一种处理背景区域的通用方法。
作者：祖光顾[aut，cre]
维护人员：祖光顾<z.Gu at dkfz.de>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“rGREAT”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“rGREAT”）
细节
| 生物视图 |
新闻报道,GO（开始）,GeneSet扩展,基因组注释,路径,排序,软件,全基因组 |
| 版本 |
2.6.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.1（R-3.2）（9年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.0.0），基因组范围,I范围，方法 |
| 进口 |
绘图，罗杰森,GetoptLong（获取长）(>= 0.0.9),RCurl（RCurl），实用程序，统计信息，全局选项,闪亮的,DT公司,基因组特征,消化,政府.db,进步,绕圈子,注释Dbi,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg38.known基因,组织Hs.eg.db,R彩色啤酒,S4载体,基因组信息Db,foreach公司,do并行,卢比 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/jokergoo/rGREAT网站 http://great.stanford.edu/public/html/ |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
