路径链接器
分析和解释RNA-Seq结果
生物导体版本：释放（3.19）
pathlinkR是一种设计用于促进RNA-Seq结果分析的R包。具体来说，我们使用pathlinkR的目的是提供一些工具，这些工具可以获取DE基因列表并对其进行不同的分析，从而帮助解释结果。包括执行路径丰富的功能，支持多个数据库，以及可视化这些结果的工具。基因也可以用来创建和绘制蛋白质相互作用网络，所有这些都来自R。
作者：特拉维斯·布利姆基
，安迪[aut]
维护人员：Travis Blimkie<Travis.m.Blimkie at gmail.com>
引文（从R中输入引文（“pathlinkR”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“pathlinkR”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“pathlinkR”）
细节
| 生物视图 |
GeneSet扩展,网络,网络丰富,路径,RNA序列,反应途径,软件 |
| 版本 |
1.0.0 |
| 在生物导体中 |
生物活性碳3.19（R-4.4）（<6个月） |
| 许可证 |
GPL-3+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.3.0） |
| 进口 |
绕圈子,clusterProfiler（群集探查器）,复杂热图,数字播放器,gg力,ggplot2,ggpubr公司,gggraph图,gg排斥，网格，记录仪,呜呜声,西戈拉,字符串,易怒的,潮汐记录仪,第三年,素食主义者,visNetwork（可视网络） |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/hancockinformatics/pathlinkR |
| 错误报告 |
https://github.com/hancockinformatics/pathlinkR/issues |
查看更多
| 建议 |
注释Dbi,仿生风格,生物反应器,覆盖（covr）,DESeq2公司,jsonlite公司,针织物,组织Hs.eg.db,rmarkdown公司,规模,测试那个(>= 3.0.0),vdiffr公司 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
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| 建议我 |
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| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
