基本TSS
pri-miRNA转录起始位点的预测
生物导体版本:释放(3.19)
通过整合H3K4me3和Pol II的数据,并结合命令行界面和图形界面中提供的保守性水平和序列特征,这是一种快速、方便的工具,用于识别miRNA的TSS,其性能优于以前在miRNA TSS上的非细胞特异性方法。
作者:Pumin Li[aut,cre],Qi Xu[aut],Jie Li[aut],Jin Wang[aut'
维护人员:李普明(Pumin Li)<ipumin at 163.com>
引文(从R中输入引文(“primirTSS”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)生物管理器::安装(“primirTSS”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“primirTSS”)
细节
生物视图 |
基因调控,遗传学,免疫肿瘤学,预处理,RNA序列,排序,软件,转录 |
版本 |
1.22.0 |
在生物导体中 |
生物技术3.8(R-3.5)(5.5年) |
许可证 |
GPL-2型 |
取决于 |
R(>=3.5.0) |
进口 |
基因组范围(>= 1.32.2),S4载体(>= 0.18.2),rtracklayer公司(>= 1.40.3),数字播放器(>= 0.7.6),字符串(>= 1.3.1),第三年(>= 0.8.1),生物串(>= 2.48.0),呜呜声(>= 0.2.5),英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校.hg38(>= 1.4.1),phastCons100路。加州大学旧金山分校.hg38(>= 3.7.1),基因组得分(>= 1.4.1),闪亮的(>= 1.0.5),Gviz公司(>= 1.24.0),生物遗传学(>= 0.26.0),I范围(>= 2.14.10),TFBS工具(>= 1.18.0),2018年日本(>= 1.1.1),易怒的(>= 1.4.2),R.utils公司(>=2.6.0),统计,实用程序 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/ipumin/primirTSS |
错误报告 |
http://github.com/ipumin/primirTSS/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。