路径PCA

生物导体版本：释放（3.19）

pathwayPCA是一种综合分析工具，它实现了Chen et al.（2008）、Chen et al（2010）和Chen（2011）中描述的基于主成分分析（PCA）的路径分析方法。pathwayPCA允许用户：（1）测试与二元、连续或存活表型的通路关联。（2） 使用SuperPCA和AES-PCA方法提取路径中的相关基因。（3） 基于所选基因计算主成分（PC）。这些估计的潜在变量代表个体受试者的通路活动，然后可用于进行综合通路分析，例如多组学分析。（4） 提取驱动通路重要性的相关基因以及与这些相关基因相对应的数据，以进行进一步的深入分析。（5） 通过并行计算和S4类数据对象增强的数据安全性，以更高的计算效率执行分析。（6） 分析具有复杂实验设计、多协变量和交互效应的研究，例如，测试男性和女性受试者之间与临床表型的通路关联是否不同。引文：Chen等人（2008）; Chen等人（2010）; 和陈（2011）.

作者：加布里埃尔·奥多姆[aut，cre]，詹姆斯·潘[aut]，刘丽中[aut]Lily Wang[aut〕，史蒂文·陈[aut'

维护人员：加布里埃尔·奥多姆在迈阿密医学院